Вернувшись в Лондон, он застал жену в тяжелом состоянии. Своим друзьям по больнице он горестно говорил: «Она не встанет». Миссис Макмиллан пришла проведать Сарин. Флеминг сам открыл дверь. «Я никогда не забуду, — пишет Макмиллан, — с каким выражением лица он сказал: "Самое ужасное, что пенициллин не может ей помочь. Его еще не умели производить, когда умер Джон, а теперь его производят, но Сарин он бесполезен". Флеминг ухаживал за женой с бесконечной нежностью. Она умерла в ноябре 194 9 года. Ее смерть была для Флеминга тяжелым ударом. Он сказал своему старому и любимому другу, доктору Юнгу: "Моя жизнь разбита". В течение тридцати четырех лет Сарин была его подругой, придавала ему бодрости в трудное время, вместе с ним работала в их саду и помогала ему стойко выдержать успех, когда, наконец, пришла слава.
Похоронив ее, Флеминг в тот же день пришел в лабораторию и, как всегда во время чаепития в библиотеке, занял свое место во главе стола. Он не говорил о своем горе, но постарел на двадцать лет. Глаза у него были красные. В течение нескольких недель он выглядел трогательным старичком с дрожащими руками. Он стал еще позже засиживаться на работе и закрывал дверь в свою лабораторию, чего раньше никогда не делал.
Каждый вечер он по-прежнему бывал в клубе художников и оставался там дольше, чем раньше. В опустевшем доме ему было одиноко и тоскливо. Придя из клуба, он, чтобы скоротать вечер, с грустью перевешивал картины. Этажом выше жила сестра Сарин — Элизабет, вдова Джона Флеминга. Сестры-близнецы были очень похожи внешне, но совершенно разные по характеру. Насколько Сарин до болезни была веселой, шумной и жизнерадостной, настолько Элизабет была меланхоличной, особенно после того, как потеряла мужа. После смерти Сарин она часто впадала в состояние депрессии. Флеминг, по своей доброте и преданности родным, предложил ей обедать вместе. Некоторое время с ним жили еще его сын Роберт и племянник — оба студенты Сент-Мэри. Но затем Роберт стал проходить практику в больнице, а позже, в 1951 году, уехал в колонии отбывать военную службу. Сэр Александр оказался в полном одиночестве. На субботу и воскресенье он уезжал в Редлетт, к своему брату, но всю неделю этот еще не старый человек с молодой душой все вечера проводил с пожилой и больной женщиной. К счастью, умная и преданная Алиса Маршалл — она вела хозяйство с тех пор, как слегла Сарин, — прилагала все усилия, чтобы сделать для него жизнь, насколько это было возможно, спокойной и терпимой.
Одно придавало ему мужество и было ему опорой — его работа. Он вместе с доктором Вурека, доктором Хьюгом и доктором Кремером взялся изучать действие пенициллина на proteus vulgaris. Протей, выращенный в присутствии небольшого количества пенициллина, перерождался самым необычным образом, приобретал разные фантастические формы, Он был снабжен ресничками, которые давали ему возможность передвигаться. Эти реснички у нормального протея невидимы, но у «уродливых» разновидностей протея и под стереоскопическим микроскопом они были очень хорошо различимы. Флеминг изучал их движения с большим интересом, потому что Пижпер, очень известный бактериолог, утверждал, будто эти реснички — нити слизи, которая выделяется микробом, когда он быстро двигается, и отнюдь не служат ему средством передвижения.
Однажды Флеминг показал доктору Вурека под микроскопом замечательную разновидность протея, наделенного большими «распростертыми крыльями», которыми микроб «яростно размахивал», чтобы уйти с того места, где он находился. Через несколько секунд движение крыльев прекратилось. Флеминг огорчился и попытался уговорить микроб снова зашевелиться. «Ну, двигайся!» Но, естественно, ничего не добился. В это время его вызвали в соседнюю лабораторию. Уходя, он сказал: «Заставьте его шевелиться».
Вурека пришло в голову переместить зеркало, которое отражало свет на изучаемый предмет. Какова же была ее радость, когда под воздействием света микроб задвигался. Она загораживала ладонью зеркало от источника света, потом быстро открывала его и этими движениями заставляла микроб то бить крыльями, то замирать.