Вскоре после полудня 16 сентября «Уорспаит», только что завершивший уже третий по счету в тот день обстрел позиций противника, настигло прямое попадание радиоуправляемой авиабомбы. Она пробила шесть палуб и взорвалась в нижних помещениях, разрушив и затопив 4 из 5 котельных отделения линкора. Еще две таких бомбы взорвались в опасной близости справа и слева по борту. Старый корабль на малой скорости вышел из боя, но к 15.00 морская вода залила его последнее котельное отделение и подача пара прекратилась. После полной приключений буксировки через Мессинский пролив 19 сентября его привели на Мальту. Позднее он ушел в Гибралтар, в сухом доке которого Каннингхэм лично побродил под днищем своего старого флагмана, осмотрев две громадные подводные пробоины.
17 сентября Каннингхэм посетил зону операции в заливе Салерно на эсминце «Оффа». Он побывал на штабном корабле Кента Хевитта и обсудил с ним ситуацию. Затем командующий флотом проследовал в северный сектор, где высадились англичане, и отобедал с коммодором Оливером на «Хилари». Оливер пребывал в своем обычном расположении духа — спокойный, невозмутимый, полностью уверенный в конечном успехе операции. Горы, возвышавшиеся на горизонте, люди, словно муравьи трудившиеся на пляжах за разгрузкой продовольствия и боеприпасов, флотилии шлюпок и десантных судов, сновавших туда и обратно между большими транспортами и берегом, живо напомнили старому адмиралу Галлиполи 1915 года. Крейсеры методично обстреливали позиции противника. В промежутках между их залпами слышался отдаленный рокот артиллерии где-то в глубине территории.
К 18 сентября кризис окончательно миновал. Немцы отступили, а союзники прочно закрепились в долине Салерно. В отчете адмирала Хевитта об операции «Аваланш» есть фраза: «Успех высадки в Салерно предопределила корабельная артиллерия». Этот факт признало и германское командование и в последующем военные историки.
22 сентября Каннингхэм прибыл в Таранто, чтобы прояснить некоторые вопросы по итальянскому военному флоту и торговому судоходству. Главная проблема, по мнению адмирала, заключалась в том. что «Краткосрочные условия», подписанные 3 сентября на Сицилии, вырабатывали генералы, не проконсультировавшись с военными моряками. Свою цель Каннингхэм видел в том, чтобы заполучить контроль над итальянским торговым флотом или тем, что от него осталось, и как можно скорее заставить его работать на союзников.
Морской министр Италии адмирал Коуртоп, хотя и выглядел подавленным, принял Каннингхэма вполне дружелюбно и они без особого труда пришли к соглашению. Поскольку в тот момент официально признанного итальянского правительства попросту не существовало, соглашение в форме документа подписали Каннингхэм и Коуртон. Позднее итальянский адмирал выполнил все взятые на себя обязательства. И только те итальянские командиры, которые не смогли вывести свои корабли из Специи, потопили их в гавани. Немцы без долгих разговоров их расстреляли.
Представители США и Великобритании желали, чтобы все условия капитуляции подписал Бадольо, с соблюдением определенной церемонии. Каннингхэм предложил, чтобы сценой для подписания исторического документа послужил один из линейных кораблей соединения «Н» Эйзенхауэр согласился и поручил адмиралу сделать необходимые приготовления. Первоначально Каннингхэм намеревался поднять флаг на своем прежнем корабле «Роднее», но поразмыслив хорошо, решил, что местом церемонии все-таки должен стать «Нельсон», флагманский корабль адмирала Уиллиса.
В церемонии подписания со стороны победителей приняли участие Эйзенхауэр со своим начальником штаба Беделлом Смитом, подчиненные ему три английских командующих родами войск Алексаитер, Теддер и Каннингхэм, губернатор Мальты лорд Горт, вице-адмирал Уиллис, представитель правительства Великобритании Гарольд Макмиллан, представитель правительства США Роберт Мэрфи. К полудню 29 сентября все- перечисленные персоны собрались на борту «Нельсона». Бадольо, де Коуртон и другие итальянские представители прибыли еще раньше. Их встретил караул морской пехоты и вся команда «Нельсона», построенная на палубе. После приема и представления официальные лица спустились в адмиральскую каюту. Эйзенхауэр и Беделл Смит остались с Бадольо наедине, и некоторое время обсуждали условия капитуляции. Затем в присутствии всех остальных были поставлены подписи под документом, вошедшим в историю как «Долгосрочные условия». К разочарованию Каннингхэма, вопрос о распределении итальянского военного флота в тот день так и не был решен. Позднее, уже без его участия, к соглашению Каннингхэма — де Коуртона были добавлены дополнительные пункты, которые его отнюдь не обрадовали.