Адмиралтейству также необходимо было срочно изыскать средства для отправки большого количества продовольствия в Голландию, чтобы предотвратить голодание гражданского населения, и открыть для судоходства порт Роттердам. Предстояло занять острова в проливе Ла-Манш и вывезти оттуда 22.000 немецких солдат. В самой Германии силами военно-морских подразделений нужно было занять Бремен, Вильгельмсгафен, Куксгафен, Гамбург, Киль, а также другие военные и торговые порты, и открыть их для судоходства. На повестке дня стояли расчистка Кильского канала и принятие капитуляции гарнизона Гельголанда. Что-то нужно было решать с боевыми кораблями германского флота, военно-морскими доками или тем, что от них осталось.
Все это требовало громадной организационной подготовки и больших усилий военно-морского персонала, не считая огромной работы по тралению минных полей, в которой немцы оказывали союзникам всемерную помощь. Дивизионы тральщиков и военно-морские миссии с теми же целями были направлены в Данию и Норвегию.
Вся эта многообразная деятельность военных моряков проходила не без инцидентов. Контр-адмирал Бэйли Громаи, назначенный военно-морским комендантом Киля, писал Каннингхэму, что День Победы над Германией стал праздником для кого угодно, но только не для него и его персонала. Помимо нескончаемого потока кораблей с беженцами, прибывавшими с Балтийского моря, ему приходилось проводить собеседования с высокопоставленными немецкими офицерами. Ему едва удалось утихомирить 4000 немецких солдат, которые неожиданно высадились с десантных судов в Экере-Форде и, не подозревая о том, что война уже закончилась, собрались ее продолжить.
23 мая коалиционное правительство Великобритании ушло в отставку. До проведения всеобщих выборов король поручил Черчиллю сформировать новый кабинет. К власти пришли консерваторы. 24 мая Э.В.Александер последний раз председательствовал на заседании Совета Адмиралтейства. Каннингхэм сказал короткую речь, выразив сожаление по поводу его ухода. Относительно преемника Александера на посту морского министра сбылись худшие предчувствия первого морского лорда. Им стал бывший министр информации и печати Брендам Брэкен. По поводу его назначения Каннингхэм записал в своем дневнике: «Надеюсь, что это всего лишь временно. Мне он не нравится. Он является креатурой Уинстона, и будет пытаться по-уинстоновски самолично всем заправлять в Адмиралтействе». Однако во время своего кратковременного пребывания на посту морского министра Брэкен был слишком поглощен подготовкой к предстоящим выборам и не имел возможности вникать во все флотские проблемы.
15 июля британские начальники штабов вылетели на очередную конференцию «Большой Тройки» в Потсдаме. Их поселили на вилле на берегу озера, где англичанам страшно досаждали тучи комаров. Хотя Потсдам находился в советской оккупационной зоне, резиденции союзных делегаций охранялись их собственными войсками. На озере курсировали советские патрули, так что каждый, кто появился бы на воде, рисковал навлечь на себя автоматную очередь. Брук и Портал, взобравшись в одну из лодок, стоявших около виллы, решили проверить, ловится ли там рыба, но вынуждены были немедленно вернуться обратно.
На одной из встреч английских и американских начальников штабов генерал Маршалл сообщил, что 16 июля в штате Нью-Мексико успешно прошли испытания атомной бомбы, а несколько дней спустя членов ОКНШ информировали, что Трумэн и Черчилль решили в августе применить ее против Японии. По вопросу применения атомной бомбы мнение Объединенного Комитета Начальников Штабов не испрашивалось. Это было сугубо политическое решение. Однако следует признать, что если бы военных попросили высказаться, Каннингхэм поддержал бы атомную бомбардировку. В те дни он придерживался следующего мнения: «Вторжение на Хонсю, центральный остров Японии, который обороняли 975.000 солдат регулярной армии и около 7.000.000 ополчения, потребовало бы громадных усилий и стоило бы союзникам огромных потерь…Атомная бомбардировка и вызванные ей колоссальные разрушения и жертвы дали бы японцам хороший предлог для капитуляции».
Однако несколько лет спустя после окончания войны Каннингхэм пересмотрел свое отношение к этой проблеме: «… Оглядываясь назад и зная теперь все последствия этого события, я думаю, что мы недооценили воздействия массированных бомбовых ударов, наносимых по Японии самолетами наземного базирования и палубной авиации. Мощный американский флот под командованием адмирала Хэлси со всеми его авианосцами и английский Тихоокеанский флот действовали практически безнаказанно, обстреливая и бомбя побережье Японии. Едва ли хоть один японский город оказался вне досягаемости союзных бомбардировщиков, а прибрежные поселения — за пределами действия корабельной артиллерии. В условиях этих разрушительных налетов и обстрелов, наступления русских в Манчжурии, я думаю, что Япония капитулировала бы без всякого вторжения или применения атомных бомб. Теперь я считаю, что их применение было достойной сожаления ошибкой».