В связи с доминированием в композиции иконы киевской Софии образа Богоматери, хочется, кроме всего прочего, заметить, что запрет Синода изображать Премудрость в лице «некия девицы» не выглядит сейчас бесспорным, он понятен и оправдан по отношению к аллегории мирской мудрости или гностической Софии-Пруникос, но под этот запрет могла подпасть и одна из киевских версий иконы Премудрости, безукоризненной с догматической точки зрения.
Несмотря на признание, которое получила киевская икона Премудрости, скоро распространившаяся по всей России, в самом Киеве судьба ее складывалась не совсем благополучно. В том же XVII столетии, видимо, некоторое время после смерти митрополита Могилы, ее место в иконостасе Киевского собора Софии заняла другая икона Премудрости, судя по всему, содержанием своим более отвечающая тому тяжелому положению, в котором оказалась православная Церковь на Украине во второй половине XVII века. Списки с этой второй киевской иконы Софии до нас не дошли, сохранилось лишь описание, оставленное известным путешественником Павлом Алеппским. Он излагает содержание иконы следующим образом: «В средине иконы церковь с колоннами, при основании которой кругом род свода; над церковью Христос и Его Дух Святой нисходит на нее в сиянии; внизу изображение гиены: кашидьяри (дьявол) с очень большим носом держит в руке лук и стрелы, подле него множество персиян в кисейных тюрбанах с луками и стрелами стреляют в церковь; толпа франков в своих шляпах и костюмах с ружьями и пушками». Дальнейшая судьба этой иконы не известна. По-видимому, с присоединением Украины к России борьба за сохранение православия в ее пределах стала не столь актуальна, как раньше, и данная икона была заменена на прежнюю, ту, что связывалась с именем митрополита Петра Могилы.
Несмотря на все иконографические различия, обе киевские иконы в своих центральных образах: Богоматери на одной и Церкви на другой тесно взаимосвязаны. Вторая икона является как бы дополнением и завершением первой в ее главной теме Воплощения Бога-Слова, сначала через Деву обретшего плоть, а затем облегшегося в мистическое тело — Церковь. И обе иконы, соединенные вместе, сложно представить себе как образное воссоздание толкования блаженным Августином слов Писания о Премудрости: «Мы действительно узнаем Божию Премудрость, т. е. совечное Отцу Слово, создавшее себе в девственном чреве дом — тело человеческое, и к этому телу, как члены к главе, присоединившее Церковь».
Настоящее краткое обозрение иконографии Софии Премудрости Божией позволяет сделать вывод, что в церковном искусстве существует большая группа различных по выражению и содержанию икон, носящих общее имя Софии. Искусствоведы издавна пытались как-то систематизировать весь этот сложный комплекс образов. Однако они старались осуществить данную задачу по чисто внешнему, территориальному признаку, деля их на византийские, новгородские и киевские. Что приводило к смешению там, где требовалось разделение, и к разделению там, где требовалось единство. Сами же иконописцы были гораздо точнее и глубже к пониманию смыслового строя икон и подразделяли их исходя не из территориального признака, а из содержания. Делились иконы Премудрости на две группы. В первой господствовала христологическая тема, и вся композиция служила как бы иллюстрацией к словам апостола Павла о Христе как воплощенной Премудрости. К этой группе относятся первые три византийские версии иконы и все новгородские.
Во второй группе икон преобладала тема божественного Домостроительства, и композиция строилась с опорой на текст книги Притч о Премудрости, создавшей себе дом. К этой группе относятся четвертая греческая икона и обе киевские. Такое подразделение больше отвечает существу иконописного ремесла, совершенно не склонного к территориальному сепаратизму, но строго следовавшего за точностью изложения иконописным языком вероучительных истин. Поэтому и софийные иконы обеих, несмешиваемых в иконописном сознании групп, обычно сопровождались соответствующей содержанию надписью: первые — «София Премудрость Божия», вторые — «Премудрость созда себе дом».