Осмыслению феномена «соборного покаяния» было посвящено заседание Священного Синода Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, состоявшееся 20 апреля 2005 г.:
«Священный Синод имел суждение об исходящих от некоторых групп православных мирян инициативах проведения «покаянного крестного хода» из разных епархий в Москву ко дню годовщины убиения святых страстотерпцев императора Николая Александровича, членов его семьи и пострадавших с ними…
В Таинстве Покаяния исповедующий свои грехи получает прощение от священника и разрешается от грехов Самим Господом Иисусом Христом. Это Таинство примиряет и воссоединяет человека с Церковью, восстанавливает его в благодатной жизни во Христе и устраняет средостение между Богом и человеком, возникающее по причине греховных деяний, совершенных конкретной личностью. Священный Синод напоминает, что в Церкви существуют вполне определенные формы совершения Таинства Покаяния, укорененные в Священном Предании и освященные многовековой традицией. Отступление от этих форм представляется неоправданным и излишним. История Церкви знает примеры всенародного молитвенно-покаянного подвига, подъемлемого ради нравственного очищения народа во времена смут и нестроений. В частности, церковное священноначалие неоднократно призывало к осмыслению и нравственной оценке греховных деяний, совершенных в минувшем столетии, когда, по слову святителя Тихона, «грех помрачил народный разум… разжег повсюду пламень страстей, вражду и злобу», что стало причиной гонений на Церковь, поругания святынь, братоубийства, в том числе убиения святого страстотерпца императора Николая Александровича и его семьи.
Патриарх и Священный Синод дважды, в связи с 75-летием и 80-летием страдальческой гибели царской семьи, призывали ко всенародному покаянию в этом грехе. Верим, что многие чада нашей Церкви принесли Богу такое покаяние, которое выражалось в стремлении изгнать из своей жизни греховное помрачение и равнодушие к судьбам Церкви и Отечества, сделавшее некогда возможными гонения на Церковь, погружение страны в пучину братоубийственной ненависти и кровопролития.
Истинным плодом принесенного покаяния стало совершающееся возвращение народа на стези веры, благочестия и жизни во Христе, а видимым его свидетельством — причисление Русской Православной Церковью царской семьи и новомучеников и исповедников к лику святых на Юбилейном Архиерейском Соборе в 2000 году.
Покаянное осмысление исторической трагедии, постигшей наш народ, не должно сопровождаться утверждениями о неизменной и уникальной приемлемости для православных христиан того или иного государственного строя. Священный Синод напоминает, что учение Церкви о государственном устройстве было ясно выражено в «Основах социальной концепции Русской Православной Церкви».
Признавая право священнослужителей индивидуально высказывать частное мнение по различным вопросам, Священный Синод с прискорбием отмечает, что в последнее время некоторые пастыри и, к сожалению, в редких случаях даже архиереи, позволили себе участвовать в коллективном подписании текстов, расходящихся по содержанию с Соборными определениями. Это фактически приводит к созданию групп, предпочитающих соборному рассуждению, которое происходит в канонически установленных формах, организованное выражение односторонних мнений, не разделяемых всей Церковью. Священный Синод определяет, что такие действия противоречат каноническому соборному строю Церкви, и указывает на их недопустимость для священнослужителей».
Заключение Синода РПЦ показывает, что цитирование слов Святейшего Патриарха Алексия II о необходимости «всенародного покаяния» в качестве благословения на создание нового Чина всенародного покаяния неправомерно и расходится с мнением Священноначалия Русской Церкви. «Осознанно или неосознанно, но проповедники этих псевдоправославных идей объективно работают на дискредитацию Православия в глазах российского общества, на ослабление и раскол Церкви».
В том же 2005 году кроме Патриарха и членов Синода о новоявленном Чине всемирного покаяния за царя свое отношение выразили и другие архиереи Русской и Украинской Церкви. По мнению митрополита Воронежского и Борисоглебского Сергия «чин соборного всенародного покаяния в грехе цареубийства искусственно навязан Церкви людьми, которые стремятся добиться ее раскола. Вместо того чтобы показывать красоту Православия и прививать нравственный образ жизни людям, их начинают сбивать с толку».