К концу 329 г. до н. э. армия Александра к северу от Гиндукуша насчитывала почти 25 000 воинов. Она пока еще превосходила восставших количественно и качественно, но Спитамен предпочитал тактику внезапных беспокоящих нападений, более характерную для партизанских действий, к тому же численность его сторонников постоянно росла за счет персов, присоединявшихся к нему после первых известий об отступлении Александра. В этих условиях Клит настоятельно советовал царю вывести войска еще дальше и забыть о Согдиане, поскольку эта небольшая слабо развитая страна не имела никакого стратегического либо экономического значения. Если недовольным из числа персов и других народов хочется там укрываться, то следует оставить их там в покое. Границу по Оксу можно будет легко контролировать, а согдийская армия никогда не сможет переправиться через эту пограничную реку. Однако для Александра Великого в данном случае на карту была поставлена вся его репутация непобедимого полководца. Если ему не удастся справиться с такой крохотной и отсталой провинцией, как Согдиана, тогда и его противники на всех остальных территориях обширной империи могут попытаться выступить открыто.
Александр немедленно приказал набрать в Европе и Малой Азии 10 000 пополнения из числа греков, которых вскоре и привел к нему Неарх. Последний до недавнего времени командовал македонским флотом, однако сейчас Александр не нуждался во флоте. Собираясь во что бы то ни стало покончить с восставшими, царь затеял серьезную реорганизацию армии. Он понимал, что на этом театре военных действий наибольшее значение приобретает конница, поэтому две трети своей пехоты оставил в Бактрии под командованием Неарха для поддержания там порядка, а остальную пехоту передал в подчинение Коену, которому приказал выдвинуться на равнины Согдианы и устроить там систему укрепленных лагерей. Сам же Александр во главе конницы решил направиться в Согдийские горы, чтобы уничтожить укрепленные базы восставших. При этом поддержку коннице оказывали пехотные подразделения, специально приспособленные для действий в горах, которыми командовал Селевк.
Новая тактика принесла успех, и примерно через год таких боев движение сопротивления в Согдиане пошло на убыль. При этом сама кампания была крайне жестокой и кровопролитной. Гипасписты македонского царя беспощадно уничтожали горные деревушки, справедливо считая, что все они могут служить пристанищем для восставших. Теперь уже никогда не удастся установить с точностью, сколько именно невинных женщин, детей, стариков было уничтожено и сколько деревень было сожжено дотла, но известно, что к концу 328 г. до н. э. восстание в Согдиане было подавлено. В декабре погиб и предводитель восстания Спитамен, а его голову доставили Александру.
После успешного подавления восстания в Согдиане слухи о зверствах гипаспистов разлетелись по всем окраинам империи Александра Македонского. Было время, когда их бесчинства ужасали даже самого Александра, но эти дни давно и безвозвратно миновали. Прежде он мог проявлять жестокость, когда, по его мнению, того требовали обстоятельства, но в целом старался придерживаться того, что мы бы назвали «кодексом воинской чести». Однако, похоже, после войны в Согдиане Александр сам превратился в настоящего мясника. Во всяком случае известно, что он хладнокровно убил одного из своих ближайших друзей только потому, что тот осмелился перечить ему. Незадолго до того как Александру принесли голову убитого Спитамена, командовавший конницей Клит снова позволил себе выступить с критикой в адрес царя, причем сделал это во время пира в честь победы над согдийцами. Как сообщает Юстин, Клит в состоянии изрядного подпития начал обвинять Александра в том, что тот позорит память своего отца Филиппа, который никогда не позволил бы себе вести войну столь варварскими методами.
Клит — один из самых старших военачальников среди гостей, — будучи уверен в своей дружбе с царем, который всегда ее ценил, стал защищать память Филиппа и осудил действия его сына. Этим он привел Александра в такой гнев, что тот выхватил оружие у одного из стражей и ударил друга прямо на глазах всех гостей. Нисколько не расстроившись из-за убийства, он насмехался над убитым, за то что тот защищал Филиппа и порицал его способы ведения войны.