В ходе работы макетной комиссии выяснилось, что на многие вопросы создатели и эксплуатационники имеют разные взгляды. Как не доказывали стороны друг другу правильность своего видения проблем, полностью достичь взаимопонимания не удалось, и они разошлись ни с чем. Лишь в марте 1958 г., после проведения дополнительных проработок и согласований стороны, возглавляемые генералами Г.М.Бериевым и А.В.Жатьковым, пошли на компромисс и подписали соответствующий акт.
Одним из решающих вопросов при создании нового ЛА всегда является выбор двигателя. Применение на Бе-12 ТВД ни у кого сомнений не вызывало: для самолета с большой продолжительностью полета и скоростью до 550 км/ч такие двигатели наиболее целесообразны. Однако у определенного заданием НК-4 появился конкурент - АИ-20 конструкции А.И.Ивченко. По мощности двигатели мало отличались, причем оба имели одну существенную особенность - для их запуска требовалось большое количество электроэнергии, обеспечить которое от бортовых аккумуляторных батарей не представлялось возможным. Запуск же двигателей только от наземных энергоисточников заказчика не устраивал, т.к. в этом случае Бе-12 лишался возможности автономной эксплуатации в открытом море. Дело однозначно требовало применения вспомогательной силовой установки (ВСУ). Однако такого агрегата необходимой мощности тогда не существовало, а создать его могли зсе те же моторные КБ, но энтузиазма в этом они поначалу не проявили. Чтобы решить проблему, Георгию Михайловичу пришлось не один раз организовывать вояжи своих специалистов в Куйбышев и Запорожье. Аналогичные визиты наносились в Таганрог делегациями фирм Кузнецова и Ивченко. Первыми поняли безвыходность положения запорожцы, которые оперативно создали для Бе-12 турбогенераторную ВСУ АИ-8. К этому времени их двигатель показал большую надежность в сравнительных испытаниях с НК-4, проведенных на фирме Ильюшина. Это стало последней каплей в споре, и для Бе-12 приняли АИ-20Д, создателям которого удалось увеличить его мощность до 5180 э.л.с.
Двигатели решили разместить на крыле, в месте стыка центроплана с консолями. Для защиты от попадания воды их вынесли как можно дальше вперед от передней кромки крыла. Расстояние от воды до воздушных винтов после проведения буксировочных испытаний моделей в гидроканале ЦАГИ было принято таким же, как у проверенного временем Бе-6, что определило выбор крыла типа «чайка». После огневых испытаний ВСУ Бериев дал указание перенести ее из средней части лодки в хвостовую, что обеспечило большую пожаробезопасность.
Лодка новой амфибии была разделена на отсеки водонепроницаемыми шпангоутами-переборками, которые при простреле или повреждении любых двух отсеков обеспечивали плавучесть и непотопляемость самолета. Одной из особенностей Бе-12 являлось наличие объемного грузоотсека, в котором размещалась боевая нагрузка, причем загружать его можно было и на плаву, для чего в палубе имелся люк. Ранее создание большого герметичного люка в днище лодки было неразрешимой задачей. У Бе-6 вооружение подвешивалось под крылом, что создавало ряд проблем. В ОКБ МС эту задачу впервые решили на Бе-10.
Отличительной чертой Бе-12 от сухопутных самолетов было то, что входные двери открывались вовнутрь. Это сделано для покидания лодки в случае ее затопления, т.к. при этом открыть дверь наружу не позволит давление воды. Однако при покидании самолета в воздухе, особенно при высоких скоростях, набегающий поток может «размазать» парашютиста по корпусу лодки. Поэтому перед задней дверью, через которую предстояло спасаться радисту, в момент эвакуации должен открываться специальный щиток. Его предусмотрели после того, как с самолетом еще до первого вылета ознакомился парашютист Николай Романюк.
Первый прототип Бе-12 во время заводских испытаний