Несмотря на интенсивные переговоры двух командующих фитиль войны уже был подожжен. Первое боевое столкновение между итальянцами и немцами на Корсике вспыхнуло поздно вечером 8 сентября в Бастии. Командир тамошней небольшой базы Кригсмарине, получив приказ «Ось» из штаба флота, попытался разоружить итальянский гарнизон и взять под контроль город, не поставив фон Зенгера в известность о своих намерениях. Моряки устроили внезапный налет на порт и на стоящие там корабли, однако итальянцы оказали сопротивление, и их численное превосходство погасило все воинственные устремления немецких матросов. С обеих сторон были убитые и раненые, а итальянцы повредили несколько немецких кораблей и открыли зенитный огонь по пролетавшим немецким самолетам (которые просто пролетали, а не атаковали!). Каким- то чудом фон Зенгеру удалось притушить разгорающееся пламя войны, и убедить Мальи в том, что произошло недоразумение.
Тем временем, в южной части острова обстановка складывалась совсем по-другому. Карл Гезеле узнал о выходе Италии из войны от итальянского офицера связи прикомандированному к его штабу. «Предательство итальянской монархии неожиданно создало абсолютно новую военную и политическую обстановку для штурмовой бригады СС «Рейхсфюрер СС», писал он в своем рапорте от 22 сентября. Связи с немецкими штабами у Гезеле не было из-за атмосферных помех. Скорее всего, в этот момент он вспомнил вчерашнее приказание Мальи о передислокации бригады в центр острова и понял, чем это было вызвано. Не имея связи, Гезеле решил действовать по собственной инициативе и в 6 утра 9 сентября решительно двинул свои роты в южном направлении, для захвата портов. Эсэсовцы быстро взяли под контроль Бонифачо, застав врасплох и нейтрализовав местный итальянский гарнизон - 55-й легион чернорубашечников, не оказавший сопротивления. Тхосс написал в своем отчете, что «конфликт в Бонифачо разрешился мирно, и итальянцы не были разоружены» - это важная деталь, показывающая, что на тот момент еще не было никакой враждебности между сторонами, тем более что от итальянцев там стоял «идейный» фашистский легион. Скорее всего, их просто блокировали в казармах и все.
Пока пехотинцы СС захватывали город, расчеты 2-й зенитной батареи разоружили личный состав трех итальянских батарей (одной береговой и двух зенитных), дислоцированных рядом с ними. По воспоминаниям командира батареи Харри Штерна, о выходе Италии из войны они узнали по воплю радости, который раздался из расположения итальянской батареи. Никакого сопротивления итальянцы не оказали, а затем на 90 итальянцев на береговой батарее было выделено 6 эсэсовцев, призванных следить за их действиями.
Таким образом, в Бонифачо был сразу же установлен плацдарм необходимый как для вывода немецких войск из Сардинии, так и для встречи союзников, если бы они решили высадиться на юге (а немцы ожидали возможной высадки). Кроме этого, решительные действия Гезеле позволили избежать окружения и блокирования эсэсовской бригады итальянскими войсками, как это могло бы случиться, если бы он переместил свои части вглубь острова или бы отдал итальянцам инициативу.
Затем, днем 9 сентября, события приняли еще более крутой оборот. Два итальянских эсминца - «Антонио да Ноли» и «Уголино Вивальди», шедшие через пролив Бонифачо на соединение с основными силами итальянского флота, следующего на Мальту сдаваться союзникам, зачем- то обстреляли немецкие паромы, курсирующие между Сардинией и Корсикой. В ответ на это 2-я зенитная батарея Харри Штерна открыла по кораблям огонь, выпустив по ним в общей сложности 153 снаряда калибра 88-мм. Снаряды мощных 88-мм орудий ложились точно в цель, разрывая обшивку итальянских эсминцев. Попадания вызвали пожары на обоих кораблях. Ответный огонь эсминцев по батарее был неточным и вреда не причинил. В итоге после короткого боя оба корабля ушли все в дыму. Однако далеко уплыть им не удалось. Тяжелые повреждения на «Антонио да Ноли» привели к тому, что корабль вскоре затонул, о чем на следующий день Штерну сообщил приехавший на батарею офицер Люфтваффе из эскадрильи морской разведки. Команда такого эсминца в военное время составляла 12-15 офицеров и 210 матросов, скорее всего, большинство из них погибло. Судьба «Уголино Вивальди» также была печальна - шедший весь в дыму эсминец подорвался на мине и затонул. Капитан и старший механик отказались спасаться и погибли вместе с кораблем. Отметим, что обычно пишут о том, что огонь по эсминцам открыли немецкие береговые батареи (именно так и было сказано в сводке Вермахта), а не зенитные, и тем более - эсэсовские. Однако главная заслуга в их уничтожении целиком принадлежит эсэсовцам. За этот успех Гезеле наградил трех военнослужащих 2-й зенитной батареи Железными крестами 2- го класса - это были первые награды полученные батареей, а на щитках орудий был нарисован силуэт корабля, символизирующий потопление оного.
