Эта трагедия как и последовавшие репрессии только сильнее увеличили ненависть народа к новой власти, в результате уже 5 октября было сформирована командование восстания, а утром 6 произошло массовое восстание которое охватило всю территорию Томбретской губернии, тогда же восставшие решили объединить все свои силы в составе трёх армий, к 9 числу восстание достигло максимального размаха когда численность повстанцев достигла 50 тысяч человек, объединённых в две армии в составе 14 пехотных, 5 кавалерийских полков и 1 отдельной бригады при 25 пулемётах и 5 артиллерийских орудий которые были взяты со складов красных. Повстанцы разгромили 60 совхозов, взяли под контроль практически всю Томбретскую губернию, и успешно отбивали попытки войск красных вторгнуться на территорию восстания, нанося им большие потери.
К 10 числу в Томбрет прибыли дополнительные войска и дивизии для перелома хода восстания, к тому моменту под командованием «без знаменных» находилось 11 602 человек при 136 пулемётах и 18 орудиях.
К ликвидации восстания приступили сразу как только оно возымело массовый характер, впрочем самые важные шаги сделанные для разгрома были сделаны 14 октября на основании решения Мегеры, на территории Томбретской губернии было остановлено выполнение сборов продовольствия вместо этого был веден продовольственный налог, более того для рядовых повстанцев была объявлена амнистия, при условии сдачи оружия и информации о местонахождении командиров. Предпринятые меры широко освещались в печати и агитационных материалах всего было выпущено 77 наименований воззваний, листовок, плакатов и брошюр и постепенно подобные решения возымели действие. Однако несмотря на то, что среди восставших наблюдалась трусость и дезертирство, бои не прекращались 15 октября 5-тысячный отряд «без знаменных» разгромил гарнизон в Рассеве, при этом в плен попал целый батальон красноармейцев.
18 октября отдельной кавалерийской бригадой Кадмейского были разбиты и рассеяны два повстанческих полка под командованием Селянского, который получил смертельное ранение. В боях, в районе станции Навина части Красной армии под общим командованием Уморена разгромили 2-ю армию повстанцев. После этого 1-я повстанческая армия уклонилась от «генерального сражения», и инициатива окончательно перешла к войскам Красной армии, что привело к полному разгрому армии восставших.
В общей сложности в подавлении Томбретского восстания было задействовано до 55 тыс. военнослужащих: 37,5 тыс. штыков, 10 тыс. сабель, а также 7 тыс. военнослужащих в составе девяти артиллерийских бригад.
К 20 числу основные силы повстанцев потерпели поражение. Руководство восстания был издан приказ, согласно которому боевым отрядам предлагалось разделиться на группы, скрыться в лесах и перейти к партизанским действиям или разойтись по домам. Восстание распалось на ряд мелких изолированных очагов, и повстанцы вернулись к партизанской тактике, активно использовавшейся до ноября. Отдельные стычки на территории Томбрета продолжались до весны, постепенно сойдя на нет.