В Адмиралтействе Каннингхэма заботили главным образом сроки его ухода в отставку и поиски достойного преемника. В начале января 1946 г. он объявил морскому министру о своем желании уйти на покой, а также о том, что самым достойным первым морским лордом считает адмирала Джона Каннингхэма, особо подчеркнув при этом, что в родстве с ним не состоит. Александер из вежливости поупрашивал Каннингхэма остаться на своем высоком посту, но потом «дал себя уговорить». Он также согласился с кандидатурой Джона Каннингхэма. При этом морской министр политично заметил, что главная проблема будет в том, как сообщить эту новость Брюсу Фрэйзеру. Он настоятельно рекомендовал Каннингхэму написать ему персональное «умное письмо» и постараться аргументировано обосновать «наш выбор». Фрэйзер оказался человеком выдержанным и своей обиды или разочарования не показал. «К моему облегчению», — писал первый морской лорд, — «он воспринял назначение Джона Каннингхэма нормально». О предстоящих перестановках в Адмиралтействе было объявлено официально 1 марта 1946 г.
До окончательного выхода в отставку Каннингхэму еще пришлось принять участие в решении некоторых неотложных проблем военного флота. Одна из них была связана с введением новых тарифов денежного довольствия. Матросы и старшины рассчитывали на получение постоянной надбавки к жалованию «за службу во время войны», и остались очень недовольны, когда выяснилось, что такой надбавки не будет. Еще один повод для недовольства возник в связи с попыткой введения равного денежного довольствия для офицеров и рядового состава соответствующих званий всех родов войск, хотя условия их службы были совершенно разными. Моряки не без оснований выдвинули аргумент, что во время заграничной службы им практически приходится содержать два дома. После долгих обсуждений с комендантами военно-морских баз метрополии командованию удалось добиться внедрения некоторых льгот и надбавок для плавсостава.
В первых числах февраля на кораблях Индийского Королевского флота в Бомбее и Карачи неожиданно вспыхнул мятеж. Для Адмиралтейства причины бунта индийских команд выглядели малопонятными, но в любом случае туда пришлось послать корабли Ост-Индской эскадры. Каннингхэм дал строжайший приказ не открывать огонь ни в коем случае, кроме прямого указания индийского правительства. «Я не намеревался допускать, чтобы потом говорили, будто жестокий британский флот расстрелял бедных индийских матросов», — писал первый морской лорд. По счастью, одно только появление на рейде Бомбея крейсера «Глазго» и двух эсминцев оказало такое умиротворяющее воздействие, что проблема разрешилась сама собой.
По факту мятежа было учинено расследование и создана специальная следственная комиссия во главе с вице-адмиралом Уилфридом Паттерсоном. По свидетельству Каннингхэма комиссия проявила большую снисходительность и приняла «вполне разумные решения». Однако в Индии по этому поводу продолжали кипеть страсти. Зато с командующим Индийским Королевским флотом вице-адмиралом Джоном Годфри следствие обошлось сурово, без долгих разговоров отстранив его от командования. Пожалуй, Годфри можно считать самым невезучим из всех британских адмиралов времен Второй мировой войны. В 1942 г. Дадли Паунд обошелся с ним сурово и несправедливо, сняв его с должности начальника отдела военно-морской разведки. В конечном итоге Годфри стал единственным морским офицером, да еще и в звании вице-адмирала, за всю шестилетнюю военную службу не удостоенным ни одной правительственной награды.
В марте 1946 г. Каннингхэм побывал в Белфасте, сопровождая принцессу Елизавету на церемонии спуска на воду нового авианосца «Игл». Обратный путь до Ливерпуля первый морской лорд проделал на эсминце «Соулбэй», новейшем корабле типа «Бэттл» по его впечатлению, оснащенном «всеми видами смертоносного оружия, кроме артиллерии». Новейший эсминец сильно разочаровал старого адмирала: «Тогда я окончательно убедился, что эти „Бэттлы“ оправдали мои худшие ожидания. Его носовая надстройка возвышалась как Каст-Рок в Эдинбурге. Они называли ее центром управления, который управлял-то четырьмя пушками с общим весом бортового залпа в 200 фунтов. Определенно, нам следует вернуться к эсминцам разумных размеров с сильным артиллерийским вооружением».