Два руководителя работали над разграничением сферы ответственности спецслужб, что имело долгую предысторию. В 1995 году их усилия увенчались успехом благодаря президентской директиве, выдвинувшей ФБР на главную роль в расследовании актов терроризма, а также планировании превентивных мер. После взрыва в Оклахома-Сити в апреле того же года О’Нейл создал особый сектор по борьбе с внутренним терроризмом, а сам сосредоточился на совершенствовании и расширении деятельности иностранного отдела. О’Нейл организовал обмен сотрудниками между своим управлением и Антитеррористическим центром ЦРУ, несмотря на сопротивление обеих организаций.
Тем начинающим агентам, которые оказывали ему подобающее уважение и демонстрировали абсолютное послушание, он давал ценнейшие советы. О’Нейл был могущественным владыкой своей вотчины. Он мог запросто положить руку на плечо каждого своего сотрудника и сказать, что любит его. О’Нейл был способен на совершенно необычные поступки, чтобы помочь своим подчиненным, когда у кого-то из них возникали материальные трудности или проблемы со здоровьем. Но он мог держать себя и очень жестко, не только с подчиненными, но и с начальниками, когда те не шли навстречу его предложениям. Многие коллеги, возненавидевшие его после первого знакомства, становились потом его верными сторонниками, «сынами Джона», как они до сих пор себя называют. Были и те, кто уступали ему дорогу. Всякий, кто пытался не отставать от него, обреченно понимал, что придется пожертвовать буквально всем — браком, семьей, личной жизнью. Сам О’Нейл уже давно принес такую жертву.
Приход О’Нейла в ФБР совпал по времени с интернационализацией преступного мира и правоохранительной деятельности. В 1984 году ФБР получило право расследовать преступления за пределами Соединенных Штатов, однако этот мандат не имел большой ценности из-за отсутствия связей со всемирными полицейскими службами. О’Нейл взял за правило завязывать тесные связи с любым зарубежным полицейским или агентом безопасности, который попадался ему на пути. Он называл это «черной работой». По мнению Кларка, О’Нейл действовал как ирландский «крестный отец», который правит через взаимную дружбу, долги и обязательства. Он постоянно находился у телефона, поддерживая или устанавливая новые связи, создавая собственную сеть, которая должна была способствовать расширению деятельности ФБР в мировом масштабе. Несколько лет спустя О’Нейл стал, вероятно, самым информированным следователем в мире. Он же первым организовал слежку за Усамой бен Ладеном.
Мало кто из американских сыщиков или разведчиков, включая самого О’Нейла, имел хоть какое-то представление об исламе и разбирался в причинах недовольства религиозных фундаменталистов, которые в конце концов и стали виновниками атаки на Всемирный торговый центр и других преступлений против Соединенных Штатов. Обычно во главе ФБР стояли американцы католического вероисповедания, итальянского или ирландского происхождения. Большинство агентов, включая и высший эшелон, подобно О’Нейлу, были выходцами из Нью-Джерси, Филадельфии, в крайнем случае из Бостона. Они называли друг друга мальчишескими именами: Томми, Дэнни, Микки, будто вместе стояли служками в церкви или играли в хоккей за приходскую команду «Святой Крест». Они были чрезвычайно патриотичны и с детских лет приучены не задавать вопросов вышестоящим.
Квалификация агентов ФБР чрезвычайно возросла в результате многолетней борьбы с мафией — организацией, созданной людьми со схожим социальным происхождением. ФБР хорошо разбиралось в традиционных врагах, но было поразительно несведущим в том, что касалось новой угрозы. В страну прибывали исламские фундаменталисты из мест, где никогда не существовало агентуры, поэтому никто и не догадывался об опасности, что они собой представляли. Они говорили на языке, который в ФБР понимали всего несколько человек. Агенты даже с трудом выговаривали имена подозреваемых или информаторов. В то время было сложно поверить, что люди, прибывшие из далеких экзотических краев, могут угрожать стране. Они не походили не только на американцев, но даже на традиционный образ врага.