Василий Шуйский в течение двух лет постоянно был занят тем, что уговаривал москвичей потерпеть, подождать подхода войск, не сдавать город мятежникам. Он многократно назначал сроки (обычно три недели) окончания осады, кланялся толпе, а иногда, если верить перебежчикам, падал перед народом ниц («крестом»). Его уговоры неизменно достигали цели.
Что касается дворян, Василий Шуйский старался завоевать их поддержку разнообразными средствами.
Образование обширного фонда поместных земель помогло преодолению кризиса дворянского сословия в XVI в. Но к началу XVII в. поместная система пришла в упадок. Большая часть поместного фонда разорилась и запустела. Московская военно-служилая система не могла существовать без сильной центральной власти. Однако Смута подорвала мощь монархии. Беспорядочные конфискации, проводившиеся царями и самозванцами, окончательно разорили и дезорганизовали дворянское землевладение.
Будучи в осаде, царь Василий не имел земель, которые он мог бы, в соответствии с традицией, пожаловать дворянам за верную службу и мужество. Выход был найден. Государь стал жаловать служилым людям за «московское осадное сиденье» вотчины. Отличившиеся дворяне не получали новых земель, но пятая часть их поместья (государственной собственности) закреплялась за ними на правах вотчины (полной частной собственности).
При Грозном помещики мечтали, что им удастся закрепить за собой поместья на праве полной собственности. Опричнина развеяла их мечты. При царе Василии их надежды воскресли. Помещики сами определяли, какие села и угодья станут их вотчинной собственностью. Понятно, что они забирали себе лучшие земли и угодья. Эти новые вотчины, располагавшиеся посреди старых поместных владений, они могли передавать по наследству, дарить и продавать без всякой санкции со стороны казны.
Цепь военных неудач и трудности осадного времени породили кризис власти. Знать и дворяне многократно пытались отстранить от власти Василия Шуйского.
В конце мая 1608 г. племянник царя князь Михаил Скопин выступил навстречу войскам Лжедмитрия II. Когда полки достигли речки Незнань, Скопин был отозван в столицу. По словам летописца, государю сообщили об измене: «в полках же нача быти шатость, хотя царю Василью изменити князь Иван Катырев, да князь Юрьи Трубецкой, да князь Иван Троекуров и иные с ними».
Заподозренные лица были арестованы. Но они принадлежали к высшей знати и не могли быть казнены без боярского суда. Шуйскому пришлось ограничиться служебными перемещениями. Князь Иван Катырев был отправлен первым воеводой в столицу Сибири Тобольск, князь Иван Троекуров попал на воеводство в Нижний Новгород, а князь Юрий Трубецкой — в Тотьму. Несколько дворян, в их числе Яков Желябужский, были казнены на Москве.
В войске Скопина все воеводы — Иван Воротынский, Иван Романов, Григорий Ромодановский, Иван Черкасский, Данила Мезецкий — сохранили свои посты. Смещен был один Скопин.
Москва находилась в критическом положении. Скопин отбросил от стен столицы Болотникова. Он один мог противостоять новой «воровской» рати. Присутствие в столице самого даровитого из полководцев было абсолютно необходимо. Однако князь Михаил был не только отозван с Незнани, но и отправлен царем в Новгород Великий. Борьба за первенство внутри клана князей Шуйских началась.
Племянник царя получил жестокий урок. В дальнейшем он позаботился о том, чтобы обеспечить себе свободу действий и избежать произвола самодержца.
Царь Василий передал войско Скопина под начальство своего брата Ивана. 22 сентября 1608 г. князь Иван вступил в бой с неприятелем под Рахманцевом в окрестностях Москвы. Его ратники обратили в бегство полки Микулинского, Вилямовского и Стравинского. В центре они охватили полк Яна Сапеги и завладели всей его артиллерией. Гетман едва избежал плена. Воеводы считали, что противник разгромлен, и не ожидали контратаки. Между тем Сапега вырвался из окружения и бросил в атаку две гусарские роты. Их атака решила исход битвы. Победа обратилась в поражение. Иван Шуйский трусливо бежал с поля боя. Передовой полк воеводы Ромодановского выстоял. Но он не получил помощи от большого полка и был разбит. Литовцы преследовали московские полки на протяжении четырех миль.
Ответ за поражение Шуйскому пришлось держать перед боярами и всем миром. Дума требовала ответить, как случилось, что крупные отряды литовской армии оказались под стенами Москвы. Царю были поставлены определенные условия. Он должен был добиться вывода литовских ратных людей из России не позднее 1 октября. Если царю сделать это не удастся, он должен «оставить государство».