«Вы увлекаетесь ботаникой? — подчеркнуто небрежно спросил новоиспеченный император Гумбольдта, когда того представили ему, и, не дожидаясь ответа, добавил: — Моя жена тоже».
«Император выказывал ледяную холодность Бонплану и ненависть ко мне», — писал позднее Гумбольдт своему биографу Юлиусу Лёвенбергу.
Наполеон не мог простить Гумбольдту его всемирной славы — славы, доставшейся иностранцу, не мог простить того, что немецкий ученый отвлекал внимание французов от его собственной персоны. К тому же император всегда считал «этого знаменитого Гумбольдта… прусским шпионом». А однажды в порыве раздражения он дал своему министру полиции указание предложить Гумбольдту покинуть Париж в течение двадцати четырех часов.
Узнав об этом, Александр обратился к одному из своих друзей, Жан-Антуану Шапталю, с которым познакомился еще до американского путешествия, с просьбой замолвить о нем слово перед императором. Шапталю, известному и заслуженному химику, одному из создателей промышленной химии во Франции, поддерживавшему тесные отношения с Гумбольдтом до самой своей смерти (в 1832 г.), удалось обратить внимание Наполеона на готовящееся к выходу из печати — при содействии французских ученых — фундаментальное научное описание Гумбольдтова путешествия на французском языке и таким образом убедить императора немедленно отменить приказ о высылке из страны немецкого ученого. В книге Шапталя «Мои воспоминания о Наполеоне», опубликованной в 1833 году его правнуками, приводятся такие слова, сказанные им императору: «Месье де Гумбольдт превзошел все науки, и когда он путешествует, то это все равно что путешествует целая академия наук. Стоит только удивляться тому, как удалось ему за три года собрать столь огромный материал, обработкой которого он занят теперь в Париже. Нашу страну он избрал второй родиной: книги свои он публикует на нашем языке и тем самым дает работу нашим граверам, нашим рисовальщикам, нашим печатникам».
Гумбольдт же, несмотря на подобные досадные недоразумения, по-прежнему считал в порядке вещей делать все от него зависящее, чтобы Париж и впредь удерживал статус мирового центра естествознания, завоеванный в эпоху республики и укрепленный во времена империи. Так, Гумбольдт много раз призывал высшие инстанции принять меры, чтобы любой ценой сохранить Jardin des Plantes как естественно-исторический музей. С этим же требованием он обращался и к прусскому военному коменданту после занятия французской столицы союзными войсками весной 1814 года и в июле 1815-го. В апреле 1814 года к Гумбольдту за поддержкой обратился известный французский естествоиспытатель Жорж Кювье, с которым Гумбольдт состоял в довольно дружеских отношениях. Буквально через пять минут после получения письма, как сообщал потом сам Гумбольдт «своему дорогому собрату», он уже торопился к прусскому коменданту города графу фон Гольцу, и тому не оставалось ничего другого, как уступить настойчивым просьбам и уговорам двух именитых профессоров, требовавших обеспечить сохранность естественно-исторического музея, и, более того, вместе с русским губернатором позаботиться о подвозе корма для животных зоопарка.