Еще более очевидной является утрата ѣ в качестве фонемы ⟨е̌⟩ перед мягкими согласными в говорах Москвы. Смягчение согласной перед гласными из *е, *ь, приведшее к переходу [ʼе] в [ʼо] перед твердой согласной, привело в положении перед мягкой согласной к физиологическому сближению по качеству [ʼе] из *е, *ь с [ʼе] из ⟨е̌⟩ (искони имеющего смягчение предшествующего согласного), а затем к совпадению их в этих говорах. Об этом свидетельствует не только повсеместный гласный [е] между мягкими на их месте, но и [и], отмечаемый в этом соответствии только в говорах центральной зоны как под ударением, так и в 1‑м предударном слоге в окающих говорах: [дʼи́нʼ], [дʼинʼ]о́к, [пʼи́нʼ] — з[вʼи́рʼ], з[вʼирʼ]о́к, [вʼи́тʼ]ер. О том, что эти формы очень ранние, говорят примеры: [шы́сʼтʼ] (ше́сть), [жы́рʼ]ех (рыба же́рех), которые возникли здесь, видимо, до отвердения шипящих, т. е. до XV в. (Алексеев, 1954; Образование…, 1970, с. 355).
Связь совпадения гласных на месте фонем *е и *е̌ в [е] или [и] между мягкими (т. е. их неразличение) с системой различения их как [о] и [е] перед твердыми согласными, единообразие и последовательность наличия этого только в говорах центральной зоны, заставляет предположить, что эти новообразования связаны не столько с качеством гласных на месте *е̌ и *е между мягкими согласными, сколько с перестройкой всей системы гласных и образованием новой пятифонемной фонологической системы, которая существует и в современных говорах, образуя две разновидности — московскую и владимирско-поволжскую.
Другими словами, гласные на месте *е̌ и *е совпали между мягкими согласными не только из-за создавшейся физической близости их, но и потому что новая фонологическая система в позициях перед t и tʼ не требовала их различия. В отличие от всех русских говоров центральные говоры создавали новую систему фонем, при которой в сильном положении одна и та же фонема могла быть и перед t и перед tʼ (хотя физиологически гласные на ее месте позиционно различались): ʼat — ʼatʼ (ш[лʼа́п]а — в ш[лʼа́пʼ]е), ʼet — ʼetʼ ([дʼе́л]о — в [дʼе́л]е), ʼot — ʼotʼ (бе[рʼо́з]а — в бе[рʼо́з]е), где ⟨ʼо⟩ становится в один ряд с другими гласными фонемами, используя для этого возможности аналогии, когда положение перед tʼ объединяется с положением перед t в одной и той же грамматической категории. При этом в этой системе не было места двум ⟨е⟩ разной этимологии и разного качества, поскольку ⟨е⟩, вобрав в себя все слова с гласной *е̌ и слова с *е перед мягкой согласной, не перешедшие в [ʼо] до XV в., встала в ряд с ⟨о⟩, а физиологическое звучание разных [е] фонемы ⟨е⟩ стало безразличным для ее фонологического значения.
Таким образом, в утрате ѣ в Москве были и фонологические причины: с появлением [ʼо] на месте *е перед твердым согласным гласная ѣ утратилась как особая фонема ⟨е̌⟩, но сохранилась как гласный [е] в основном составе слов фонемы ⟨е⟩ пятифонемной системы.
Наличию новой фонологической системы сопутствовало появление структурных изменений не только в вокализме, но и в грамматике этих говоров. Завоевание равноправного положения фонемы ⟨о⟩, теперь возможной как после твердых, так и после мягких согласных, привело к изменению парадигм склонения и спряжения, их упрощению и единообразию, выразившихся в продуктивности единых парадигм по образцу твердой разновидности. Действительно, изменения в морфологической системе были бы другие, если бы не появилась полноценная фонема о, не ограниченная мягкостью/твердостью консонантного окружения. Поэтому склонения существительных обобщались по аналогии с твердой разновидностью, благо имелась фонема ⟨о⟩: зем[лʼо́ј] как сест[ро́ј], ко[нʼо́м] как сто[ло́м] и под. Обобщаются с ⟨о⟩ по образцу, как перед твердой согласной, ранее фонетические варианты tʼot — tʼetʼ в основах слов: бе[рʼо́з]а — бе[рʼо́з]е, зе[лʼо́н]ый — зе[лʼо́н]енький; в суффиксах ‑ок‑: де[нʼо́к] — де[нʼо́ч]ек и под. Все это не единичные, частные изменения одной фонемы или одного гласного, а связанные взаимно, определяемые одной и той же закономерностью факты, являющиеся результатом образования новой фонемной системы, которая заменяла старые фонетические разновидности в соответствии *е перед t и tʼ аналого-морфемным способом — только под ударением — ради единства основы слова или суффикса. Это давало возможность, как след исконного наличия разных гласных на месте *е, *ь, сохранять словообразовательные формы с морфологическим чередованием ⟨е⟩ — ⟨о⟩ типа [сʼо́л] — [сʼе́лʼ]ский, [дʼе́нʼ] — по[дʼо́н]ный, [пʼенʼ] — на [пʼо́н]ушке.