Царь Василий приложил все усилия, чтобы выполнить требование бояр. В соответствии с мирным договором, подписанным польскими послами в Москве, король Сигизмунд III должен был отозвать своих подданных с территории России. Но Ружинский не собирался выполнять условия договора. Литовцы продолжали громить войска царя Василия и разорять страну.
Первая осадная зима принесла тяготы и нужду московскому населению. Враги царя решили использовать момент и совершить переворот. Заговор возглавили князь Роман Гагарин-Стародубский, вождь рязанских дворян Григорий Сумбулов, московский дворянин Тимофей Ильин. Заговор был хорошо подготовлен.
25 февраля 1609 г. дворяне проникли в Кремль и ворвались в думные палаты, где заседала Боярская дума. Придя «в Верх к бояром, — повествует летописец, — и начаша говорить, чтоб царя Василия переменити». Гагарин и его сообщники надеялись свергнуть царя, склонив на свою сторону Боярскую думу. Думе надо было всего лишь подтвердить свое прежнее решение об отрешении Шуйского от власти в случае, если к 1 октября он не добьется вывода иноземных войск из страны.
Летописец уверяет, что бояре «отказаша» Гагарину. Правда заключается в том, что дума не выступила на защиту Шуйского и не приняла мер для подавления бунта. Вместо энергичных действий члены думы поспешно разъехались по своим дворам.
Гагарин с дворянами не были обескуражены. Из дворца они отправились в Успенский собор, где шло богослужение. Забрав патриарха Гермогена из храма, заговорщики «ведоша его на Лобное место», где уже собралась большая толпа. Мятежники объявили владыке, что восстали на Шуйского за его тайные казни: «и топере, де, повели многих, нашу братию сажать в воду, за то, де, мы стали».
Патриарх вступил в спор с мятежниками и постарался убедить народ, что царь Василий не собирается никого казнить.
Гагарин и дворяне отнюдь не были сторонниками «царя Дмитрия», в противном случае они заявили бы, что Шуйский отнял трон у «прирожденного государя». Заговорщики же толковали, что Василий не был избран всей землей. Им и в голову не пришло выпустить из тюрьмы арестованных агентов Лжедмитрия II.
Взывая к патриотизму жителей столицы, патриарх заявил, что государь избран Московским государством, которое всегда все «государства Русской земли слушали». Что касается кровопролития, оно есть кара Божья русским людям за грехи, особенно за измену законному государю.
Речь Гермогена утихомирила толпу. Глава церкви поспешил покинуть площадь и укрылся на своем подворье.
Царь Василий был выкрикнут царем на площади. Гагарин и дворяне намеревались низложить государя тем же способом. Гермоген помешал им выполнить их план. Мятежники пытались вызвать на площадь бояр. На их призыв откликнулся один князь Василий Голицын. Он наблюдал за происходящим, но в дело не вмешался.
По словам Гермогена, кроме Гагарина с товарищами, на площади объявились тушинские эмиссары, которые «учали честь грамоту, писано ко всему миру из литовских полков от русских людей» с призывом свергнуть царя Василия. Однако сторонники Шуйского успели вызвать в Кремль войска из лагеря на Ходынке.
Царь решился наконец выйти к народу. Он поклялся на кресте, что через три недели на помощь Москве придут рать его племянника Скопина и войско Федора Шереметева. Обещание было неисполнимо, но толпа послушала монарха и разошлась.
Гагарин и его сообщники бежали в Тушино после провала мятежа. С ним в «воровской» лагерь пробрались царские лазутчики.
Вскоре в столице произошли новые волнения. 2 апреля собравшийся на площади народ потребовал отречения царя Василия, не желая далее терпеть трудности осадного времени. К народу вышли несколько думных бояр и купцы, представлявшие посадскую общину. В феврале — марте царь поклялся, что Скопин окажет помощь столице через три недели. Обещание не было выполнено. Но в начале апреля думные люди зачитали толпе грамоты от Скопина и Шереметева о выступлении в поход на Москву. Толпа дала себя уговорить.
В марте царь объявил, что прощает всех участников заговора, как уехавших с Гагариным к «вору», так и оставшихся в столице. Князь Гагарин уже в начале мая 1609 г. вернулся в Москву. За попытку государственного переворота и измену его надлежало пытать и казнить. Но он явился с «повинной», и его встретили с распростертыми объятиями.