Подведем итоги Восстание обнажило серьезные проблемы в управлении страной. Многие местные начальники, ссылаясь на недостаток сил сдавались на милость Пугачёва. Более того, на сторону его переходили не только казаки, но и солдаты регулярных войск вместе с некоторыми командирами. На местах, как это отчетливо показали события в Саратове, не было единства не только военных гражданских властей, но иных своеобразных структур (управление переселенческими колониями и т. п.). Конкурентная борьба многочисленных начальников, очень напоминавшая местничество катастрофически мешала борьбе с внутренней угрозой, от кого бы они не исходила.
Пугачев был пленен, но пугачевщина на этом не закончилась. По всем губерниям появлялись свои маленькие Пугачёвы, крестьянские вожди, успешно сражавшиеся с правительственными войсками. Салават Юлаев и по сей день значится среди героев башкирского народа. Его именем назван хоккейный клуб, один из сильнейших в стране. Именно Суворову было поручено Паниным разбить башкирских повстанцев.
Пугачев был страшен властям как миф и легенда. Назначение Панина, о котором знали, что его брат является воспитателем наследника престола Павла, вызвало в народе слухи о том, что Петр Панин едет к Государю Петру с хлебом солью…Бороться с пугачёвщиной только военными средствами было бесполезно. Его разгром и пленение не успокаивали народные массы. Чтобы опровергнуть эти домыслы именно Панин приказал всех пойманных бунтовщиков не просто казнить, а четвертовать и трупы помещать на перекрестки важнейших дорог. Суворов в той ситуации выступал в роли доверенного лица Панина, его, грубо говоря, агента, которому поручалось исполнение разного рода миссий, отнюдь не военного характера. Например, призрение дворянских девиц, попавших в лапы «злодея». Дал Панин поручение Суворову насчет тех шести или более не крестьян, кои поддержали Пугачева. Имелись в виду дворяне, офицеры, священнослужители, купцы и т. п. Держать их под стражей было накладно. Продовольствия не хватало и для войск, в обилие собранных по всей стране и перемещенных в зону действия повстанцев. Панин приказал Суворову казнить всех пугачевских чиновников, но числом не более 50-ти. Военнослужащих и дворян Панин приказал оставить в заключении. Священников лишить сана. Казнить 300 по одному. Остальных высечь жестоко.
Е. И. Пугачёв под конвоем. Гравюра 1770-х гг.
Гуманистка-царица, отмечая, что без жестокого наказания участников Крестьянскую, читай Гражданскую войну, закончить нельзя, призывала к возможно меньшему пролитию крови… На местах, однако, думали иначе, тем более, боевые действия продолжались и после пленения Пугачева. Дворяне мстили погромщикам, крестьяне продолжали громить экономии и убивать помещиков. В общем продолжалась классовая борьба в самых жестких и жестоких формах. Выезжая в Пензу граф Панин в назидание жителям Нижнего Ломова, поддержавших Пугачева приказал на всех перекрестках поставить виселицы и колеса. Перед публичной казнью инсургентов в Пензе, власти представили перед Паниным дворянских вдов и сирот, потерявших отцов и мужей…Таким образом царские власти пытались оправдать и объяснить жестокость публичной расправы над участниками восстания.
В Симбирске склока по поводу лавров за поимку самозванца продолжалась. Панин пытался изобразить победителем Пугачева Суворова. Претендентами на эту роль были и Петр Потемкин, и Иван Михельсон. В Симбирске же был написан неизвестным художником портрет самозванца.
Следует отметить, что популярность Пугачева была настолько велика, что, чтобы нейтрализовать его влияние, его требовалось демонстрировать народу. С его поимкой бунты пошли на убыль, но не повсюду с одинаковой скоростью.
В Башкирии восстание под руководством Салавата Юлаева и его отца Юлая продолжало разгораться. Для подавления его как раз и был направлен Суворов.
Об истреблении памяти о «пугачевщине» написано немало. Самым ярким примером выкорчевывания памяти о событиях Крестьянской войны служит переименования реки Яик в Урал, а казачьего войска из Яицкого в Уральское. Были и другие примеры административно-географического творчества. Так, станицу Зимовейскую, родину Разина и Пугачева решено было перенести на новое место и переименовать в Потемкинскую, но не в честь фаворита, а в честь Петра, якобы главного сокрушителя Пугачева.