Потом Бэкон познакомился с молодым графом Эссексом. Бэкону шел тридцать второй год, Эссекс был на шесть лет младше. Однако Эссекс был образован и опытен. Несмотря на свою молодость, он уже пользовался значительным влиянием при дворе, где Бэкон по-прежнему с переменным успехом пытался обратить на себя внимание памятными записками и театральными пьесами. В конце концов Бэкон привлек-таки к себе внимание короны, но по совершенно иному поводу. В 1593 году Елизавета решила снова и ощутимо повысить налоги. Ей требовались деньги для содержания военных. Пять лет назад у берегов королевства была уничтожена испанская армада. Вследствие этого Англия утвердилась не только экономически и в своем стремлении доминировать на море, но, кроме того, могла продолжать играть свою роль защитницы французских и голландских протестантов. Елизавета хотела вооружиться на случай новых, угрожающих вспыхнуть в любое время военных распрей. Бэкон выступил в парламенте против ее планов и впал в немилость. Контакт с двором у него сохранялся лишь через Эссекса. Теперь в свою пеструю, как мозаика, биографию Бэкон добавляет новую строку: он начинает работать кем-то вроде агента ведомства по охране конституции. Вместе со своим братом Энтони он строил агентурные сети, расшифровывал тайные послания и вел наблюдения за действиями Католической лиги. На то время выпадают также его первые литературные успехи. Написанные им религиозные сочинения и эссе имели большой резонанс. В 1601 году друг Бэкона Эссекс попытался с несколькими сотнями вооруженных людей захватить дворец Елизаветы. Дело дошло до процесса по обвинению Эссекса в государственной измене. И, как нарочно, против него должен был выступать Бэкон. Эссекс изобличал Бэкона, а Бэкон после этого — Эссекса. Подковерная игра закончилась в конечном счете казнью Эссекса. До сегодняшнего дня спорят о роли Бэкона в данном процессе. Был ли он оппортунистом? Предателем? Или просто защищался?
В 1603 году умерла Елизавета. Джеймс, сын Марии Стюарт, стал новым королем Яковом I. Хотя Бэкон не ждал от нового правителя ничего хорошего, ему вскоре удалось сделать блестящую политическую карьеру. В 1607 году он получил должности генерального атторнея (королевского юриста) и лорда-хранителя Большой печати. Король возвел Бэкона в рыцарское достоинство, а в 1618 году назначил лорд-канцлером и тем самым главным после себя должностным лицом. Однако в 1621 году Бэкон был внезапно обвинен в коррупции. Его карьера резко оборвалась, он ненадолго попал в Тауэр и потерял все свои должности и звания.
Был ли Бэкон продажен? По сегодняшним меркам — да. Однако в его время принятие денежных подарков представлялось делом обычным, а иногда было важной составной частью дохода должностных лиц. Но в борьбе за власть между королем и парламентом Бэкон попал между молотом и наковальней и стал жертвой этой ситуации.
Несмотря на то что Яков быстро отпустил своего бывшего лорд-канцлера из Тауэра, на политической карьере Бэкона был поставлен крест. Он удалился в свое загородное имение и посвятил себя литературной деятельности. Он продолжал писать эссе, а также приступил к осуществлению мечты своей жизни — всеохватному обновлению науки. «Знание — сила», — лаконично резюмировал Бэкон свой замысел. Ибо по его воле знание, и прежде всего сама наука, должно содействовать человеку во власти. Однако фраза эта неоднозначна, как неоднозначен был и сам Бэкон. Сама фраза «знание — сила» в сочинениях Бэкона нигде не встречается. В «Meditationes sacrae», ранней работе Бэкона 1597 года, можно прочитать такие слова: «Nam et ipsa scientia potestas est», что в переводе с латинского значит: «Ибо сама наука — могущество». Примечательно здесь, что Бэкон говорит о науке — не о знании. Во втором издании, вышедшем на английском языке, это место звучит так: «For knowledge itself is power», то есть: «Ибо само знание является силой». Наконец, в появившемся в 1620 году труде Бэкона «Новый органон» мы находим фразу «человеческое знание и человеческая сила сходятся воедино».