Участие ТБ-3 в войне с Финляндией зимой 1939–1940 годов было еще более ограниченным, а в освободительных походах в западные районы Украины и Белоруссии, а также в Бессарабию эти устаревшие гиганты уже использовались только как транспортники.
Так что же, промышленность ничего не делала, чтобы улучшить основной советский бомбардировщик?
В 1931 году в Центральном авиамоторном институте (ЦИАМ) под руководством А. Микулина был построен первый мощный авиамотор советской разработки М-34. На номинале он развивал 750 л.с., конструкторы же обещали поднять мощность до 1000 л.с. В 1933 году М-34 установили на один ТБ-3, однако рост мощности не вылился в рост летных данных. Причиной оказалось толстое крыло, его высота была ненамного меньше диаметра винтов, что снижало их КПД и тягу. Но просто увеличить диаметр воздушного винта нельзя, т. к. при этом скорости концов лопастей превысят скорость звука, и это тоже вызывает падение КПД. Микулин знал об этой проблеме и одновременно с ЦАГИ предложил установить на моторы редукторы, понижающие обороты на выходном валу, и можно будет поставить винты диаметром 4,1 вместо 3,18 м, дающие значительно большую тягу. За счет этого удалось на 2 т увеличить взлетный вес, взяв больше топлива, и получить дальность полета 2500 км с двумя тоннами бомб. Такого бомбардировщика тогда не было ни у кого.
Тем временем в ЦИАМ для М-34 спроектировали приводной центробежный нагнетатель, повысивший высотность, и в 1934 году редукторный нагнетательный мотор М-34РН пошел в серию и начал устанавливаться на серийных самолетах ТБ-3. Одновременно удалось облагородить форму мотогондол, снизив их сопротивление.
С освоением отечественной промышленностью выпуска авиашин большого диаметра переделали шасси ТБ-3, вместо громоздких двухколесных тележек установив обычные амортстойки с одиночными колесами. Улучшили аэродинамику самолета, увеличив размах крыла, установив в зоне стыка плоскостей с фюзеляжем зализы и переделав носовую часть фюзеляжа. Наконец, открытые турельные установки заменили экранированными (закрытыми прозрачными колпаками). Вместо пулеметов ДА-2 установили новейшие скорострельные ШКАСы конструкции Шпитального и перекомпоновали их. Теперь по одному пулемету стояло в носу, в верхней (средней), хвостовой и фюзеляжной люковой («кинжальной») установках, обеспечивая лучшую защиту, чем 3 спаренных и 2 одиночных «Дегтярева».
Совершенствуя ПЦН, конструкторы смогли увеличить взлетную мощность М-34 на 46 %, а номинальную — на 30 % по сравнению с исходным образцом. При этом за счет пересмотра всей конструкции мотора его надежность и ресурс не только не ухудшились, а наоборот, возросли. С 1936 года часть ТБ-3 поставлялась с новыми моторами М-34ФРН или высотными М-34ФРНВ. Это позволило улучшить скороподъемность самолета, увеличить запас топлива и бомбовый груз, но его скорость и высотность все равно была уже недостаточной для того, чтобы выполнить боевую задачу днем при противодействии истребителей-монопланов и крупнокалиберных зениток.
В 1933 году руководство завода N«22, базового предприятия по выпуску ТБ-3, предложило Военно-Воздушной Академии изложить свой взгляд на то, каким должен быть тяжелый бомбардировщик. Академия имела свое КБ, но оно было скорее общественной организацией, не соответствующей профилю военного ВУЗа, тем не менее, небольшой коллектив под руководством В.Ф. Болховитинова сделал проект такого самолета, и в 1934 году он был построен на заводе № 22.
На первый взгляд машина мало отличалась от ТБ-3 — металлический моноплан с четырьмя М-34РН повторял размеры АНТ-6, но скорость его получилась почти на 100 км/ч выше, а дальность выросла почти вдвое. Новый самолет имел гладкую работающую обшивку, что снизило сопротивление трения, носовая и верхняя огневые точки были экранированными, а кабина — закрытой, крыло и оперение имели скругленные законцовки и зализы, колеса поджимались и закрывались щитками (полуубирающееся шасси), что также снижало сопротивление. Все 2 тонны бомб подвешивались в закрытый отсек. Балансировочные нагрузки в системе управления, которые на ТБ-3 были все же великоваты для среднего летчика, снижались триммерами. Для улучшения взлетно-посадочных данных на крыле установили закрылки. 2 мая 1935 года летчики Кастанаев и Моисеев выполнили на бомбардировщике, названном ДБ-А («дальний бомбардировщик — Академия»), первый полет. После вполне успешных испытаний и ряда мировых рекордов было решено запустить самолет в серийное производство. Но из заказанных 16 самолетов войсковой серии было достроено лишь 12. «Академический» тяжелый бомбардировщик оказался недостаточно надежным, было несколько аварий, а затем в августе 1937 года загадочно исчез совершавший перелет в Америку первый опытный ДБ-А. Но главное — Туполев предложил ВВС принципиально новый бомбардировщик АНТ-42, который будет летать на высотах, и вовсе недоступных вражеской ПВО. Самолеты ТБ-3 уже в середине 30-х годов начали передавать в транспортную авиацию, в таком качестве несколько машин на рубеже 40-х годов были даже проданы в Китай.