С мая того года у Святейшего сменился референт. Диакон Андрей Кураев — человек всесторонне образованный, умеющий вести дискуссии, деятельный и подвижный. Но излишне пылкий, склонный к аввакумовскому бунтарству, которое редко когда превращает христианина в великого праведника, но чаще толкает на путь еретический. После августа 1991 года отец Андрей особенно рьяно взялся выискивать, кто из священников и архиереев явно или полутайно поддерживал ГКЧП, призывал составить списки и в газете «Куранты» напечатал заметку, в которой обвинил митрополита Кирилла (Гундяева). Эта заметка была расценена как клеветническая и дала повод освободить диакона Андрея Кураева от обязанностей референта. К тому же Святейший уже давно видел на этом посту другого человека, не менее образованного и умного, но более степенного и по-мужски сдержанного — Николая Ивановича Державина. Человек безукоризненной честности и благопристойности, Николай Иванович станет верным и надёжным помощником Патриарха Алексия II до самого конца жизни Святейшего.
В июне вновь пришлось возвращаться к украинской смуте. Лжефиларет продолжал не являться на заседания Синода, и старейшему по хиротонии иерарху Украинской Православной Церкви, митрополиту Харьковскому и Богодуховскому Никодиму было поручено созвать Архиерейский Собор для избрания её нового Предстоятеля. Святейший направил Денисенко телеграмму, взывал к его христианской совести, просил во имя блага церковного подчиниться каноническому священноначалию. Тот не отвечал. В Харькове Собор епископов сместил Лжефиларета с Киевской кафедры и с поста Предстоятеля Украинской Православной Церкви за преступления перед Церковью. Денисенко был почислен за штат и запрещён в священнослужении. Новым украинским Предстоятелем соборяне избрали митрополита Ростовского и Новочеркасского Владимира.
Виктор Маркианович Сабодан, в отличие от Лжефиларета, был настоящим украинцем, родился в 1935 году в крестьянской семье, в селе Марковцы Летичевского района Хмельницкой области, пережил немецкую оккупацию, в детстве получил от старца Лаврентия Черниговского благословение служить Церкви. Схиархимандрит Лаврентий, причисленный украинцами к лику святых, в миру — Лука Евсеевич Проскура, весьма почитается на Украине, хотя сам он никогда не принимал этого названия своей страны, говоря: «Поляки узаконили нам понятия Украина и украинцы, чтобы мы охотно забыли своё название русский, навсегда оторвались от Святой и Православной Руси». Благословение святого старца сохранилось в душе Виктора Сабодана на всю жизнь.
11 июня в московском Свято-Даниловом монастыре собрался внеочередной Архиерейский Собор, который извергнул Денисенко из сущего сана, лишив его всех степеней священства и всех прав, связанных с пребыванием в клире. Вскоре Верховная рада Украины заявила о непризнании решений Харьковского Собора, а стало быть, и Московского. Власть в незалежной державе давала зелёный свет дальнейшему церковному расколу.
Во второй половине июня Святейший совершил новое паломничество — на сей раз в Грецию и на Афон. На Святой горе он посетил Великую лавру и Иверский монастырь, Дохиар и Ватопед, совершал литургии вместе с греческими и русскими монахами. Вернувшись домой, Святейший в конце июня посетил Оптину пустынь, порадовался, что, несмотря на тяжёлое положение в стране, знаменитая обитель мало-помалу восстанавливается. Побывал в Шамординском женском Казанском монастыре, затем отслужил молебен на оптинских полях о даровании стране нашей обильного урожая.
В это время в Киеве низложенный Денисенко организовал для своей охраны отряд боевиков и отказался освободить резиденцию на Пушкинской улице, а когда члены комиссии по принятию церковного имущества явились к нему, боевики их остановили, пустив в ход кулаки. Вскоре по приказу Денисенко боевики напали на Киево-Печерскую лавру, захватили наместника монастыря архимандрита Питирима и епископа Иннокентия Донецкого. 20 июня в Киев прибыл законный Предстоятель Украинской Православной Церкви, митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан). Его ожидало здесь очень нелёгкое служение, тяжкий крест. Президент Кравчук лично приказал в спешном порядке ввести Денисенко в лоно уже существующей, но пока довольно чахлой Украинской автокефальной Церкви, а 25—26 июня в резиденции на Пушкинской несколько епископов провели так называемый «объединительный Собор», на котором, упразднив две существующие раскольничьи Церкви, создали новую — Украинскую Православную Церковь Киевского Патриархата. Патриархом назначили американца Скрипника, а его заместителем — Денисенко.