Александр поручил Сперанскому еще две области внутренних реформ, требовавших пристального внимания: составление свода законов и укрепление государственных финансов. Комиссия, образования в 1801 году для подготовки российского законодательства, недалеко в этом продвинулась. Назначение в комиссию Сперанского в 1808 году значительно ускорило процесс и позволило подготовить свод законов к 1812 году. Сперанский использовал Гражданский кодекс Наполеона 1804 года в качестве фундамента российского кодекса (что отнюдь не способствовало его примирению с врагами). В результате часть работы получилась несколько поспешной, законы в ней были зачастую искусственно подогнаны к соответствующим параграфам французского кодекса, без оглядки на юридическую историю или традиции, — но на Сперанского давила необходимость сделать нечто, доступное пониманию Александра, и притом быстро. Кодекс был принят Непременным советом, но никогда так и не воплотился в жизнь.
Попытка Сперанского восстановить твердое положение российских финансов (в государстве, пережившем военную кампанию, и вдобавок ослабленном Континентальной блокадой) была более успешной. Правительственным средством для того, чтобы справиться с непомерно возросшими расходами во время войны Третьей коалиции, было одно — печатать все больше и больше бумажных денег, или ассигнаций, что в итоге означало их обесценивание. В 1810 году Сперанский подготовил указ, обещающий выкупить ассигнации и прекратить их дальнейший выпуск (на деле последствия кампании 1812 года это обещание благополучно похоронили, а выпуск ассигнаций значительно вырос). Управление финансами со стороны Министерства было улучшено, положительно сказалось введение ежегодного бюджета. Количество доходных статей увеличилось за счет продажи государственных земель и расширения области налогов, включая временный налог на дворянство, что вызвало новый взрыв негодования. Большинство дворян, как истинные патриоты, были готовы оказать финансовую поддержку военным силам, но противились формальной обязанности, частично оттого, что эта инициатива исходила от сына священника.
Хотя и эти реформы были важны, основное значение имели для Сперанского гораздо более амбициозные планы переделки всего внутреннего устройства России. Они были изложены в проекте, представленном Александру в 1809 году, и держались в секрете от всех, кроме нескольких доверенных советчиков. Сперанский рассматривал преобразование российского центрального и местного управления и предлагал формальное разделение функций между исполнительной (возглавляемой министрами), судебной (для которой высшей инстанцией должен был стать Сенат) и законодательной (Государственная Дума) властями; вся структура возглавлялась царем и Государственным Советом. На местном уровне владельцы собственности во всех волостях каждые три года должны были избирать волостную думу, из нее депутаты делегировались в уездную думу, из которой, наконец, выбирались депутаты в губернскую думу. Эти думы должны были избираться один раз в три года и не имели права издавать законы. Государственная Дума формировалась ежегодно представителями, отобранными царем из списка, представленного губернскими думами.
В общеизвестной биографии Сперанского историк Марк Раефф представляет его как осторожного, консервативного реформатора, который хотел основать упорядоченное, действенное правительство, чуткое к букве закона, но не был готов дать реальную законодательную власть Государственной Думе и был весьма консервативен в решении социальных вопросов. Раефф указывает, что предлагаемая Дума была бы полностью подчинена царю и не имела бы никакого влияния на формирование бюджета и политики. Хотя для выборов местных и губернских дум была предложена сложная система, она не включала крепостных, которые вообще не принимали никакого участия в выборах. (Тем не менее в ней учитывалось крестьянское сословие, которое могло делегировать в волостные думы одного старейшину от 500 человек — самый низкий уровень представительства). Собственное объяснение Сперанского в письме Александру является подтверждением взгляда на него как на консервативного реформатора: