С рассветом французы приступили к захвату греческого флота и всех торговых судов на рейде Пирея. Последующие несколько дней английские эсминцы простояли в полном бездействии. Как только пришел приказ сократить число эсминцев до двух, Каннингхэм, не предвидя никаких интересных перспектив в Греции, почел для себя за лучшее отбыть.
Осенью 1916 г. «Скорпион» возвратился в Средиземное море после ремонта. Каннингхэм обнаружил его в Мудросе, стоявшим с противоположного борта угольщика, с которого грузился и «Рэтлснейк». 2 октября Каннингхэм принял командование своим прежним кораблем. За исключением старшего инженер-механика, на «Скорпионе» служили новые офицеры и новые матросы. Подавляющее большинство команды составляли резервисты и призывники, попавшие на флот только на время военных действий. Каннингхэм не любил резервистов. «Они совсем не такие», — писал он матери из Мудроса, — «жалкие людишки по сравнению с прежними, но, несомненно, скоро будет с ними все в порядке». К тому времени Каннингхэм уже обрел на флоте репутацию признанного мастера по «приведению людей в порядок». Через несколько месяцев он сделал из своих новобранцев сплоченный экипаж настоящих моряков. Свою лепту в воспитательный процесс внес и инженер-механик Ричарде. Этот маленький человечек, родом из Понтипула, если судить по его разговорам, был очень красным социалистом, но в подчиненном ему машинном отделении действовал как настоящий диктатор.
Поздней осенью 1916 г. флотилию на время отправили патрулировать у входа в Дарданелльский пролив. В ночь на 30 ноября на обратном пути в базу «Скорпиона» протаранил шедший задним мателотом «Волверайн». Вахтенный офицер последнего ошибочно принял огни на мысе Нигер за кормовые огни «Скорпиона» и, сделав ошибочный маневр, врезался в правый борт флагмана в районе носовой надстройки. В борту «Скорпиона» образовалась огромная вертикальная дыра, от полубака почти до киля. Форштевень «Волверайна» перерезал напополам трап, ведущий с нижней жилой палубы, но матросы спаслись, вскарабкавшись наверх по рваным краям пробоины.
«Скорпион» кое-как дотащился до Мудроса, где ремонтная бригада поставила на пробоину временные заплаты. На борту плавучей базы «Бленхейм» собралась следственная комиссия в составе наиболее опытных штурманов флотилии под председательством капитана I ранга Куда. Прозаседав почти целый день и приняв изрядное количество спиртного, комиссия вынесла вполне закономерное в такой ситуации решение: «Обстоятельства, при которых произошла эта авария, установить невозможно». Позднее командир флотилии уже своим единоличным решением сурово наказал обоих вахтенных офицеров, что они полностью заслужили.
В новом, 1917 г. «Скорпион» занимался главным образом эскортированием конвоев, которые наконец то были введены и на Средиземном море, что резко сократило потери грузового тоннажа союзников. Однажды Каннингхэму пришлось сопровождать конвой и полудюжины тихоходных судов различной национальной принадлежности. Принцип интернационализма полной мере воплощал и эскорт, состоявший из английских, французских, итальянских и… японских кораблей. Япония послала в помощь союзникам на Среди земном море 8 эсминцев. В своих мемуарах Каннингхэм отмечал, что японские экипажи были самыми лучшими из всех по уровню боевой подготовки. Единственный недостаток малотоннажных японских эсминцев заключался в том, что во время шторма они не могли поддерживать достаточно высокую скорость хода и к концу дня отстали от конвоя на несколько миль.
В качестве командира эскорта за многие месяцы сопровождения конвоев по Средиземному морю Каннингхэм не потерял ни одного судна. Он добился строжайшего соблюдения правил патрулирования во врем стоянки судов сопровождающими эсминцами. Каннингхэм разработал и направил по инстанции несколько предложений по эскортированию конвоев, которые получили отражение в приказах по флоту.