15. Феодор грек — 1161-1163
16. Иоанн IV грек — 1164–1166 (ум. 1170)
17. Константин II грек — 1167–1177(ум. 1184)
18. Никифор II грек — 1182-1198
19. Гавриил I
20. Дионисий I
21. Матфей грек — 1209 (или 1201)
22. Кирилл II блаж. грек — 1223-1233
23. Иосиф I грек — 1237-1240
24. Кирилл III (грек или русский) — 1250-1281
Митрополия перенесена из Киева во Владимир с 1250 г.
25. Максим блаж. грек — 1283-1305
26. Св. Петр волынец — 1308-1326
27. Феогност грек — 1328-1353
28. Св. Алексий Плещеев боярин — 1354-1378
29. Пимен грек — посвящен 1380, удален 1381, возвращен 1383, отбыл в Константинополь 1388 (ум. 1389)
30. Св. Киприан серб — посвящен 1381, удален 1383, возвращен 1390-1406
31. Дионисий II суздальский — 1383 (ум. 1385)
Московские митрополиты
32. Св. Фотий грек — 1409-1431
В 1415 г. произошло разделение
Киевской и Московской митрополии
33. Иона — 1431-1432
34. Исидор болгарин — поставлен в 1437, низложен в 1441, бежал в Литву, оттуда в Рим (ум. 1463).
35. Св. Иона I из Рязанской Епархии — 1448-1461
36. Феодосий Бывальцев из ростовских, возведен на митрополию, назначен митрополитом Московским и всея Руси в 1461–1464 (ум. 1475).
37. Филипп I из суздальских — 1464-1473
38. Геронтий из коломенских — 1473-1489
39. Зосима из архимандритов Симонова монастыря — 1490–1494, низложен в 1495 и сослан в Сергиеву лавру, где и умер
40. Симон из игуменов Троице-Сергиевой лавры — 1495–1511 (ум. 1512)
41. Варлаам из архимандритов Симонова монастыря — 1511-1521
42. Даниил из игуменов Волоколамско-Иосифова монастыря — 1522-1539
43. Иосаф Скрипицын св. игумен Троице-Сергиева монастыря — 1539, низвергнут Шуйским 1542 (ум. 1555)
44. Макарий I из новгородских — 1542-1563
45. Афанасий переяславец, иеромонах Троице-Сергиева монастыря — 1564–1566 (ум. 1568)
46. Св. Филипп II Колычев из игуменов Соловецкого монастыря — 1566, низвергнут 1568 (ум. 1569)
47. Кирилл IV из архимандритов Троице-Сергиева монастыря — 1568-1572
48. Антоний из Полоцка — 1572-1581
49. Дионисий из игуменов Хутынско-Варлаамовского монастыря — 1581–1586 (ум. 1591)
Московские патриархи
50. Иов архиепископ Ростовской Епархии — 1586–1589, возведен на Московское патриаршество в 1589, наименован: «архиепископ царствующего великого града Москвы и патриархом всея России». В 1605 низложен самозванцем (ум. 1607)
51. Игнатий грек, избран самозванцем Лжедмитрием — 1605–1606, заключен в Чудов монастырь, посажен поляками в 1611, бежал заграницу (ум. 1640)
52. Гермоген из митрополитов казанских — 1606, уморен поляками в 1612
53. Филарет Никита Романов из митрополитов Ростовских — 1619-1633
54. Иосаф I из архиепископов псковских — 1634-1640
55. Иосиф из архиепископов Симонова монастыря — 1642-1652
56. Никон Минин из митрополитов новгородских — 1652–1658, низложен и сослан (ум. 1681)
57. Питирим — 1658-1667
58. Иосаф II (новоторжец) из архиепископов Троице-Сергиева монастыря — 1667-1672
59. Питирим из митрополитов Новгородских — 1672-1673
60. Иоаким Савелов из митрополитов новгородских — 1673-1690
61. Адриан из митрополитов казанских — 1690-1700
После него местоблюстителем престола назначен митрополит Рязанский и Муромский Стефан Яворский — 1701-1721
25 января 1721 г. учрежден Святейший Правительственный Синод, просуществовавший до 1917 г.
С 1730 г. Правительственный Синод возглавляли четыре архиерея, три архимандрита и два протодьякона, а с 1763 — три архиерея, два архимандрита и один протодьякон.
Архиепископы и митрополиты московской епархии
Иосиф Волчанский — архиепископ из могилевских, с 1742 г. именовался архиепископом Московским и Владимирским (ум. 1745)
Платон I Малиновский, из епископов Крутицких — 1744 (ум. 1754)
Тимофей Щербацкий — митрополит — 1757 (ум. 1767)
Амвросий Зертис-Каменский — архиепископ — 1768 (убит 1772)
Платон II Левшин — митрополит — 1775 (ум. 1812)
Августин Виноградский — архиепископ — 1812 (ум. 1819)