Не менее сложным оказался вопрос о командовании. В октябре Фрэйзер возвратился в Лондон, чтобы обсудить планы предстоящих операций и сформировать штаб Тихоокеанского флота. После долгих препирательств и многочисленных «переигрываний» в военно-морском департаменте в Вашингтоне союзники пришли к решению, что британский Тихоокеанский флот поступит в подчинение Честеру Нимицу. Но Фрэйзер, по своему статусу, будет стоять выше любого другого американского флагмана, подчиненного Нимицу.
Фрэйзеру предстояло осуществлять командование из Сиднея, а затем с более продвинутой базы, которую предполагалось организовать в будущем. Поскольку Фрэйзер лишь изредка будет поднимать свой флаг на корабле, следовало подобрать второго флагмана в младшем звании для командования флотом в открытом море. Каннингхэм предложил на эту должность вице-адмирала Бернарда Роллингса, прошедшего в его подчинении суровую закалку на Средиземном море. Фрэйзер не возражал. Командующим авианосным соединением, которому предстояло выполнить роль главной ударной силы, назначили вице-адмирала Филиппа Вайяна. Контр-адмиралы Э.Дж. Бринд и Р.М.Сервайс приняли командование двумя крейсерскими эскадрами. Контр-адмирал Дж. Г.Эдельстен возглавил эсминцы.
В пределах 6 месяцев до окончания войны в Европе первый морской лорд планировал сосредоточить в Тихом океане 4 линкора типа «Кинг Джордж V», 5 или 6 бронепалубных авианосцев. Эти корабли вместе с П крейсерами, 9 эскортными авианосцами, большим комплектом эсминцев, подводных лодок, шлюпов, фрегатов, тральщиков и всех необходимых вспомогательных судов представляли собой сильное и хорошо сбалансированное дополнение к флоту Соединенных Штатов. Большие надежды англичане связывали с бронепалубными авианосцами, которые, как им казалось, «утрут нос» американцам в борьбе с самолетами камикадзе.
Консультации в Лондоне в октябре 1944 г. показали, что отношения между Каннингхэмом и Фрэйзером не улучшились. Первого морского лорда раздражало то, как придирчиво и тщательно командующий Тихоокеанским флотом подбирает себе штаб и младших флагманов. Хотя осторожность Фрэйзера в решении кадровых вопросов была вполне извинительна: ему предстояло командовать могущественным флотом, оперативная зона которого находилась в 20.000 км от метрополии. Фрэйзеру удалось практически сразу установить хорошие и дружеские отношения с командующим британскими вооруженными силами в Юго-Восточной Азии лордом Луи Маунтбэттеном. В отличие от Сомервилла, он не стал выторговывать себе «особых условий» или «принципиальных пунктов», и атмосфера недоверия и раздраженности улетучилась. Говорят, что после первого же совещания с Фрэйзером Маунтбэттен воскликнул: «Какой разительный контраст по сравнению с его предшественником»!
Маунтбэттен планировал комбинированное наступление на Рангун при поддержке флота. Однако по настоянию Каннингхэма на совещании в Лондоне операция по захвату Рангуна была отложена до ноября 1945 года. (!) Маунтбэттен, естественно, был страшно разочарован, а первый морской лорд крайне недоволен, что Фрэйзер поддержал эту операцию.
Оба адмирала расстались не вполне довольные друг другом. В начале ноября Фрэйзер посетил Перл-Харбор, где познакомился с Нимицем. С первой встречи оба адмирала прониклись взаимной симпатией и уважением, а впоследствии отлично сработались. Нимиц обратился с просьбой, чтобы авианосцы британского Тихоокеанского флота по пути в Австралию нанесли удар по японским нефтеперерабатывающим заводам в Палембанге, на Суматре, которые производили авиационный бензин.
Фрэйзеру, естественно, хотелось наилучшим образом выполнить первую просьбу своего непосредственного командующего. Речь также шла и о престиже только что созданного британского Тихоокеанского флота. Каннингхэм же увидел операцию против Палембанга совсем в ином свете: Нимиц выискивает причины, чтобы оттянуть прибытие английских кораблей в Тихий океан, а Фрэйзер идет у него на поводу. Первый морской лорд записал в своем дневнике: «Признаться, я не понимаю Фрэйзера. У нег нет никакого желания как можно быстрее прибыть на место боевых действий». Каннингхэм совсем было уже собрался своей властью отменить эту операцию, но на помощь Фрэйзеру пришел сам Черчилль, полностью одобривший его намерения, Между тем, у британского морского командования имелось еще немало проблем в европейских водах. 12 ноября 1944 г. тяжелые бомбардировщики «ланкастер» окончательно добили «Тирпица», что стало большим психологическим облегчением для моряков Флота Метрополии, обеспечивавшим проводку конвоев в Советский Союз.