Девятнадцатого мая 1798 года экспедиционный корпус Наполеона вышел в открытое море из Тулона. С остальными войсками из Италии, присоединившимися к нему в ходе плавания в составе дополнительного флота, под началом Наполеона в конечном счете сконцентрировалась военная сила более чем в сорок тысяч человек. На четырехстах кораблях они шли под парусами к берегам Северной Африки. В Средиземном море их подстерегали военные корабли английского адмирала Нельсона. Однако наполеоновскому флоту удалось, совершив маневрирование, незаметно проскользнуть мимо них и даже завоевать для Франции Мальту. Когда же они достигли североафриканского побережья, за быстрым захватом Александрии последовал полный всяческих лишений поход на Каир. Через два мучительных месяца до города оставался всего лишь один суточный переход.
Первые стычки предшествовали большому сражению. Потом, 21 июля, началась решающая схватка. Наполеон построил свои войска в боевые четырехугольники. Египетская армия под командованием Мурад бея потерпела сокрушительное поражение. Уничтожили даже элитную конницу мамелюков. Причем если потери Мурад бея составили свыше двадцати тысяч раненых и убитых, Наполеон потерял лишь около четырехсот человек. Путь на Каир был открыт.
На следующий день в сумерках на фоне горизонта встали силуэты метрополии. Стройные минареты как гордые пики торчали над крышами домов. Однако в картине, которая этим вечером предстала в пустыне взорам людей из Нормандии, Прованса, Аквитании, Лотарингии и множества других частей Франции, оказалось нечто куда более внушительное. Им доводилось об этом слышать, много было об этом рассказано, но теперь они увидели их собственными глазами: над равниной поднимались исполинские каменные стены. Они вызывали почтение своими размерами и совершенно простой геометрией. А над всем царили величественно вздымающиеся пики пирамид. Они, казалось, превосходили все размеры пространства и времени. «На вас взирают сорок веков!» — якобы прокричал Наполеон своим людям.
Наполеон вступил в Каир, захватил также Газу и Яффу. По мнению исследовательницы Сони Хегаси, поход Наполеона ознаменовал начало унижений Западом арабского мира. Пока Наполеон завоевывал страну по-военному, его солдаты расхищали сокровища, а множество сопровождавших армию ученых — свидетельства тысячелетней культуры этого края. Они делали это основательно.
Охота адмирала Нельсона на французский флот в Средиземном море в начале августа 1798 года все же наконец увенчалась успехом. Он потопил его на траверзе Абукира, неподалеку от Александрии. Ускользнуть удалось лишь трем французским кораблям. Наполеон со своей экспедицией оказался отрезанным от снабжения из Франции. Дело приняло скверный оборот, а людям Наполеона еще предстояли месяцы борьбы и лишений. В войсках свирепствовали чума и холера. Спровоцированная египетским походом Наполеона, Османская империя объявила Франции войну. В новой битве при Абукире 24 июля 1799 года Наполеон одержал победу над османской армией. Затем он оставил своих солдат в Египте, а сам поднялся на борт корабля, идущего во Францию. Сколь бы сомнительным ни был успех египетского похода, Наполеон сумел представить его как триумф. Французы бурным ликованием приветствовали его возвращение. Самые серьезные последствия имел его следующий шаг: путч против режима Директории 9 ноября 1799 года, в результате которого он стал единовластным правителем Франции.
Войска в Египте продолжили борьбу под руководством главнокомандующего генерала Жана Батиста Клебера. Сам Клебер, который сначала мог записать в свой актив определенные успехи и разбил османскую армию при Гелиополисе, пал жертвой покушения в Каире. В 1801 году, потерпев ряд поражений от британских войск, французская экспедиционная армия, обеспечив себе свободный проход, покинула Египет.
Сколь бы неудовлетворительно ни закончилась экспедиция в военном отношении, более богатыми результатами она могла похвастаться в совершенно иной области — в области культуры. В свой поход Наполеон прихватил с собой почти двести гражданских лиц: ученых, художников, поэтов, географов и археологов. Они фиксировали, собирали, зарисовывали и измеряли и своей работой вернули в европейское сознание тысячелетнюю культуру Египта. Еще до наполеоновского похода Древний Египет вошел во Франции в моду, а теперь и подавно ни один деятель культуры не мог избежать встречи с египетским искусством. Эпохальным открытием оказался обнаруженный во время похода камень с орнаментом розетки, черный гранит, на котором во втором веке до рождества Христова жрецы высекли указ тремя письменами. Соседство иероглифов, греческого и демотического (позднеегипетского) письма помогло французскому лингвисту Жану Франсуа Шампольону в 1822 году расшифровать иероглифы.