Императрица, узнав из попавшего ей в руки письма Н. И. Новикова, отправленного им в Берлин, к одному из своих приятелей, о встречах В. И. Баженова с цесаревичем и о «конфузливых разговорах», происходивших между ними, потребовала разъяснений. А вскоре началось преследование масонов. Все масонские ложи были закрыты.
При императоре Павле Петровиче В. И. Баженов был произведен в действительные статские советники и получил имение в тысячу душ.
Государь первое время оказывал покровительство масонам, особенно тем, которые пострадали за него, хотя как истинный сын православной церкви оставался равнодушен к просвещению в масонском духе.
Являл он терпимость к староверам, к лицам иных конфессий. При нем почувствовали послабление католики и даже иезуиты. В марте 1798 года, после оккупации Наполеоном североитальянских княжеств, император предложит убежище в России оказавшемуся в изгнании папе Пию VI. В ноябре того же года Павел I станет Великим магистром Иерусалимского ордена Св. Иоанна. Он шел на это ради интересов России и монархической Европы. Император, по всей вероятности, имел в виду уничтожить религиозные барьеры, препятствовавшие объединению на широкой основе сил, выступающих против французской революции. Подтверждением этого может служить императорский указ от 21 декабря 1798 года, призвавший всех, кому близок дух Мальтийского ордена, объединиться и выступить с единых позиций. Только интересами политики можно объяснить заигрывания императора с Ватиканом и иезуитами. В политической игре, надо сказать, Павел Петрович был готов дойти до опасной черты.
И еще одно немаловажное событие.
3 августа 1799 года, во время приема Павлом Петровичем в Петергофе представителей ордена, которые предъявили ему акт об отречении от поста Великого магистра фон-Гомпеша, императору были переданы святыни ордена, хранившиеся на о. Мальта с 1530 года. Это были величайшие святыни христианского мира: десная (правая) рука Св. Иоанна Предтечи, часть Древа Животворящего Креста Господня и Филермская икона Божией Матери.
12 октября 1799 года, в день бракосочетания дочери Павла Петровича великой княжны Елены Павловны с наследным принцем Мекленбург-Шверинским Фридрихом Людовиком, совершены были торжества перенесения привезенных с Мальты святынь.
«В 10 часов утра из Гатчинского дворца выехала по направлению к городку Ингебургу целая кавалькада с Императором во главе, с членами царской семьи и с многочисленной свитой, для встречи другой процессии, в которой представители Мальтийского ордена везли в Гатчину свои Святыни, — писал историк церкви Н. Смирнов. — Встреча произошла у Спасских ворот, откуда и началось торжественное шествие по широкому проспекту — обратно ко дворцу.
Впереди с Крестным ходом шло духовенство, затем, в придворной золоченой карете ехал наместник Мальтийского ордена граф Юлий Литта… у которого на руках, в золотом ковчеге, на алой бархатной подушке, покоилась честная десница Св. Иоанна Крестителя. Вслед за Литтой мальтийские рыцари везли Филермскую икону Божией Матери и часть Животворящего Древа. Император Павел I шел рядом с каретой в полном облачении Великого магистра… За ними следовала многочисленная царская свита; шествие завершало множество простых жителей Гатчины.
Когда процессия приблизилась к дворцу, Павел I взял десницу Св. Иоанна Предтечи и с пением тропаря внес ее в придворную церковь, где и положил на приготовленном месте; здесь же была положена Филермская икона Божией Матери с частью Животворящего Древа. Таким образом Гатчинский придворный храм удостоился быть местом хранения Святынь, ниспосланных России. В благодарение Богу Павел I принес свой дар церкви, повелев устроить богатые — золотые, украшенные бриллиантами и драгоценными камнями, ковчеги для десницы Св. Иоанна Предтечи и для части Креста Господня, а для Филермской иконы Божией Матери — такую же ризу».