После вторжения в Малую Азию Александр назначил Неарха командующим македонским флотом. Таким образом, пока царь воевал на суше с мужем Барсины, Неарх мерялся силами с ее братом на море. Ситуация, в общем-то, складывалась довольно драматичная, учитывая тот факт, что муж Барсины был ионийским греком с острова Родос, а семья Артабаза несколько лет назад нашла приют в Македонии. Вполне возможно, Александр надеялся, что близкие Барсины сложат оружие. Впоследствии так и произошло, но в самом начале кампании они сохраняли верность новому персидскому царю Дарию III, и Александру пришлось на суше сражаться с эллином из Ионии, а Неарху — со своим старым другом.
Флот Фарнабаза базировался на порты Египта, Кипра и Финикии, поэтому прибыл слишком поздно на театр военных действий, что позволило Неарху захватить ряд островов в Эгейском море, находившихся ранее под персидским контролем. Однако даже после поражения на Гранике Мемно-ну удавалось удерживать военно-морскую базу персов в Галикарнасе до тех пор, пока его шурин не эвакуировал город по морю. В 333 г. до н. э. Мемнон погиб в сражении, пытаясь отбить у македонян один из островов в Эгейском море, и командование персидскими силами в Малой Азии перешло к Артабазу. Однако через три месяца персидская армия потерпела поражение в решающем сражении на Иссе, и Артабаз вместе с царем бежал на восток, а вся территория Малой Азии осталась за Александром.
Итак, Александр достиг того, о чем мечтали поколения эллинов: он создал единое государство по обоим берегам Эгейского моря. Однако, для того чтобы обезопасить его границы, ему требовалось добиться господства на море. Между тем Фарнабаз еще располагал в Средиземноморье флотом, во много раз превосходившим по мощи флот Неарха. Основная база македонского флота отныне располагалась на острове Крит, тогда как персидские корабли теперь базировались в Сирии и Финикии. Следовало захватить эти страны, чтобы упрочить положение Эгейского царства, поэтому армия Александра направилась на юго-восток и к лету 332 г. до н. э. установила контроль над этими регионами. Лишенный портов в Восточном Средиземноморье, не имея возможности набирать новых финикийских моряков, Фарнабаз вскоре потерпел поражение и сдался, а его флот был разгромлен.
Отныне единое царство всех эллинов, о котором они мечтали несколько веков, находилось в безопасности. Бросая ретроспективный взгляд на события тех веков, можно сказать, что тут бы и следовало завершить войну с Персией, на что, собственно, и рассчитывали Неарх и другие македонские военачальники. Возможно, некоторое время так считал и сам Александр, поскольку собрался жениться на Барсине, когда она после сражения на Иссе попала в плен к македонянам. Любой, кто собирался править мирной Ионией, должен был принимать во внимание интересы проживавших там греков и персов. За два десятилетия до Александра именно такую политику проводил здесь и Артабаз. Мы уже упоминали, что Барсина была дочерью одного из самых влиятельных вельмож в истории этого региона, и ее могли считать своей как персы, так и греки. Александр, подобно Мемнону и его брату, прекрасно осознавал политическое значение брака с Барсиной, однако по разным причинам их свадьба так и не состоялась. И не последнюю роль в этом сыграло решение царя направиться в Египет. Теперь он вынашивал планы создания значительно более обширной империи, поэтому владычество над бассейном Эгейского моря было всего лишь малой частью его глобальных устремлений. Тем не менее Барсина осталась с ним. Когда же Александр захватил Египет и направился дальше на восток, он оставил Неарха наместником Малой Азии и правителем островов в Эгейском море.