В результате переговоров с Франко был образован легион «Кондор», первым командиром которого стал генерал Шперрле. Далее в ходе войны командование легионом еще два раза менялось. Генералы Фолькман и фон Рихтгофен получили, таким образом, возможность приобрести опыт руководства авиацией в военных условиях и оценить способности французских и русских (советских) летчиков, сражавшихся на противоположной стороне.
Руководство испанским предприятием было возложено на министерство военно-воздушных сил Германии. Несмотря на то, что Геринг при случае выказывал ревность по отношению к Канарису, он, однако, не мог обойтись без начальника разведки в вопросе поддержания отношений с франкистской Испанией. Приходилось постоянно обращаться к его знанию страны, к его личным связям с большим кругом лиц, занимавших видное место в Испании, и его правильной оценке испанского национального характера. Снова и снова Канарис, когда было необходимо преодолеть трудности, уладить разногласия, заключить новые соглашения, должен был ехать в Испанию. Все жалобы, которые Франко высказывал по поводу помощников из Германии, он, по возможности, предъявлял Канарису, тот, конечно, принимал их со смешанными чувствами, так как это не прибавляло любви к нему у немецких инстанций, участвующих в предприятии.
У Франко Канарис пользовался неограниченным доверием, и многие соглашения, которые в другом случае застряли бы в бюрократических преградах, достигались быстро в личной беседе между обоими мужчинами, которые не нуждались в переводчике, так как Канарис прекрасно владел испанским языком. Тут можно было решить много проблем. С посылкой немецких «добровольцев» и самолетов для легиона «Кондор» еще не все было решено. Нужно было через доверенных людей покупать оружие за границей, в том числе в Чехословакии и в Америке; деньги, предоставленные немецкой стороной, во многих случаях поступали потом через Лондон, где Франко удавалось получить финансовую помощь. Переговоры проходили частично через испанское посольство в Берлине, где Канарис поддерживал тесный контакт с советником посольства Варгасом и с графом Роккамора, назначенным Франко на пост военного атташе вскоре после начала гражданской войны. Конечно, только одна часть — но очень важная — этих дел проходила через руки Канариса. Наряду с легионом «Кондор» возникла большая германо-испанская экономическая организация, которой руководил Бернгардт — ее название «Хизма» часто упоминалось в мировой прессе — и которая играла большую роль не только во внешней торговле Испании, но и внесла существенный вклад, например, в стабилизацию курса испанского песо.
Частые поездки в Испанию были для Канариса приятной обязанностью. Он любил страну и он любил испанцев. Когда мы говорим, что он любил Испанию, то из этого не следует делать вывод, что он особое внимание уделял испанскому пейзажу. Он никогда не проявлял особого интереса к красоте пейзажей, а также к архитектурным и градостроительным тонкостям, будь то в Испании или в какой-то другой стране. В городах, которые он посещал во время своих поездок в далекие страны, он редко видел что-то, кроме отелей, в которых останавливался. Кроме отелей, он посещал, самое большее, тот или иной собор или аптеку. Его особенно притягивали католические соборы. Случалось так, что он, так не любивший выходить из дома один, втихомолку уходил из своего отеля и отправлялся для размышлений и медитации в церковь. Так, однажды вечером его спутники, которые несколько часов не могли его нигде отыскать и уже беспокоились, не случилось ли что-нибудь с ним, обнаружили его под мрачными готическими сводами собора, едва освещенного свечами, горящими у алтаря. Он сидел совершенно один, погруженный в глубокие размышления. Аптеки Канарис искал, потому что в вопросах своего здоровья он был ярко выраженным ипохондриком и его карманы часто были переполнены всевозможными безобидными запатентованными лекарствами, которые он часто предлагал также своим спутникам.