Когда в октябре 1893 года великий композитор неожиданно скончался, его похороны были организованы за счет императора. От Александра III был прислан роскошный венок. В день похорон были отменены лекции в учебных заведениях Петербурга. Сотни тысяч людей приняли участие в похоронах своего любимого композитора.
Александр III оказал прямую поддержку становлению русской оперы в России. Как радетель всего русского, он приказал расширить состав оркестра, хора, а также увеличить жалованье участникам. А. А. Берс писал в своих воспоминаниях, что высокое покровительство помогло композитору и дирижеру Эдуарду Францевичу Направнику «поднять оперу на должную высоту и привело к закрытию в 80-х годах дорогостоящей итальянской оперы».
Большую поддержку оказал император и Московской консерватории. Когда министр финансов Иван Алексеевич Вышнеградский по просьбе своего зятя Василия Ильича Сафонова, дирижера Московской консерватории, обратился в 1893 году к Александру III с просьбой выделить необходимые для перестройки здания консерватории суммы, император тут же распорядился выдать четыреста тысяч рублей.
13 февраля после Уланского бала в Зимнем дворце император с императрицей уехали домой в Гатчину. Через две недели Александр III вернулся в Петербург. Он остановился в Аничковом дворце.
1 марта 1887 года, в день седьмой годовщины со дня трагической гибели отца, Александр III отправился утром в Петропавловский собор, где отслужили панихиду.
Император вернулся в Аничков дворец, и следом со срочным сообщением прибыл министр внутренних дел граф Дмитрий Андреевич Толстой. Он сообщил царю, что накануне начальник Санкт-Петербургского секретного отделения получил агентурным путем сведения о том, что кружок злоумышленников намерен произвести в ближайшее время террористический акт и что в распоряжении этих лиц имеются «метательные снаряды», привезенные в Петербург из Харькова.
1 марта была слишком памятная дата, и поэтому начальник секретного отделения, не дожидаясь царской резолюции, приказал немедленно задержать выслеженных агентами лиц. Около одиннадцати часов утра на Невском проспекте были арестованы пять студентов Петербургского университета. Все они ждали возвращения царя с панихиды из Петропавловской крепости. У троих из них, П. И. Андреюшкина, В. Д. Генералова и В. С. Осипанова, при обыске были обнаружены «метательные снаряды». «Снаряды» представляли собой три металлических цилиндра, заполненных свинцовыми обрезками, шрапнелью и стрихнином. Один из «снарядов» был спрятан в толстую книгу — «Терминологический медицинский словарь Гринберга». Показания арестованных одновременно с ними сигнальщиков — Канчера и Горкуна — позволили жандармам быстро выявить остальных участников террористической организации, руководящую роль в которой играли студенты А. И. Ульянов и П. Я. Шевырев.
В Департаменте полиции немедленно составили доклад об аресте террористов. Доклад этот за подписью Дмитрия Андреевича Толстого отправили царю с кратким извещением о заговоре и небольшими биографическими справками об арестованных.
Император написал на докладе: «На этот раз Бог нас спас, но надолго ли? Спасибо всем чинам полиции, что не дремлют и действуют успешно, — все, что узнаете более, присылайте».
Поначалу царь не придал особенного значения аресту студентов. Когда «во избежание преувеличенных толков» граф Толстой попросил разрешения напечатать особое извещение, царь на докладе написал резолюцию: «Совершенно одобряю и вообще желательно не придавать слишком большого значения этим арестам. По-моему, лучше было бы, узнавши от них все, что только возможно, не предавать их суду, а просто без всякого шума отправить в Шлиссельбургскую крепость — это самое сильное и неприятное наказание. Александр».
2 марта Д. А. Толстой представил «проект правительственного сообщения»: «1 сего марта на Невском проспекте около 11 часов утра задержаны три студента Санкт-Петербургского университета, при коих по обыску найдены разрывные снаряды. Задержанные заявили, что они принадлежат к тайному преступному сообществу, а отобранные снаряды по осмотру их экспертом оказались заряженными динамитом и свинцовыми пулями, начиненными стрихнином». Это сообщение Александр III признал «совершенно достаточным».
Следствие выяснило, что в 1886 году в Петербурге возникла террористическая группа «Народной воли», организатором которой стал студент Петербургского университета Александр Ильич Ульянов. В группе было около полутора десятка человек — преимущественно студенты университета. 1 марта 1887 года они подготовили покушение на Александра III. Однако полиция уже наблюдала за одним из заговорщиков — Андреюшкиным и через него вычислила других членов группы. Всех их немедленно арестовали.