Царь Василий приказал разместить добровольно сдавшихся казаков на постой в Москве и «повеле им давати кормы и не веле их ничем тронути, тех же воров, которые пойманы на бою, повеле их посадити в воду».
Несколько дней спустя после сражения Разрядный приказ послал на поле боя под Коломенским людей «смотреть в трупу в побитых людех… Ивашка Болотникова да Юшка Беззубцова з детми».
Шуйский поспешил известить города, что его воеводы «воров побили наголову, а Истому Пашкова да Митку Беззубцова и многих атаманов и казаков живых поимали…». Царь не желал признать, что выиграл битву, подкупив Истому Пашкова. Особое внимание властей к персоне казачьего атамана Юрия Беззубцева с сыновьями доказывает, что по своему авторитету он не уступал другим вождям.
Вольные казаки рассчитывали восстановить на троне «законного» царя и получить от него жалованье. Но «Дмитрий» все не появлялся. Между тем московский великий государь неустанно убеждал повстанцев покинуть мертвого Растригу. Перейдя в лагерь царя, казаки могли получить денежное жалованье, а их атаманы — поместья.
На исход борьбы под Москвой оказало влияние то обстоятельство, что правительственные войска вели войну, опираясь на мощные укрепления Москвы. Если бы Болотников, потерпев поражение в открытом поле, решил сесть в осаду в селе Коломенском, его армию постигла бы судьба казацкого табора в Заборье.
Отказавшись от обороны Коломенского, Болотников избежал больших потерь. Поданным летописца, воевода князь Скопин и другие воеводы «живых взял седьм сот человек, да побили 2000». Приведенные цифры, по-видимому, включали все потери повстанческом армии. Наибольшие потери понесло казацкое войско в Заборье. Фактически армию Болотникова спасло сопротивление заборских казаков.
Болотников с атаманами и казаками привел в Калугу «всяких людей огненаго бою больши десяти тысяч, а иные всякие воры с розгрому же ис-под Москвы прибежали на Тулу и сели в Туле многие ж люди с вогненным боем». Повстанцы сохранили оружие, и это значит, что они отступали в относительном порядке.
Одержав верх над восставшими под Москвой, Шуйский 5 декабря 1606 г. обратился к городам с грамотой, в которой писал, что «дворяне и дети боярские резанцы, коширяне, туляне, коломничи, алексинцы, колужане, козличи, мещане, лихвинцы, белевцы, болховичи, боровичи, медынцы и всех городов всякие люди нам добили челом и к нам все приехали, а в городех у себя многих воров побили и живых к нам привели и город(а) очистили». Царь не очень заботился об истине, выдавая желаемое за действительное. В начале декабря 1606 г. восставшие прочно удерживали в своих руках Тулу, Калугу, Козельск, Белев, Волхов. Рязань и Мешевск сдались позже, после прибытия в эти города правительственных войск.
Грамота Шуйского при всей ее тенденциозности является важнейшим документом по истории бунта Болотникова. В публичном заявлении царь вынужден был признать крайне неприятный для него факт массового участия в восстании дворян и детей боярских южных уездов. В воззвании Шуйского упоминалось 13 мятежных городов. Из них лишь четыре лежали в полосе наступления Пашкова. Через остальные наступал Болотников, а отсюда следует, что дворяне и дети боярские из этих уездов подкрепили его войско.
Дворяне уступали по численности низшим слоям населения, но были военными людьми по профессии, сплоченными в корпорации («служилый город») и имевшими лучшее вооружение. Все это определяло их ведущую роль в любой войне.
Смута начала XVII в. имела причиной не классовые битвы между дворянами и низшими сословиями, а в первую очередь кризис и раскол в среде служилого дворянства.
На страницах исторических сочинений мелькает величественная фигура народного вождя Болотникова, который вел угнетенных от победы к победе и наконец оказался у стен столицы. В действительности вождь неизменно терпел поражения, предоставленный своим силам. Он был отброшен от Кром боярином Нагим, разгромлен Иваном Шуйским сначала под Калугой, а потом в Коломенском.