«Царь» утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, а потому на соборном суде не было никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями. Авраамий Палицын отметил, что Василия Шуйского осудили тотчас после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачника.
Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены думы и священного собора не посмели выступить в их защиту. Как с горечью отметил автор «Нового летописца», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р.С.) пособствующе, все на них кричаху».
Опытному царедворцу Василию Шуйскому удалось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех преступлениях, которые ему приписывали. «Виноват я тебе… царь государь: все это (о Растриге. — Р.С.) я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» — будто бы сказал Шуйский. Крамольный вельможа смиренно просил патриарха и бояр сжалиться над ним, страдником, и просить за него «рыцаря». По словам поляков, обвиняемый признался во всем в самом начале розыска, «боясь быть на пытке».
Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев — на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу, самозванец ввел в столице осадное положение: «…по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооружены во всем оружии, яко на битву».
На «Пожаре» распоряжался новый глава Стрелецкого приказа — боярин Петр Басманов. Несколько тысяч стрельцов оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. Были приняты все меры безопасности против возможных волнений. Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о вине Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор. Сообщение Исаака Массы, будто Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, относится к числу вымыслов. На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу.
Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачника москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «поделом» был. Шуйские пользовались популярностью в народе, и их осуждение вызвало среди москвичей разные толки. По свидетельству поляков, даже сторонники Шуйских боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, народ выражал явное недовольство. С казнью медлили. Отмена казни не входила в расчеты Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал один из телохранителей «царя», остановивший казнь, а следом за ним появился дьяк, огласивший указ о помиловании.
Сподвижник Лжедмитрия Станислав Борша точнее других объяснил причины отмены казни Василия Шуйского. «Царь даровал ему жизнь, — писал он, — по ходатайству некоторых сенаторов». Бояре не посмели открыто перечить царю на соборе. Но после собора дума сделала все, чтобы не допустить казни князя Василия.
Имущество Шуйских, их вотчины и дворы подверглись конфискации. Князь Василий и его братья Дмитрий и Иван были заключены в тюрьму в галицких пригородах.
При царе Борисе наибольшим влиянием в думе пользовались Годуновы и Шуйские. Обе эти группировки были разгромлены и удалены из столицы. Думу пополнили «воровские» бояре, получившие чин в Путивле, а также опальные бояре и дворяне. Обновив состав Боярской думы, Лжедмитрий добился послушания бояр и стал готовиться к коронации.
Самозванец пожелал дождаться возвращения в Москву старицы Марфы Нагой. Его расчет был безошибочным. Признание со стороны мнимой матери должно было покончить с сомнениями тех, кто все еще не уверовал в его царское происхождение.