Вторжение в Индию. В начале лета 327 года Александр с новой, более мощной армией, командование которой подверглось реорганизации, выступил из Бактр. Если цифра, приводимая Плутархом, сто двадцать тысяч человек, сколько-нибудь достоверна, то сюда следует отнести все виды вспомогательных служб: погонщики мулов и верблюдов, медицинский корпус, торговцы-разносчики, артисты и художники, женщины и дети. Саму же, собственно, армию надо оценивать в тридцать пять тысяч человек. Повторно перевалив через Гиндукуш, Александр разделил свои силы. Половина армии с обозом под командованием Гефестиона и Пердикки пошла ущельем Хибер, сам же он повел остальную часть с осадными орудиями через холмистую местность к неприступной вершине с построенной крепостью Аорн и взял ее штурмом. Эта вершина расположена в нескольких милях к западу от реки Инд и чуть севернее реки Бунер. При этом македонцы показали чудеса осадного искусства. Весной 326 года, переправившись через Инд близ Аттока, Александр вошел в Таксилу, чей правитель дал ему слонов и воинов, взамен попросив помочь в борьбе с царем Пором, правившим землями между Гидаспом (ныне Джелам) и Акесином (ныне Шенаб). В июне Александр дал свое последнее великое сражение на левом берегу Гидаспа. После победы он основал там два города: Александрию Никею (в честь своей победы) и Букефалы (в память о своем коне Букефале, павшем в той битве); побежденный Пор стал его союзником. Точно неизвестно, слышал ли Александр о реке Ганг, но тем не менее ему не терпелось идти все дальше. Когда же он подошел к реке Гифасис, армия отказалась следовать за ним под непрекращающимися тропическими дождями: физические и психические силы воинов были на пределе. Недовольных представлял главный военачальник Александра Кен. Непреклонность армии заставила Александра повернуть назад.
Возвращение из Индии. На Гифасисе он воздвиг двенадцать алтарей, посвященных главным олимпийским богам, а на Гидаспе построил флот в 800–1000 кораблей. Расставшись с Пором, он отправился вниз по Гидаспу, впадавшему в Инд; половина армии погрузилась на корабли, а другая половина тремя колоннами шла маршем по двум берегам. Флотом командовал Неарх, а собственным кораблем Александра — кормчий Онесикрит; оба впоследствии составили отчет о плаваниях, дошедшие в качестве свидетельств до нас. Этому походу сопутствовало много небольших сражений и безжалостная резня, учиненная при штурме города племени маллов близ реки Гидраот (ныне Рави). Александр получил серьезную рану, которая ослабила его здоровье.
Прибыв в Паталы, он построил гавань и доки и исследовал оба рукава Инда, которые далее, вероятно, впадали в Великое море. Он предполагал повести назад часть армии по суше, а остальные войска должны были на 100–150 кораблях под командованием Неарха совершить исследовательское плавание вдоль берегов Персидского залива. Из-за стычек с местными племенами Неарх отплыл в сентябре 325 года, но, дожидаясь северо-восточного муссона, задержался до конца октября. Александр тоже в сентябре отправился вдоль берега через Гедросию, но из-за непроходимой дикой местности, отсутствия воды вскоре был вынужден повернуть в глубь материка и поэтому не сумел осуществить свой план обеспечения флота продовольственными базами. Еще ранее он отправил под командованием Кратера вещевой обоз, осадные орудия, слонов, больных и раненых воинов, дав для охраны три отряда тяжеловооруженной пехоты. Кратер должен был через проход Муллы, Кветты и Кандагар вести их в долину Гельманда, а уже оттуда через Дрангиану воссоединиться с главными силами армии на реке Аман (ныне Минаб) в Кармании.
Поход Александра через безводную пустыню Гедросии (ныне Белуджистан) оказался губительным: мучила нехватка питья, еды, топлива. К тому же во время стоянки у пересохшего русла реки внезапный ночной паводок, вызванный муссоном, унес много жизней, особенно женщин и детей. В конце концов Александр воссоединился с отрядами, плывшими на кораблях Неарха. Флот за это время также понес потери, и моряки испытали множество приключений.