Материалы экспедиций были чрезвычайно богаты. Для их обработки понадобились многолетние усилия и русских, и иностранных ученых. Этим занималась специальная комиссия Академии наук (существовала до 1919 г.). Публикация результатов производилась отдельными выпусками, соединяемыми потом в тома. В связи с октябрьскими событиями 1917 г. это дело так и не было завершено. А. В. Колчаку надлежало прежде всего привести в порядок документацию, составить более подробные отчеты, обработать и опубликовать те результаты экспедиций, которые полностью или в основном были результатом его собственных наблюдений.
А. В. Колчак выполнил основную работу по приведению в порядок материалов двух экспедиций, их обобщению, составлению отчета. Но проделанная работа далеко выходила за рамки отчетов. Обобщения, научные наблюдения позволили создать ряд глубоких научных работ.
Им была написана и опубликована в "Известиях" Академии статья "Последняя экспедиция на остров Беннетта, снаряженная Академией Наук для поисков барона Толля". Немыслимо дерзкая экспедиция А. В. Колчака, совершенная при этом без человеческих потерь, в отзыве академика Ф. Б. Шмидта была расценена, как "необыкновенный и важный географический подвиг, совершение которого было сопряжено с трудом и опасностью". Вместе с тем высоко оценены были и географические открытия и научные достижения. В 1906 г. Императорским географическим обществом А. В. Колчаку была присуждена высшая награда - Большая Константиновская Золотая медаль. В феврале того же года он избирается действительным членом этого общества. Имя Колчака становится широко известным, и не только в научных кругах. Его именем, как уже говорилось, был назван открытый во время первой экспедиции на северо-востоке Карского моря остров и мыс. Под таким именем они фигурировали и на советс-ких картах, пока, спохватившись, все переименовывавшие советские власти не дали им в 1939 г. имена другого участника экспедиции - С. И. Расторгуева и писателя К. К. Случевского. Надо надеяться, что им будет возвращено имя его открывателя и справедливость восторжествует.
А. В. Колчак составил краткое описание яхты "Заря", детально охарактеризовал ее, как тип корабля, предназначенного для плавания во льдах, но не вполне надежного. В дальнейшем Александр Васильевич обстоятельнее займется теорией и практическими проблемами кораблес-троения и в этой сфере деятельности достигнет существенных результатов. Одним из практиче-ских результатов полярных экспедиций и плодом последующей кабинетной работы Колчака явилось издание в 1906 - 1908 гг. четырех карт. В 1907 г. в переводе Колчака был опубликован труд датского физика и океанографа М. X. К. Кнудсена "Таблицы точек замерзания морской воды". В 1909 г. Колчак опубликовал монографию "Лед Карского и Сибирского морей". "Основанием для этого исследования, - поясняет он в предисловии, - служат наблюдения над льдом в Карском и Сибирском морях, а также в районе Ледовитого океана, расположенном к северу от Новосибирских островов, произведенные Русской полярной экспедицией в течение 1900, 1901, 1902 и 1903 гг. Он не успел довести до издания другую монографию - о картогра-фических работах Российской полярной экспедиции, и еще некоторые научные работы.
А. В. Колчак мечтал об открытии северного морского пути и вносил вклад в его подготовку. Но он и ранее, и особенно после столь неудачно закончившейся для России войны буквально разрывался между полярными, научными исследованиями и военно-морским делом. Острые проблемы военного строительства в России влекли его все больше.
По окончании срока прикомандирования к Академии наук А. В. Колчак приступил к офицерским обязанностям в Морском Генштабе (с 1906 г. А. В Колчак был начальником статистического отдела, а с 1909 г. - отдела по разработке стратегических идей защиты Балтики.). А они теперь оказались обусловленными тем, что Колчак, как и многие офицеры, тяжело переживал позорное поражение и фактическую гибель флота в войне. Но в отличие от большинства других он тщательно продумывал пути и способы возрождения и реорганизации флота. Колчак, можно сказать, не по чину оказался вдруг одной из ключевых фигур в этом деле. Его талант засверкал новыми гранями. Как генератор идей и организатор, он проявляет большую волю, оказывает влияние не только на офицерскую молодежь, но и на ветеранов флота, его адмиральский эшелон. Между двумя войнами - русско-японской и первой мировой - Колчак все определеннее выступает в роли воссоздателя и реформатора военно-морского флота России. По инициативе его единомышленников, молодых офицеров, создается Петербургский военно-морской кружок. Члены этого кружка добились полулегального признания и определенной поддержки со стороны морского министра. В Николаевской морской академии группе было предоставлено помещение, кое-какие средства. Колчак вслед за лейтенантом А. Н. Щеголевым и капитаном 2-го ранга М. Римским-Корсаковым долгое время был председателем этого кружка, будучи капитан-лейтенантом, и лишь позднее, в разгар этой работы, 13 апреля 1908 г. ему присваивается звание капитана 2-го ранга. В 1907 г. в своем кружке, переведенном в Морской Генштаб, А. В. Колчак выступил с докладом "Какой нужен Русский флот" , в котором отмеча-лось: "России нужна реальная морская сила, на которую могла бы опереться независимая политика, достойная великой державы, и на которой могла бы быть основана неприкосновен-ность ее морских границ, то есть такая политика, которая в необходимом случае получает подтверждение в виде успешной войны. Эта реальная сила лежит в линейном флоте, и только в нем, по крайней мере в настоящее время мы не можем говорить о чем-либо другом". В статье "Современные линейные корабли" он развивал эту же ключевую для судеб Российского флота идею.
Колчак впоследствии так характеризовал работу кружка: "...Мы занялись прежде всего разработкой вопроса, как поставить дело воссоздания флота на соответствующих научных и правильных началах. В результате этого, в конце концов мною и членами этого кружка была разработана большая записка, которую мы подали министру по поводу создания морского генерального штаба, т. е. такого органа, который бы ведал специальной подготовкой флота к войне, чего раньше не было: был морской штаб, который ведал личным составом флота - и только... К поданной записке отнеслись очень сочувственно, и весною, приблизительно в апреле 1906 года, он был осуществлен созданием Морского Генерального штаба. В этот штаб вошел и я, в качестве заведывающего балтийским театром".
Колчак был и экспертом комиссии по обороне, начавшей в это время свою работу Государственной думы. Он выступал с докладами и в комиссии, и в различных общественных собраниях. В проведении в жизнь новых передовых идей Колчак проявлял настойчивость и компетентность. Задолго до 1914 г. он, как и его единомышленники, сделал правильные прогнозы, утвердился во мнении, что предстоит война именно с Германией и почти точно предсказал дату ее начала. "Еще в 1907 г., - отмечал А. В. Колчак, - мы пришли к совершенно определенному выводу о неизбежности большой европейской войны. Изучение всей обстановки военно-политической, главным образом германской, изучение ее подготовки, ее программы военной и морской и т. д. - совершенно определенно и неизбежно указывало нам на эту войну, начало которой определяли в 1915 году, указывало на то, что эта война должна быть. В связи с этим надо было решить следующий вопрос. Мы знали, что инициатива в этой войне, начало ее, будет исходить от Германии; знали, что в 1915 году она начнет войну. Надо было решить вопрос, как мы должны на это реагировать".