Были случаи падения техников с высокорасположенных частей планера. Кроме того, средства наземного обслуживания (стремянки, подъемники и т.п.) у Бе-12 довольно громоздкие. Для обеспечения плавучести нижняя часть лодки выполнена водонепроницаемой, при этом верхняя почему-то не является таковой, что при атмосферных осадках приводило к попаданию влаги внутрь самолета, усложняя эксплуатацию авиационного и радиоэлектронного оборудования.
Летный состав отмечал неудобство кабин, плохой обзор, особенно при выполнении посадки. Командир эскадрильи подполковник Лапочкин Е.М. (кстати, летчик 1 класса) после месяца летного переучивания на мой вопрос об успехах в освоении Бе-12 отвечал, что до сих пор не понял, как же он садится. Отдельный разговор и о высоком уровне шума в кабине. Что же касается обслуживания гидро-, пневмо- и др. систем самолета, а также радиоэлектронного оборудования, следует отметить свободный в большинстве случаев доступ к агрегатам и блокам, т.к. они размещены открыто на этажерках по бортам лодки. По планеру особых проблем тоже не было, лишь на самолетах первых серий, у которых обшивка PH была полотняной, случались ее разрывы. Но в целом самолет был крепким. Ни попадания в грозу, ни столкновения с птицами, ни даже попытки таранить подкрыльными поплавками аэродромные строения и автомобили во время руления ночью не могли надолго вывести его из строя. В Багерово в одном из таких случаев были повреждены стабилизаторы сразу трех самолетов L-29.
Высокое расположение двигателей и схема шасси с хвостовым колесом создают опасность капотирования самолета. Поэтому при опробовании двигателей на земле инструкция предписывает швартовать хвостовую стойку, а РВ отклонять полностью вверх. Правда, на стоянке при убранных закрылках самолет не капотирует при любом режиме двигателей до взлетного включительно. При отклонении закрылков на 25° хвостовое колесо отрывается от земли при режимах, больших 0,75 номинального. В связи с этим самолету запрещено руление с отклоненными закрылками, а на взлете, когда закрылки находятся в положении 15°, двигатели выводятся вначале на 0,7 номинала, и только когда снятый с тормозов самолет начинает движение, режим работы двигателей плавно доводится до взлетного. На противокапотажные свойства самолета оказывает влияние его центровка (на взлете должна быть не менее 20%САХ). Опасность капотирования увеличивается при эксплуатации с грунта, особенно при прочности грунта менее 4 кгс/см². Известен случай капотирования самолета в Бердянске (экипаж командира отряда м-ра Чиркина В.И.), когда на пробеге заклинило тормоз правого колеса. Самолет коснулся носовой частью лодки БВПП (представьте ощущения штурмана к-на К.Середы), а затем опрокинулся на хвост, при этом была разрушена хвостовая опора шасси. Она же подвела и экипаж к-на В.Кувшинова, сложившись во время пробега по БВПП в том же Бердянске. Самолет повреждений не получил, за исключением водоруля, который стерся наполовину. Точную причину отказа не нашли, но хвостовую стойку заменили. Еще один случай имел место в Мариуполе с экипажем п-ка М.И.Харченко. В первой половине разбега, когда для выдерживания направления взлета применяется раздельное торможение колес основных стоек шасси, разрушилось колесо правой стойки. Самолет взлетел, но как выполнять посадку? Долго совещались и решили сажать самолет на грунт. А дело было весной, и прочность его не превышала 5 кгс/см². Велико было напряжение всех наблюдавших за посадкой, но Харченко мастерски выполнил эту работу.
Автор перед Бе-12 (борт №32) - самолетом с трагической судьбой
Бе-12 (борт №32) после катастрофы 14 июня 1982 г.
Определенные хлопоты при эксплуатации доставляла и силовая установка Бе-12, в основном, в зимних условиях. Например, очень капризной при низких температурах становилась маслосистема ВСУ АИ-8. Однажды при заполнении баков самолета топливом из-за отказа кранов заправки произошло разрушение кессона крыла, и самолет долго восстанавливали. А вот почти курьезный случай: как известно, очередность запуска АИ-20Д не играет роли - теоретически можно первым запускать как левый, так и правый двигатель. Но нашелся самолет (кажется, бортовой №65) который в одно прекрасное время начал признавать только вполне определенный порядок: сначала правый двигатель, а уж затем левый, но ни в коем случае не наоборот - иначе второй просто не хотел запускаться. Что только ни делали (вплоть до замены ТВД) - результат нулевой. А причина оказалась проста - отказал обратный клапан системы отбора воздуха от правого двигателя.