В 1796 г. Гатчинские войска насчитывали 2399 человек, в пехоте служили 74 офицера. Павел Петрович знал всех офицеров лично. У наследника была замечательная память: он никогда не забывал ни о заслугах, ни о проступках. И. Д. Цибульский имел реальные возможности отличиться в Гатчинских войсках. Он не получил основательного образования (в его формулярном списке записано, что «читать и писать умеет»), но к своим обязанностям относился очень серьезно и дело свое знал хорошо. Поручик в отставке, И. Д. Цибульский поступил в Гатчинские войска, откуда по восшествии Павла I на престол, в первые дни царствования императора был возвращен на службу и определен учителем в тактический класс Павловского гренадерского полка, о чем имеются данные в «Истории лейб-гвардии Павловского полка 1790–1890 гг.».
Получив власть после кончины Екатерины, Павел ввел свои Гатчинские войска в Петербург, влив их в старые гвардейские части и создав новые. Гатчинцы стали опорой императора при проведении реформ в армии. Они обучали екатерининских гвардейцев служить по новым уставам.
И. Д. Цибульский явно пользовался расположением Павла I: в июне 1797 г. он был произведен в капитаны, а в декабре 1798 г. — в полковники гвардии (до Павла I полковниками гвардии были монархи, с воцарением Павла этот чин впервые был дан переведенным в гвардию гатчинским штаб-офицерам). В гвардии И. Д. Цибульский служил в полку Его Величества (так назывался в честь шефства Павла I Преображенский полк). Это было тоже высокой честью и степенью доверия императора к своему офицеру. Служба в гвардии для И. Д. Цибульского продолжалась довольно долго — до 19 мая 1800 г., когда он был произведен в генерал-майоры и стал шефом Уфимского мушкетерского полка.
Служить в войсках императора Павла I было чрезвычайно тяжело не только потому, что Павел I требовал строгого следования уставам, за нарушение которых немедленно следовало наказание. Император входил во все мелочи военной жизни и лично проверял выполнения уставов. Каждый вахтпарад, каждый смотр мог для офицера стать последним, закончиться гауптвахтой, переводом в другой полк или отставкой. Все это держало офицеров в постоянном страхе. Многие из них выходили в отставку, что обеспечивало быстрое продвижение по службе молодым офицерам. Служивший при Павле I в лейб-гвардии Конном полку Н. А. Саблуков в своих «Записках» писал: «…Производство шло у нас чрезвычайно быстро, особенно для тех, которые имели крепкие нервы. Я, например, продвигался очень скоро, так что из подпоручика Конной гвардии, каким я был в 1796 году, во время восшествия на престол императора Павла, я в июне 1799 года уже был полковником, миновав все промежуточные ступени. Из числа ста тридцати двух офицеров, бывших в Конном полку в 1796 году, всего двое (я и еще один) остались в нем до кончины Павла Петровича».
И. Д. Цибульский также очень быстро продвигался по службе: за четыре года службы у Павла он дослужился до звания генерал-майора.
Император Павел I наградил И. Д. Цибульского орденом Святого Иоанна Иерусалимского. Этот орден назывался также Мальтийским, так как он был высшей наградой Мальтийского рыцарского ордена. Основанный в Иерусалиме в 1048 году, орден в XVI веке перенес свою резиденцию на остров Мальту. В 1798 году Наполеон захватил Мальту по пути из Франции в Египет. Рыцари обратились за помощью к Павлу I, предложив ему стать великим магистром ордена. Согласившись быть великим магистром, Павел I издал манифест об установлении в пользу российского дворянства ордена Святого Иоанна Иерусалимского. (Но 20 января 1817 года уже при императоре Александре I орден Святого Иоанна Иерусалимского был исключен из числа российских орденов).
В годы царствования Павла I этот орден был не только очень высокой наградой за военные и гражданские заслуги, но и свидетельствовал о личном расположении императора к награждаемому.
Кроме ордена Святого Иоанна Иерусалимского И. Д. Цибульский до Отечественной войны 1812 года имел только орден Святой Анны 2-го класса. В своем формулярном списке он написал, что в войнах не участвовал. И. Д. Цибульский действительно не участвовал ни в русско-турецкой, ни в русско-шведской, ни в обеих войнах против Наполеона, которые вела в то время Россия, но сказать, что он не воевал, не был под пулями, нельзя. Больше 10 лет генерал служил на юго-восточных границах России, где стычки с кочевниками и разбойничьими государствами Хивой и Бухарой были постоянными.