Για την Εκκλησία πάντως ήταν πολύ δύσκολο να ανακαλύψη την αίρεσι του Αρείου. Υπήρχαν πολλοί Ορθόδοξοι που δεν κατάλαβαν στην αρχή την αίρεση του Αρείου. Η αίρεσις αυτή φανερώθηκε κυρίως από δύο αιτίες:
α) Έλεγε ο Άρειος ότι ο Πατήρ κτίζει και γεννά τον υποστατικό Λόγο προ των αιώνων, αλλά εκ του μηδενός (όχι δηλαδή εκ του Πατρός). Αλλά κατά την Πατερική αντίληψι δεν υπάρχει τίποτε προ των αιώνων που να υπάρχει εκ του μηδενός. Όλα τα προ των αιώνων είναι άκτιστα και εκ του Πατρός. Όταν κτίζωνται οι αιώνες, τότε αρχίζει η δημιουργία εκ του μηδενός. Μετά ακολουθούν οι άγγελοι και μετά ο χρόνος.
Στην Αυγουστίνειο παράδοσι υπάρχει η ιδέα ότι ο Θεός είναι το αιώνιο παρόν, ότι στον Θεό όλα είναι πάντοτε παρόντα και τα μέλλοντα και τα παρελθόντα. Δηλαδή στον Θεό και το παρελθόν και το μέλλον είναι ένα συνεχές παρόν. Οπότε στον Αυγουστίνο και στους οπαδούς του, στην Παπική παράδοσι, δόθηκε η ευκαιρία να νομίζουν ότι ο άνθρωπος, αν απαλλαγή από τον χρόνο, τότε θα μπορούσε να συλλάβη το συνεχές παρόν, το αιώνιο παρόν. Καθώς και ότι, όταν το συλλάβη, τότε μπορεί να συλλάβη και το άκτιστο, ακόμη μάλιστα και την ουσία του Θεού! Όλη αυτή η θεώρησις περί χρόνου του Αυγουστίνου ήταν καθοριστική για την γραμμή της Σχολαστικής παραδόσεως.
Στην Πατερική παράδοσι όμως υπάρχει μία σαφής διάκρισις μεταξύ αιώνων και χρόνου. Οπότε ο χρόνος υπάρχει μέσα στους αιώνες, αλλά δεν είναι όλα τα κτίσματα περιωρισμένα μέσα στον χρόνο. Διότι υπάρχουν ωρισμένα κτίσματα (τα αγγελικά τάγματα, οι δαίμονες και οι ψυχές των κεκοιμημένων), τα οποία είναι ανεξάρτητα από τον χρόνο, διότι ζουν μέσα στους αιώνες και όχι μέσα στον χρόνο. Και γι’ αυτόν τον λόγο κινούνται με αστραπιαία ταχύτητα. Γι’ αυτό οι άγγελοι και οι δαίμονες και οι ψυχές των κεκοιμημένων Αγίων μετακινούνται τόσο γρήγορα, ώστε φαίνεται ότι βρίσκονται σε πολλά μέρη συγχρόνως. Δηλαδή δεν περιορίζονται από τον χώρο και τον χρόνο.
β) Από την αίρεσι του Αρείου περί Ενσαρκώσεως.
Κατά την διάρκεια της διαμάχης μεταξύ των Ορθοδόξων και των Αρειανών υπήρχαν ωρισμένα σημεία επαφής μεταξύ των δύο. Ότι δηλαδή μόνον ο Θεός γνωρίζει την ουσία Του και ότι ο Θεός έχει ουσιώδη ενέργεια, η οποία δεν ταυτίζεται με την ουσία Του (διάκρισις μεταξύ ουσίας και ενεργείας). Γι’ αυτόν τον λόγο ο Θεός όταν δημιουργή τον κόσμο, τον δημιουργεί όχι κατ’ ουσίαν, αλλά κατά βούλησιν και κατ’ ενέργειαν. Οπότε υπάρχει ένωσις της ακτίστου ενεργείας του Θεού με τα κτίσματα. Βέβαια μεταξύ τους οι διάφορες μορφές της ακτίστου ενεργείας του Θεού δεν ταυτίζονται. Διότι δεν είναι το ίδιο πράγμα η δημιουργική ενέργεια του Θεού με την συντηρητική ενέργεια του Θεού ή με την καθαρτική ενέργεια του Θεού ή με την φωτιστική ενέργεια του Θεού ή με την θεωτική ενέργεια του Θεού. Δεν υπάρχει μεταξύ τους ταυτότης, διότι, αν υπήρχε ταυτότης, τότε όλα τα κτίσματα θα μετείχαν στην θεωτική ενέργεια του Θεού. Αυτά όλα προέρχονται από εμπειρία της θεώσεως των Πατέρων και είναι τα θεμέλια της διδασκαλίας τους εναντίον των αιρετικών. Δηλαδή, η αφετηρία της Πατερικής διδασκαλίας είναι η διαφοροποίησις, η διάκρισις, μεταξύ των ενεργειών του Θεού.
Αυτά οι Αρειανοί τα πήραν και τα φιλοσοφοποίησαν. Δέχθηκαν την διάκρισι μεταξύ ουσίας και ενεργείας, έκαναν την μάχη τους εναντίον της Εκκλησίας και είπαν ότι ο Λόγος δεν γνωρίζει την ουσία του Θεού. Απόδειξις τούτου, είπαν, είναι ότι δεν έχει όλες τις ενέργειες του Θεού. Απόδειξις γι’ αυτό, λένε, είναι ότι δεν γνωρίζει την ημέρα της Κρίσεως, ότι δηλαδή αγνοεί ωρισμένα πράγματα, τα οποία γνωρίζει μόνον ο Πατήρ. Επομένως, εφ’ όσον δεν έχη όλην την γνώσι, αυτό σημαίνει ότι δεν έχει και την ουσία του Θεού.
Μέσα σ’ αυτήν την διαμάχη και οι Αρειανοί και οι Ορθόδοξοι πήραν ολόκληρη την Αγία Γραφή και την χώρισαν και έκαναν τρεις στήλες, στις οποίες κατέγραψαν μία-μία όλες τις ενέργειες κάθε Προσώπου της Αγίας Τριάδος που αναφέρονται στην Αγία Γραφή. Είπαν δηλαδή αυτές είναι οι ενέργειες του Πατρός, αυτές του Λόγου και αυτές του Αγίου Πνεύματος. Έκαναν δηλαδή μία ταξινόμησι. Οι Ορθόδοξοι, με τον τρόπο αυτό, βρήκαν ότι όλες τις ενέργειες που έχει ο Πατήρ, τις έχει και ο Υιός και όλες τις ενέργειες που έχουν ο Πατήρ και ο Υιός, τις έχει και το Πνεύμα το Άγιον. Αυτά τα είπαν οι Ορθόδοξοι. Οπότε ταυτίζονται οι ενέργειες του Πατρός και του Υιού και του Αγίου Πνεύματος. Άρα ταυτίζεται η ουσία Τους. Διότι αυτές οι ενέργειες είναι οι φυσικές ενέργειες της ουσίας. Οπότε μεταξύ των τριών υποστάσεων υπάρχει κοινωνία ουσίας και ουσιώδους ενεργείας. Αυτή είναι η διδασκαλία των Πατέρων.