Он глубоко хранил тайну своей личности «с двойным дном» и никогда не проявлял истинных убеждений. Каждое утро Мохаммед начинал с предписанной исламом молитвы, а затем делал длинную пробежку, во время которой слушал и заучивал наизусть суры Корана, записанные на магнитофон. Во время курса военной подготовки он параллельно изучал исламское богословие, чтобы получить степень доктора. Командование американской армии настолько уважало его взгляды, что попросило провести цикл занятий на тему Ближнего Востока и сделать серию видеоуроков об основах ислама для других военнослужащих.
Согласно служебным записям Мохаммеда, он «подготовил и осуществил свыше 40 учебных заданий по условному развертыванию подразделений на Ближнем Востоке». Одновременно он тайно выносил из учебного центра секретные карты, учебные пособия и копировал их в офисах сети «Кинко». Мохаммед использовал эти материалы для создания многотомного пособия по подготовке террористов, главного учебника «Аль-Каиды». На выходные он летал в Нью-Йорк, где в районах Бруклина и Джерси-Сити обучал военной тактике исламских боевиков. Среди его слушателей было несколько членов «Аль-Джихада», в том числе его соотечественник Эль-Саид Носаир, будущий убийца раввина Меира Кахане, одного из наиболее радикальных еврейских лидеров.
В 1988 году Мохаммед неожиданно сообщил своему командиру, что берет отпуск и отправляется «убивать русских» в Афганистан. Когда он вернулся, то показал пару латунных пряжек от армейских ремней, которые снял с убитых советских солдат. Фактически именно он провел курс обучения первых добровольцев «Аль-Каиды», научив их нетрадиционным методам ведения войны, включая похищение людей, покушение на жизнь охраняемых особ и захват летательных аппаратов, чему сам научился в американском спецназе.
В 1989 году он уволился из регулярной армии и попал в резервисты. Он жил с женой в Силиконовой долине, где устроился агентом службы безопасности по охране склада боеголовок ракет «Трайдент», несмотря на то, что до этого несколько месяцев находился неизвестно где, якобы ездил «покупать ковры» в Пакистан и Афганистан. Он все еще пытался внедриться в американские спец-структуры и написал заявление с просьбой принять его на службу в качестве переводчика, одновременно в ЦРУ и ФБР.
В мае 1993 года в Сан-Хосе на него обратил внимание агент ФБР Джон Зент, который обнаружил, что Мохаммед подделал водительские права. Зент выяснил, что Али часто встречается с радикальными исламистами в местных мечетях и рассказывает им о войне СССР в Афганистане. Зент сообщил в Министерство обороны о потенциальной опасности бывшего египтянина. По его наводке в Сан-Хосе прибыла группа контрразведчиков из Форт-Мида, Мэриленд, — побеседовать с Мохаммедом. Они развернули карту Афганистана прямо на полу кабинета Зента, и Мохаммед показал им дислокацию тренировочных лагерей моджахедов. Он назвал имя Усамы бен Ладена, про которого сообщил, что тот готовит армию для свержения режима аль-Саудов. Он также рассказан об организации «Аль-Каида», которая развернула тренировочные лагеря в Судане. Он даже заявил, что читал лекции членам организации об основах разведывательной деятельности и захвате летательных аппаратов. Но следователи не сделали никаких выводов. До того, как кто-либо в американской разведке впервые услышал об «Аль-Каиде», оставалось три года.
Вероятно, Мохаммед рассказал все, чтобы поднять собственную значимость. «Он пытался представить себя Джеймсом Бондом», — вспоминал об этой встрече агент ФБР. Но наиболее вероятно, что он хотел завоевать доверие и внедриться в ряды спецслужб, чтобы выполнить задание Завахири. В 1993 году «Аль-Джихад» и «Аль-Каида» были все еще отдельными организациями, и аль-Завахири пока не присоединился к кампании бен Ладена против Америки. Вероятно, что в то время Завахири пытался предать бен Ладена, чтобы продвинуть своего агента в американскую разведку. Если бы ФБР и контрразведывательный отдел Министерства обороны вступили в оперативную игру с Мохаммедом, то они рисковали получить весьма опасного двойного агента, способного на непредвиденные авантюры и дезинформацию. Мохаммед представился человеком из ближайшего окружения бен Ладена, имя которого никому ничего не говорило. Агент Зент составил об этом допросе подробный отчет, отправленный руководством ФБР в долгий ящик.
Позже, когда ФБР решило восстановить запись этой встречи, оно запросило об этом отдел контрразведки, но Министерство обороны ответило, что протокол допроса утерян.