Эсэсовские зенитчики снова отличились 11 сентября. В это время итальянская авиация из Северной Италии, Сардинии и Корсики начала перелетать на Сицилию и сдаваться союзникам. Над Бонифачо пролетела эскадрилья бомбардировщиков «Cant Z1007 bis» и расчеты легких взводов 2-й и 3-й батарей открыли по ним огонь из 20-мм зениток. Пять самолетов были сразу же подбиты и охваченные пламенем рухнули в море, а вскоре был сбит и шестой. Остальные бомбардировщики рассеялись в воздухе.
Как только Италия вышла из войны, и так слабая дисциплина во многих итальянских частях корсиканского гарнизона рухнула окончательно. Эсэсовец Йозеф Кёк вспоминал: «Когда итальянцы разорвали свой союз с Германией в сентябре 1943 года, многие итальянские солдаты побросали оружие, напились вина и праздновали без конца». Зато вместо итальянцев тут же активизировались французские партизаны, к которым перешла местная французская жандармерия. Итальянские войска оказались нейтрализованными приказами и на местах нередко склонялись на сторону маки. Зная это, своей целью повстанцы избрали немцев. 9 сентября французские жандармы организовали засаду, куда угодила колонна, в которой ехал фон Зенгер, в результате была потеряна головная машина. В этот же день поднялось восстание в Аяччо, и город, где немцев практически не было, перешел под контроль сопротивления. Затем, 10 сентября маки попробовали поднять восстание в Сартене, где квартировали подразделения бригады. Возглавлял восстание местный священник, размахивающий французским флагом, а повстанцы были вооружены американскими автоматами и пулеметами. Они атаковали места расквартирования эсэсовцев, однако немцы не растерялись и дали решительный отпор, подавив восстание. Также партизанами были атакованы склады бригады в Куэнце и Гизоначчи. Из-за активности маки передвижение по дорогам для немцев было сильно затруднено, а вскоре центральная и западная части Корсики вообще стали для них недоступны.
Тем временем, на Корсику начали прибывать части 2-го авиационного командования, перебрасываемые из Сардинии, под командованием решительного оберста Хубертуса Хичхольда - «сборная солянка» из истребительных, штурмовых, бомбардировочных и транспортных групп и штаффелей, разной силы и боеспособности.
11 сентября Мальи под давлением фон Зенгера согласился отвести итальянские войска в центр острова, дабы избежать столкновений, и усилить береговые батареи немецким персоналом, однако ответил отказом на требование о передачи Бастии (контроль над которой был для немцев критически важен во всех смыслах) и нескольких других пунктов под немецкое управление. После этого «стало ясно, что обстановку в Бастии можно нормализовать только с помощью оружия». Вывод был достаточно смелым, так как немцы не имели сил для разоружения всех итальянских войск, не говоря уже о подавлении партизанского движения, и о взятии под контроль всей Корсики, которую они, тем не менее, планировали оборонять. Дело в том, что переброска 90-й панцер-гренадерской дивизии несколько затягивалась, так как для этого имелось всего лишь пять паромов, а войска фон Зенгера были сосредоточены на юге, и частично распылены вдоль восточного побережья. Из-за этого фон Зенгер должен был юлить, изворачиваться и хитрить перед итальянцами, убеждая их в том, что немцы не намерены задерживаться на Корсике и планируют оставить остров, так же как и Сардинию, при этом подтягивая к Бастии подразделения штурмовой бригады СС, для удара. Одновременно фон Зенгер распорядился вывести из Бастии все немецкие части, чтобы избежать возможного столкновения (управление морского транспорта передислоцировалось в Порто-Веккьо).