К концу июня из-за огромных затопленных территорий и финских болот с трудом удалось протащить артиллерию за линию долговременных огневых сооружения полосы обеспечения и приступить к методическому подавлению вражеской артиллерии. В течение всего июня на угрожаемых направлениях шло усиление войск, пополнение материальных запасов, переформирование частей и соединений. Были усиленны инженерно-штурмовые подразделения для уничтожения долговременных огневых сооружений, разработаны методы преодоления заминированной местности, заграждений, методы борьбы с оборонительными сооружениями, проведено обучение личного состава. Для решающего удара были выделены 7-я, 13-я армии и 3 механизированный корпус нового состава. В приграничных районах была проведена огромная работа по спешной постройке и переоборудованию путей сообщения для бесперебойного снабжения действующей армии. Общая численность личного состава была доведена до 650 тысяч человек.
Несмотря на разрыв дипломатических отношений, через французского посла в Финляндии советским политическим руководством были выдвинуты повторные требования о прекращении боевых действий и нале переговоров об обмене территориями. В случае согласия финской стороны, СССР брал на себя обязанности распустить народное правительство Финляндии. Однако по настоятельному требованию Германии, Англии и Франции это требование также было отклонено.
Для окончательного захвата укреплений на 'линии Маннергейма' дивизиям первого эшелона были приданы группы артиллерии разрушения (АР) в составе от одного до шести дивизионов на главных направлениях. Всего в этих группах было 14 дивизионов, в которых имелось 80 орудий калибром 203, 234, 280 мм. Советская авиация начала наносить удары 1000 кг противобункерными бомбами.
Финская сторона в этот период также продолжала пополнение войск и снабжение их поступающим от союзников вооружением.
Однако все предпринимаемые советским военным руководством шаги нивелировались активным сопротивлением финской армии и практически полным отсутствием дорог. На существующих меж озерных и меж болотных дефиле инженерные подразделения противника сооружали заминированные завалы, которые брались под плотный обстрел финской артиллерии. Расчистить такие завалы быстро не получалось. В начале приходилось долго и методично подавлять кочующие финские артбатареи, и только потом инженерно-штурмовые группы продвигались вперед планомерно расчищая завал и проделывая путь для наступающих подразделений Красной армии. За первые недели боев советская авиация понесла серьезные потери от слишком точного огня зенитных средств, что сразу показало наличие у противника радаров ПВО.
Усилились бои и в центральной Карелии, но проходили они не так успешно как на выборгском направлении. Если в одних местах удавалось продвигаться вперед, то в других местах войска отходили, кое-где даже до линии границы. Финны, как и в реальной истории, широко применяли тактику партизанской войны: небольшие автономные отряды, вооружённых автоматами, нападали на двигавшиеся по дорогам войска, преимущественно в тёмное время суток, а после нападений уходили в лес, где были заранее оборудованы партизанские базы.
Поселок Суомуссалми был занят 17 июня силами советской 163-й стрелковой дивизии 9-й армии, перед которой была поставлена ответственная задача нанести удар на Оулу, выйдя к Ботническому заливу и в результате разрезав Финляндию пополам. Однако вслед за тем в тыл дивизии вышла финская батальонная тактическая группа и закрепилась на стратегической трассе, оборвав поступления подкреплений, продовольствия и боеприпасов. Под угрозой оперативного окружения командование приняло решительные действия. На помощь 163 дивизии была выдвинута 44-я стрелковая дивизия, которая также была блокирована на дороге в Суомуссалми, в дефиле между двумя озёрами близ деревни Раате подразделениями 27-го финского полка. Решением Тимошенко для поддержки окруженных частей была выделена авиационная дивизия, численностью в 220 самолетов. В результате непрекращающихся авиационных налетов, финны вынуждены были оставить занимаемые позиции и отойти. Угроза окружения была снята, однако, несмотря на это командование обеих дивизий было отдано под трибунал, за грубые упущения, приведшие к значительным потерям личного состава и техники.