При этом было бы неверно говорить, что Канарис был противником присоединения Австрии к рейху. Напротив, он очень сожалел, что в 1919 г. союзные власти помешали добровольному объединению обоих немецких государств. Он и сегодня считал объединение на основе свободного решения обеих сторон и без давления со стороны могущественной империи желанной целью немецкой военной политики. Но он, противник всех насильственных методов как в отношениях между людьми, так и в отношениях между государствами, не мог одобрить смесь насилия и лживой пропаганды, с которой Гитлер положил конец австрийскому государству, даже если восторженный прием, с которым население Австрии встречало вступающие немецкие войска, казалось, задним числом оправдывало государственный переворот, совершенный Гитлером.
Канарис был уверен, что эти всплески радости будут продолжаться недолго. К тому же он слишком хорошо знал нацистов, и также в период своей службы командиром подводной лодки во время Первой мировой войны он слишком хорошо понял австрийский характер. Исходя из этого понимания австрийского менталитета он поручил руководство вновь созданным венским отделом немецкой разведки офицеру, который не только хорошо знал свое дело, но вся его личность была гарантией того, что в его служебной сфере не будет допущено никаких бестактностей по отношению к австрийцам. Это был полковник Маронья-Редвиц, офицер, служивший в Баварии, который, как уже упоминалось, уже в течение многих лет поддерживал из Мюнхена легальные связи между немецкой разведкой и австрийской службой разведки. Маронья, у которого были с Канарисом отношения доверия, оказывал с согласия своего начальника в последующие годы помощь многим австрийцам, бывшим в оппозиции. Естественно, гестапо и СД его люто ненавидели. После гибели Канариса его судьба тоже была решена. Он участвовал в заговоре 20 июля, после вынесения приговора народным судом казнен 12 октября 1944 года.
То, чего опасался Канарис после вступления германских войск в Вену, быстро наступило. Без долгого промедления Гитлер выбрал себе следующую жертву — Чехословакию. Май 1938 г. принес, как мы помним, первый кризис. Канарис принадлежал к тем людям, которые ясно осознавали опасность того, что насильственное решение немецкого вопроса в Судетах повлечет за собой войну в Европе. Он был одновременно твердо намерен сделать все, что в его силах, чтобы отвратить эту опасность от Германии и Европы. В его непосредственной служебной сфере по его указанию оказывалось содействие относительно умеренному направлению среди судетских немцев, во главе которых стоял Генлейн, в противоположность экстремистскому национал-социалистическому крылу, которым руководил Карл Герман Франк. Генлейн позже как майор запаса был принят в вермахт. Однако Канарис прекрасно понимал, что просто занять такую позицию в отношении групп судетских немцев значит сделать очень мало.
Мысль о государственном перевороте принимала все более осязаемые формы; он все яснее осознавал, что это является единственным средством возможного предотвращения войны. «Всеобщая забастовка генералов», которую планировал в начале июня начальник генерального штаба Бек, направив Браухичу свой меморандум, не осуществилась. Бек ушел в отставку, не делая из этого шумной демонстрации, как это требовалось в интересах политики. Еще до отставки Бека также ушел один начальник управления, который был как человек близок к Канарису, — генерал Макс фон Фибан, исполнявший обязанности руководителя отдела верховного главнокомандования (из которого позже сформировался штаб руководства вермахтом); он ушел из-за разногласий с Кейтелем. В результате этого принципиальное и человеческое согласие между тремя самыми важными руководителями ведомств вермахта — третьим был начальник службы вооружения вермахта генерал Томас — было нарушено. Тем более необходимым казалось Канарису удержаться на своем посту, чтобы обеспечить перевороту участие разведки.