Чижов проявил дипломатические способности и в момент формирования состава правления, когда обострились отношения между братьями Шиповыми и бароном Дельвигом. В результате в правление вошли: Н. Рюмин, И. Мамонтов, Д. Шипов и барон А. Дельвиг. Федор Васильевич, не располагавший в то время средствами для приобретения достаточного количества акций, стал кандидатом правления. Между прочим, по его настоянию включено положение о публикации не менее шести раз в год отчетов правления о своих действиях и состоянии кассы общества.
В процессе строительства возникало много проблем, в том числе и с владельцами земель, отходивших под дорогу. Барон Дельвиг, с иронией относившийся к славянофильству своего друга, вспомнил об одном эпизоде, когда в правление общества (Тверской бульвар, дом Дубовицкой) пришел очередной визитер — «лесопромышленник»:
«...Чижов, основываясь на славянофильской теории, сказал мне, что этот простолюдин, не испорченный западным образованием, конечно, не будет требовать... невероятно значительного вознаграждения... Я обратился к лесопромышленнику, прося его назначить цену отходящих от него под дорогу пяти десятин земли, и он, низко кланяясь, отвечал, что государю угодно было, чтобы дорога строилась, а потому он покоряется воле государя и назначить цену своему участку не может. Я объяснил ему, что государь, утверждая устройство дороги, дозволил отчуждение потребной для нее земли, но с тем, чтобы за отчуждаемую землю было у плочено...
Он долго низко кланялся и не назначал цены, но по моему настоянию наконец заявил цену в 5000 рублей... Тогда я обратился к Чижову с замечанием, что, конечно, западная цивилизация испортила честную натуру русского человека, так как требования не испорченного ею простолюдина в несколько раз превышают требования ею испорченного Алтонского».
Осенью 1860 года правление общества направляет барона Дельвига и Чижова за границу. Первого — для заказа подвижного состава, Чижова — с целью «войти в сношение с заграничными банкирами по предмету выпуска облигаций общества».
В Лондоне, вспоминал барон Дельвиг, «одним из первых наших визитов был визит к А. И. Герцену, которому я рекомендовал Чижова и который был очень рад видеться с нами. Приняв нас, он немедля прочел передовую статью последнего его издания «Колокол».
В марте 1861 года Федор Васильевич заменил в правлении Общества Московско-Ярославской железной дороги Д. Шипова, а после отъезда в Петербург барона Дельвига стал бессменным председателем правления. Это, полагал барон Дельвиг, «было весьма важным моментом для дороги, которая могла строиться и эксплуатироваться только благодаря умению Чижова не только поддержать безусловную честность... но и своим усердием и постоянною настойчивостью заставлять всех служащих на дороге исполнять усердно свои обязанности».
В августе 1862 года состоялось торжественное открытие дороги. «Директоры правления и я,— вспоминал барон Дельвиг, в ту пору главный инспектор частных железных дорог,— поехали в Сергиевский Посад с первым пассажирским поездом, который на Сергиевской станции железной дороги был встречен всем духовенством Троицкой лавры, отслужившим благодарственное молебствие...»
Но, кажется, чаще в шестидесятые годы ездил Ф. В. Чижов по Николаевской. В северной столице не забывает друзей юности. «Дядю Чижова» радостно принимают в семействе Поленовых. А. Никитенко записывает в своем дневнике (2 декабря 1863 года): «Был Ф. В. Чижов, на несколько дней приехавший из Москвы. Он сделался совершенно промышленным человеком. У него седенькая небольшая бородка клином...»
Пишет и Чижов А. Никитенко (9 ноября 1864 года): «...Чтобы напомнить.., посылаю вам старого Чижова в фотографическом его фраке... Я теперь весь по уши в железных дорогах и банках, купеческих, разумеется... У нас начинается Московский купеческий банк...»
С инициативой создания первого частного банка в Москве выступил В. А. Кокорев[6 Кокорев Василий Александрович (1817— 1889) — откупщик, предприниматель, основатель Волжско-Камского банка.]. В середине 1864 года состоялось собрание учредителей, на котором принято решение назвать создаваемый банк «Московским купеческим». Руководящее ядро нового банка составляла группа учредителей из числа крупнейших текстильных фабрикантов: Т. С. Морозов, П. М. Третьяков (владелец Костромской льняной мануфактуры), И. А. Лямин, С. П. Малютин, а также П. П. Сорокоумовский и В. Д. Аксенов.