Конюший Дмитрий Шуйский надеялся унаследовать трон после смерти брата. Однако стремительная карьера Скопина грозила расстроить его планы. Стоя на городском валу и наблюдая торжественный въезд Скопина, Дмитрий не удержался и воскликнул: «Вот идет мой соперник!»
Дмитрий использовал все средства, чтобы скомпрометировать воеводу. Явившись к монарху, он обвинил Скопина в стремлении захватить власть и в том, что он по собственному усмотрению принял решение о передаче шведам ряда замков и земель в обмен на военную помощь. Такое обвинение затрагивало патриотические чувства народа. Договор, заключенный Скопиным со шведами, предусматривал передачу им Карелии. Покушение на территориальную целостность страны всегда влекло за собой обвинение в государственной измене.
Царь Василий защищал воеводу. Дело дошло до ссоры, и самодержец якобы ударил брата посохом. Вскоре монарх поручил Скопину и еще двум боярам разработать вместе с Делагарди план предстоящей военной кампании (Ю. Видекинд). Шведы потребовали предварительно передать им все обещанные земли. Под этим предлогом Делагарди отказался участвовать в совещании. Демарш шведского главнокомандующего поставил Скопина в затруднительное положение.
Боярская Москва задала в честь Скопина пир, длившийся много дней. В конце апреля, после очередного празднества, воевода почувствовал себя плохо и вскоре скончался.
На страницах Дневника похода Сигизмунда III под Смоленск находим самое раннее известие о кончине Скопина. 3 мая 1610 г. составитель Дневника пометил: «…жена Дмитрия Шуйского отравила его на крестинах, каким образом, это еще не известно, но он болел две недели и не мог оправиться». Сведения были получены поляками от двух московских детей боярских, перебежчиков, прибывших из Можайска.
Князь Михаил умер, согласно панихидной записи кремлевского Архангельского собора, 23 апреля, а, значит, заболел 9 апреля 1610 г. Гетман Жолкевский в «Записках» воспроизвел версию о насильственной смерти Скопина: он «умер отравленный (как сперва носились слухи) по изветам Шуйского, вследствие ревности, бывшей между ними». Позднее гетман сделал важную оговорку: «Между тем, если начнешь расспрашивать, то выходит, что он умер от лихорадки». Первые известия Жолкевский получил из тех же источников, что и Сигизмунд III. Но в сентябре 1610 г. по прибытии в Москву он виделся с Воротынским, Шуйскими и с женой Дмитрия Екатериной. Жолкевский увез братьев Шуйских и Екатерину в Польшу. В пути он имел возможность подолгу беседовать с ними. Понятно, что пленники старались оправдать себя.
Московские Сказания сохранили некоторые подробности происшествия. Из «Рукописи Филарета» следует, что Скопин был в доме Воротынского на крестинах его сына: «…разболеся сей храбрый и разсмотрительный воевода князь Михаил Васильевич, и умре, глаголют убо неции, яко отравлен бысть, на крестинном пиру, у князя Ивана Михайловича Воротынского, егда крести сына своего Алексея, от князя Дмитреевы жены Ивановича Шуйского, от княгини Екатерины, в вине на перепиванье. И тако едва дойде до монастырню пазуху, потом пустися руда из носа и изо рта…» В окончательной редакции «Рукописи Филарета» все сведения об отравлении Скопина были тщательно вычеркнуты.
Если верить русским источникам, дочь Малюты — Екатерина Скуратова с ведома других Шуйских поднесла князю Михаилу кубок вина с ядом «на перепиванье», когда гость основательно выпил.
Именно такую смерть царь Иван IV некогда выбрал для своего двоюродного брата князя Владимира Старицкого, последнего из членов династии, который мог оспаривать трон у царских сыновей. По его приказу Малюта Скуратов, отец Екатерины, поднес князю Владимиру чашу с отравленным вином.
Может быть, Скопин не выдержал многодневных пиров в его честь и умер с перепоя? Такое предположение сомнительно. Князю исполнилось 24 года, и он был в расцвете сил. Молодой человек был рослым и обладал недюжинной физической силой. Для умершего не сразу нашли подходящий гроб, так как даже самые большие из готовых гробов оказались малы.
Почувствовав себя плохо, Скопин сумел добраться до монастыря, где к нему были вызваны немецкие доктора. Проболев две недели, он скончался. По польской версии, причиной смерти была лихорадка — жар, высокая температура. Но почти все русские источники упоминают о сильном кровотечении из носа и рта как непосредственной причине смерти.