В конце концов увидев, что слова не возымели никакого действия, он покинул приближенных и совершенно без оружия бросился в толпу вооруженных воинов и стал избивать зачинщиков беспорядков. Ни один не посмел сопротивляться царю, а он выбрал тринадцать человек и своими собственными руками наказал их.
Александр приказал лучникам из Бактрии окружить недовольных и расстреливать любого, кто хотя бы пошевельнется, пока будут вешать этих тринадцать зачинщиков. По словам Юстина, недовольство проявила только македонская пехота, остальные солдаты из числа европейцев не сказали ни слова. Таким образом, македоняне оказались в меньшинстве. Персы, теперь составлявшие основную массу его армии, совершенно точно, приняли его сторону, точно так же, как гипасписты и европейская конница. Эти последние возвращались из Индии в достаточно комфортных условиях, им не выпало и десятой доли тех испытаний, которые пришлось перенести пехоте во время перехода через пустыню Гедросии.
После этого, по сообщениям Юстина, Александр предпринял полномасштабную чистку армии. Для начала он отправил в отставку большинство из старших командиров греческого и македонского происхождения под предлогом того, что они стали слишком старыми, а затем отправил на родину 10 000 человек вспомогательных войск.
А потом он лично обратился с речью к вспомогательным войскам, в которых служили только персы, а не македоняне. Он поблагодарил их за верность, которую они проявили не только по отношению к нему, но и к их прежнему повелителю, и напомнил о доброте, которую он выказал им, сказав, что «никогда не обращался с ними, как с побежденными, но всегда считал, что своими успехами обязан им»; что он всегда ценил достижения их народа и что он помирил победителей с побежденными, связав многих греков узами брака с местными женщинами. «Отныне, — добавил он, — он поручает охрану собственной персоны не только македонянам, но также и им». После этого он сделал своими телохранителями тысячу молодых персов и в то же время зачислил в войско большое количество вспомогательных войск, обученных по македонскому образцу. От всех этих новшеств македоняне чувствовали себя обиженными, говоря, что «их противники заняли возле царя место, которое по праву принадлежало им»… Но он освободил от службы еще одиннадцать тысяч ветеранов.
Далее Александр даже снял начальника кавалерии Кратера, возможно, из-за того, что тот во время волнений в Индии не смог заставить конницу выступить против пехоты. На его место он назначил Гефестиона.
Независимо от того, что он думал, Мелеагр сохранял видимость лояльности и уговорил демобилизованных ветеранов спокойно отправиться по домам. Однако и тут, несмотря на то что Мелеагр был заслуженным образцовым солдатом и пользовался уважением в войске, Александр, награждая оставшихся у него полководцев, никак не вознаградил командующего пехотой. Во время пышной церемонии, состоявшейся в Сузах летом 324 г. до н. э., царь возложил золотую диадему на голову нового начальника конницы Гефестиона, такую же награду получили командир гипаспистов Селевк и даже некоторые командиры из числа иноземцев. В македонском войске это считалось высшей воинской наградой. Но Мелеагра демонстративно обошли, невзирая на прежние заслуги, которых было очень и очень много. Мелеагр находился в гуще всех недавних событий, потерял множество своих солдат и все же упрямо сохранял верность царю. Гефестион, например, никогда особенно не отличался, в его послужном списке можно отметить лишь командование обозами да проведение саперных работ вроде строительства мостов. Даже во время возвращения из Индии армия, которой командовал Гефестион, двигалась по западному берегу Инда и не участвовала в боевых действиях, которые вели пехотинцы под командованием Мелеагра на восточном берегу. Кроме того, Мелеагр теперь был самым опытным солдатом из всех, кто еще оставался в македонском войске, и командовал он не только фалангой, но и всеми союзными войсками (по крайней мере, официально). Александр осыпал Гефестиона и другими милостями. Кроме награды, которая по праву принадлежала Мелеагру, любимый друг царя стал еще и великим визирем — этот пост никогда не существовал в державе Александра Македонского, но теперь он превращал Гефестиона в первого заместителя царя и во второе лицо в государстве.