«Царь» утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, а потому на соборном суде не было никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями. Авраамий Палицын отметил, что Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника.
Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены «думы» и освященного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б. Я. Бельского, П. Ф. Басманова, М. Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской «думы». Как с горечью отметил автор «Нового летописца», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р.С.) пособствующе, все на них кричаху».
Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех преступлениях, которые ему приписывали. «Виноват я тебе… царь государь: все это (о Расстриге и пр. — Р.С.) я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» — будто бы сказал Шуйский. В заключение князь Василий смиренно просил патриарха и бояр сжалиться над ним, страдником, и просить за него «рыцаря». По словам поляков, Василий признался во всем в самом начале розыска, «боясь быть на пытке».
Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение: «…по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооружены во всем оружии, яко на битву» (по словам Массы, стрельцов было 8 тыс.).
На Пожаре распоряжался новый глава Стрелецкого приказа — боярин П. Ф. Басманов. Несколько тысяч стрельцов оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. Были приняты все меры безопасности против возможных волнений. Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о преступлениях Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Сообщение Массы, будто Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, относится к числу вымыслов. На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу.
Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачника москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «поделом» был. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже сторонники Шуйских боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты П. Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей «царя», остановивший казнь, а следом за ним появился дьяк, огласивший указ о помиловании.
В Москве много говорили о том, что прошения Шуйскому добились вдова Грозного старица Марфа Нагая, поляки братья Бучинские, Слонский и др.
Отрепьев впервые увидел в глаза свою мнимую мать 18 июля 1605 г., когда ее привезли в Москву. Очевидно, Нагая просила за Василия Шуйского не при первом, а при втором его помиловании, когда Лжедмитрий вернул Шуйских из ссылки.
Секретарь самозванца Бучинский был решительным противником Шуйских и в отличие от Нагой категорически возражал против освобождения их из ссылки. В собственноручном письме Лжедмитрию Бучинский напомнил: «Коли яз бил челом вашей царской милости о Шуйских, чтоб их не выпущал и не высвобождал, потому как их выпустить, и от них будет страх… и вы мне то отказали, что наперед всего Богу ты обещал того ся беречи, чтоб ни одной хрестьянской крови не пролилося».
Авторы записок и сказаний воспроизвели обнародованную Лжедмитрием версию помилования Шуйского, соответствовавшую определенному политическому расчету. Самозванец желал подтвердить свое родство с вдовой Грозного еще до ее приезда. Он также стремился закрепить за польскими советниками репутацию боярских заступников.