Значение наречения именем Софии одного из первых христианских храмов при Константине Великом станет особенно понятно, если вспомнить, что именно на это время падает период чрезвычайных усилий Церкви по борьбе с гностиками и арианами, пренебрежительно отзывавшимися о месте и значении Премудрости Божией в духовной жизни мира. Первые считали Софию последним из тридцати женских эонов, нарушивших иерархический строй и породивших другую — низшую Софию (Пруникос), ставшую чем-то вроде падшего ангела, сотворившего мир. Вторые же пытались использовать слова Писания о Премудрости в качестве подтверждения своего тезиса о тварности Второго лица Троицы. Оскорбительное отношение к миру, как к порождению падшей мудрости и к Богу-Сыну, как к творению, не мог разделяться православными и требовал от них деятельного восстановления чести и славы Иисуса Христа Премудрости Божией. Что и осуществилось, с одной стороны, через исповедание Никейского символа веры, а, с другой стороны, через наречение именем Софии одного из первых христианских храмов.
К сожалению, о наличии иконы Софии в Константинопольском храме сохранились лишь отрывочные сведения. Но они уже самим фактом своего существования свидетельствуют о давности иконного воссоздания Софии. В одном из списков «Сказания о Святой Софии Царьградской» говорится, что на месте явления ангела «честна икона великого Бога и Спаса нашего Иисуса Христа утвердисе». Это сообщение «Сказания» подтверждает Антоний Новгородский в своем «Паломнике», указывая, что в церкви Великой Софии «начертано бысть на стене образ святыя Софеи.» В некоторых списках «Паломника» Антония Новгородского говорится и о содержании образа: это или «ангел», или «три ангела». В последнем случае, вероятно, имеется в виду образ «Ветхозаветной Троицы». Но такими свидетельствами круг данных о первой иконе Софии и ограничивается.
Недостаток вещественного материала и описаний вынудил церковных археологов в поисках источников иконографии иконы Софии Премудрости Божией стать на путь сличения и исследования других памятников церковного искусства. Однако и здесь особых успехов добиться не удалось. Среди возможных вариантов первоначального типа византийской иконы Софии нередко называлось выдержанное в античных традициях изображение женской фигуры с хартией или книгой в руке, сопровождаемое надписью «София». Такой предстает мудрость на миниатюре Псалтыри Парижской библиотеки и в убранстве Монреальского собора (надпись: «Sapientia Dei»). Однако все эти изображения, порожденные Византией или под ее влиянием, все-таки трудно отнести непосредственно к образам христианской иконографии Премудрости Божией. Передавать человеческие свойства и состояния с помощью изображений человеческих фигур (чаще женских) с соответствующими атрибутами — характерная особенность античного искусства. Но аллегоризм официально был запрещен 82-м правилом шестого Вселенского собора, в XVI веке против женоподобной аллегории мудрости выступил в Москве дьяк Висковатый, в XVII веке возмущение по тому же поводу высказал соратник патриарха Иоакима инок Евфимий, в 1722 году Синод официально запретил писать «образ премудрости Божией в лице некия девицы».
Кроме древних изображений женских фигур, сомнительной представляется и другая точка зрения на источник иконографии Софии Премудрости Божией, согласно которой им является образ Христа в ангельском виде. Как на миниатюре Супрасальской Псалтыри (XIV в.), где есть изображение крылатой фигуры, поддерживающей руками трехкупольный портик и надпись по сторонам «Премудрость Божия». Сомнительным данное мнение представляется потому, что для Церкви, в памяти которой была свежа горькая история многочисленных ересей, провозглашавших Христа ангелом по естеству, подобные изображения вряд ли могли найти одобрение в православной среде. Во все времена от гностиков, видевших Иисуса Христа по Воскресении в виде огромного Ангела Света («София Иисуса Христа») и до богомилов, считавших Его архангелом Михаилом, такие образы вправе были рассматриваться как потакание еретическим умонастроениям. Даже в России, не пережившей всех перипетий противогностической борьбы, крылатые, ангелоподобные изображения божеств появились сравнительно поздно (в XVI веке) и немедленно подвергались осуждению со стороны ревнителей православной старины. В деле дьяка Ивана Висковатого часто и с неудовольствием упоминались иконы окрыленного Распятия и Бога в ангельском образе. Вероятно, не без недоумения рассматривали тогда москвичи и роспись новых государственных палат, где также был «написан Господь, аки ангел» и было изображение ангела с надписью «Премудрость», хотя в последнем случае вероятней всего имелся в виду служебный дух, упомянутый пророком Исайей.