На совещании кабинета министров, проходившем с участием первого морского лорда и офицеров генерального морского штаба, все же было решено первой нейтрализовать самую большую французскую эскадру во главе с «Дюнкерком» и «Страсбургом», стоявшую в Мерс-эль-Кебире. Эта миссия возлагалась на соединение «Н» под командованием вице-адмирала Джеймса Сомервилла, которое спешно сформировали с тем, чтобы заполнить «вакуум силы», образовавшийся в западной части Средиземного моря с выходом из войны Франции. В состав новой эскадры вошли линейный крейсер «Худ», линкоры «Вэлиент» и «Резолюшн», авианосец «Арк Ройял», 2 крейсера и 11 эсминцев. Сомервиллу надлежало в ультимативной форме предложить командующему французской эскадрой вице-адмиралу Марселю Жасулю четыре альтернативы на выбор: присоединиться к английскому флоту и продолжить участие в войне; увести корабли в английские порты, списать экипажи на берег и репатриировать их во Францию; увести корабли в порты французской Вест-Индии и там их разоружить; затопить корабли прямо в гавани. В случае непринятия одного из предложенных вариантов Сомервилл имел приказ уничтожить французскую эскадру прямо в Мерс-эль-Кебире.
С капитуляцией Франции эскадра адмирала Годфруа в Александрии превратилась для Каннингхэма в громадную обузу. Он не мог вывести свой флот на боевые операции, оставив позади себя в бухте полностью боеспособное соединение французского флота. Адмирал не без основания предполагал, что едва его корабли исчезнут из вида, как Годфруа уведет свою эскадру в Бейрут или даже во Францию, где она может попасть в руки немцев или итальянцев. 29 июня Каннингхэм получил радиограмму из Адмиралтейства, извещавшую о желательности захвата французских кораблей в Александрии, одновременно с операцией в Оране, которая должна была начаться утром 3 июля. Адмиралтейство также запросило командующего флотом «изложить свою точку зрения на лучший способ достижения этой цели с минимальным риском кровопролития и возможности применения оружия французами».
«Для меня сама идея была абсолютно неприемлемой», — писал Каннингхэм, — «офицеры и матросы на французских кораблях были нашими друзьями. Со многими из них у пас сложились добросердечные отношения, поскольку мы сражались плечом к плечу. Более того, вице-адмирал Годфруа являлся человеком чести, которому мы могли полностью доверять. Неожиданно и без предупреждения атаковать и захватить его корабли, в результате чего среди матросов наверняка был бы большие жертвы, казалось мне не только актом чистейшего вероломства, но и совершенно излишним»
Каннингхэм понимал, что если французскими экипажам станет известно о готовящемся насильственном захвате их кораблей, это может привести к ожесточен ному сопротивлению с их стороны и настоящему сражению между двумя эскадрами прямо на внутреннем рейде Александрии. Такой бой мог иметь своим последствием большое кровопролитие и затопление корабля в «самых нежелательных местах». Для английского командующего было совершенно ясно, что в Александрии проблема могла решаться только путем переговоров. Свою точку зрения он подробно обосновал в ответной телеграмме Адмиралтейству, отправленной 30 июня. 1 июля из Лондона пришел ответ, который, по выражению Каннингхэма, «уже в большей степени соотносился с реальной ситуацией». Командующий флотом получил «добро» на ведение переговоров.
Самым лучшим вариантом британское высшее морское командование считало включение французский кораблей в состав английского флота и использование их в боевых операциях. Каннингхэма уполномочил сообщить, что всем представителям личного состава, которые пожелают продолжить службу, будет выплачиваться жалование и предоставляться такие же льготы, как и английским морякам. Остальных надлежало репатриировать на родину. Если такая возможность окажется неосуществимой, французскому адмиралу, предлагалось на выбор два варианта. Первое: корабли останутся в Александрии с неполными экипажами. по будут немедленно приведены в состояние негодности к боевым действиям. С условием, что англичане смогут использовать их только в том случае, если немцы или итальянцы нарушат договор о перемирии. Правительство Великобритании брало на себя ответственность за выплату жалования экипажам и содержание кораблей. Если адмирал Годфруа начнет настаивать на разоружении своих кораблей, прежде чем он их покинет, Каннимгхэму разрешалось принять это условие. Второе: корабли должны быть выведены в море и потоплены на большой глубине.