Уже в это время действовали и набирались опыта молодые коммунисты Каролис Диджюлис-Гросманас, Ююзас Витас и другие их соратники, в будущем ставшие опытными руководителями КПЛ, затем организаторами советского партизанского движения с 1941 г., видными руководителями компартии и правительства с 1944 г.
Против советской власти стали активно бороться литовские буржуазные националисты, немецкие части так называемых добровольцев и польские националисты. С конца февраля 1919 г. в Жемайтию из Латвии вторглась так называемая, железная дивизия” (бывший резервный корпус немецкой армии под руководством Р. Фон дер Гольца), а в марте начали активно действовать и другие немецкие части – бригада саксонских добровольцев (командир генерал А. фон Омптед), так называемая бригада северной Литвы (командир генерал Ф.Гюндель). С немцами близкие связи имеющие влиятельные буржуазные националисты, кулаки, представители дворянства создавали вооруженные подрывные группы, занимались саботажем, опасными провокациями, нападали и убивали представителей советской власти.
В такой ситуации советское правительство укрепляло оборону, военный комиссар Литвы Р. Расикас проводил совещание, приняты конкретные решения, назначались и посылались, а разные районы страны военные комиссары А. Каросас, К. Хаткевичюс, Ю. Виткаускас, П. Балтрунас и др. С 8 апреля по решению советского правительства в территории Литвы введено военное положение. Создавались дополнительные военные подразделение, в том числе особые отряды (в одном из особых отрядов с врагами боролся и Ююозас Витас, который во время гитлеровской оккупации с 1941 г. являлся одним из лидеров антифашисткого движения в Литве). В Шауляе начал создаваться Жемайтийский полк. Командиром полка назначен Ф. Балтушис-Жемайтис, комиссаром – член ЦК КПЛ С. Грибас. Большую работу в организации обороны Советской Литвы выполнял комиссариат Паневежиса. Здесь комиссаром работал Ю. Виткаускас, его заместителями П. Янушкявичюс и Л. Якавичюс-Летуванис. В Укмерге сформировался отряд имени Р. Люксембург (командир С. Фирин), в Рокишкис – отряд под руководством П. Лебедева. В первый рядах вооружённых формирований были литовские коммунисты и комсомольцы. 17 марта из комсомольцев Вильнюса был сформирован отряд имени К.Либкнехта (командир Ю. Грейфенбергерис).
Буржуазные националисты и немецкие интервенты боялись народного гнева. Они начали белый террор, с 13 февраля ввели военное положение в Каунасе и его окрестностях, в районе Мариамполе, также в районе Алитуса. Начались аресты местных коммунистов и других левых активистов, прогрессивной интеллигенции. Часть из них были убиты. В Мариамполе отряд местных крайних националистов напал на лидеров местных коммунистов Ю. Зонелиса и Ю. Габриса, один из них был убит, другой тяжело ранен. Тяжело раненый Ю. Габрис был отвезен в помещение штаба националистов, там ему отрубили руку, и он умер. Затем отрубили руку и от тела уже мертвого Ю. Зонелиса, после этого тела мертвых коммунистов бросили в реку. Только через месяц соратники нашли их тела и похоронили в кладбище. 7 апреля группа белых карателей недалеко от Паневежиса схватила одного из лидеров местных коммунистов С. Лукшиса, его жестоко мучили и убили. Защитники советской власти решительно боролись с врагами, вот на окраине Тельшей 18 февраля 1919 г. трое соратников – коммунист Ф. Пашкис, комсомольцы Н. Петрушин и С. Штуков держались до последнего патрона и пали смертью храбрых. 13 июня 1919 г. в городе Вилкавишкис решением немецкого военного суда на смертную казнь осуждены 5 коммунистов из городка Кибартай – А. Тислява, К.Каченаускас, Й. Жюркус, К. Бурайтис, А. Рентелис. Только после решительных протестов общественности вместо смертной казни им дали наказание – пожизненное тюремное заключение.
Основными противниками в боях были немецкие военные. Они были хорошо вооружены и многочисленны, в тяжелых боях литовские советские войска потерпели несколько поражений. 11 марта немецкие интервенты заняли Шауляй, 14 марта – Радвилишкис, 22 марта – Йонишкелис, 24 марта – Пасвалис и 26 марта они заняли Паневежис. И тогда было принято решение остановить врага, определили план действий, прибыло подкрепление: 15-ый Латгальский полк, дивизион артиллерии, большие отряды из Купишкиса и Йонишкелиса, основу которых составляли коммунисты. 2 апреля начато наступление на Паневежис. 4 апреля литовские советские войска заняли Паневежис и продолжили наступление. 12 апреля заняли Вабалнинкас, 21 апреля Пасвалис, а 1 мая освободили Йонишкелис.