Прямо с железнодорожной станции все отправились в порт. Здесь в Новороссийской бухте по случаю приезда в город императора была выстроена в боевой порядок эскадра Черноморского флота. Некогда именовавшаяся Суджукской бухта была переименована в Новороссийскую, или Цемесскую, еще по указанию Николая I. Эта незамерзающая бухта была стратегически важна для России.
У причала порта в ожидании гостей стоял пароход «Москва», принадлежавший Добровольному флоту. Только два месяца назад пароход вернулся из дальнего плавания с трюмами, полными чая, и был срочно переоборудован под императорскую яхту. Вместо трехцветного коммерческого был поднят белый флаг с синим Андреевским крестом. С этого момента «Москва» стала военным судном.
С палубы «Москвы» император с императрицей спустились на шлюпку и направились к Черноморской эскадре. Как только на шлюпке был поднят императорский штандарт, на палубе одного из броненосцев оркестр заиграл гимн, а реи высоких мачт заполнили матросы. Со всех кораблей грянуло «ура!», которое заглушило музыку.
Объехав эскадру, шлюпка прошла вдоль новой набережной и остановилась у павильона, построенного рядом с пристанью. Высокие гости поднялись в павильон. Красота видов, открывшихся отсюда, поразила императрицу. «Как здесь все прекрасно!» — восхищенно произнесла она.
Затем все прошлись по берегу мола. Там с интересом наблюдали за работами по укреплению мола с помощью новых мощных подъемных механизмов. Император поблагодарил строителей порта и пожелал, чтобы работы были окончены так же хорошо, как были начаты.
На встрече с «выборными градских обществ» Александру III рассказали о том, что начало эксплуатации железной дороги должно стимулировать развитие города, ведь с завершением строительства Новороссийской ветки сократился путь для выхода зерновых грузов к Черному морю через Новороссийский порт.
По случаю визита высоких гостей в городе был объявлен праздник и даже в ночное время Новороссийск был освещен.
В девятом часу вечера Черноморская эскадра снялась с якоря и вышла в открытое море. Вслед за ней в открытое море вышла «Москва».
Ранним утром миновали древний монастырь Пицунду, в начале одиннадцатого «Москва» подошла к Новому Афону. Там находился один из крупнейших на Кавказе духовных центров — Новоафонский монастырь.
Игумен Новоафонского монастыря архимандрит Иерон вспоминал: «В назначенный день прибытия Их Императорских величеств, 24 сентября, мы все с напряженным вниманием устремляли наши взоры туда, откуда должен был показаться царский пароход; и вот мы увидели два парохода — крейсер «Москва» в сопровождении военного клипера «Память Меркурия». Монастырский колокол торжественно дал знать об этом, и все пришли в необычайное движение».
В день прибытия в монастырь императора Александра III состоялась церемония закладки соборного храма Святого великомученика Пантелеймона.
На месте закладки нового собора император водрузил крест, освященный епископом Геннадием. Впоследствии этот крест из кипарисового дерева, изящно отделанный серебром, был поставлен за престолом в главном алтаре собора. Первый кирпич заложил император, а вслед за ним императрица, цесаревич и князь Георгий Александрович. После церемонии закладки монастырского собора император Александр III преподнес в дар монастырю музыкальные куранты.
Император с императрицей посетили и храм Апостола Симона Кананита, сооруженный в период расцвета Абхазского царства в X веке. Архимандрит Иерон написал в воспоминаниях: «Выслушав ектению и приложась ко святому кресту, осмотревши храм и древнюю живопись, Их величества в сопровождении Их высочеств и свиты изволили взойти на плотину, где любовались природой».
От монастыря до церкви Симона Кананита и обратно царь прошел пешком. Эту дорогу стали именовать «Царской аллеей». Вдоль нее монахи высадили кипарисы.
Император с императрицей посетили в Новом Афоне школу. Хор учеников спел гимн «Боже, Царя храни!» и исполнил разные песнопения. Уезжая, император обратился к жителям Нового Афона со словами: «В памяти у меня останется посещение вашей обители; желательно видеть ваш собор оконченным». Императорская семья и вся свита записали свои имена в книге для памяти «в утешение братии нынешней и будущей».
Как пишет архимандрит Иерон, «во все время пребывания Их величеств на берегу и до самого отхода пароходов монастырские колокола неумолчно торжественно звонили». В честь приезда императора монахи построили на морском берегу часовню, установили у водопада мемориальную доску с надписью.