На другой день, 3 октября, Святейший совершил воскресную литургию в Богоявленском Елоховском соборе. У мощей того, чьё имя носил, — митрополита Алексия, вдохновителя освобождения Руси от ордынского ига.
Сюда, по просьбе Святейшего, из Третьяковской галереи была принесена Владимирская икона Божией Матери. Молитвами пред нею Русь избавлялась от нашествий Ахмата и Тамерлана. Сейчас Предстоятель Русской Церкви молился пред нею о спасении Руси от братоубийственной бойни.
Как было замечено в одной из статей того времени, «Патриарх от политики перешёл к агиополитике», то есть пытался вмешаться в развитие событий уже не с помощью взывания к разуму людей, а с помощью взывания к высшим небесным силам.
Когда Владимирскую икону Богоматери вынесли из собора на площадь, сотни людей пали пред ней на колени, молясь о предотвращении братоубийства. Видя это, Предстоятель отчётливо понимал, где настоящий русский народ, а где — откровенная банда политиканов, в борьбе за свою власть готовых на любые народные жертвы.
К 16.00 Святейший в сопровождении митрополитов Ювеналия и Кирилла вновь прибыл в Свято-Данилов монастырь, в надежде, что чудо произойдёт, мольбы будут услышаны.
Но за 15 минут до этого с балкона Белого дома Александр Руцкой отдал приказ идти на штурм здания мэрии на Новом Арбате и телецентра Останкино. И это стало началом бойни. Бывшее здание Совета экономической взаимопомощи, в котором теперь размещались многочисленные службы московского правительства, было взято мгновенно, а согласно данным многих экспертов, даже ещё до того, как Руцкой отдал приказ. К этому времени вокруг Белого дома было снято оцепление. Противники Ельцина праздновали победу, полагая, что в ближайшие часы Москва падёт к их ногам, не догадываясь, что это коварная ловушка.
В Свято-Даниловом монастыре иерархов Церкви ждали Воронин, Домнина, Олейник, а через некоторое время появился и мэр Москвы Лужков. Вновь начались бесплодные дебаты. Вскоре Святейшему стало очень плохо, и митрополит Ювеналий попросил собравшихся дать Патриарху возможность покинуть зал переговоров. После этого поступило сообщение о событиях в Останкине, и решено было временно переговоры прекратить и собраться в 20.00. Но события в Москве развивались столь стремительно, что к означенному часу в Свято-Данилов монастырь не явился никто из тех, кто участвовал в переговорном процессе. Бойня началась. В 19.12 в Останкине огнём с бэтээров была расстреляна толпа сторонников Белого дома, пытавшаяся проникнуть внутрь телецентра. Погибло сорок шесть человек. В 23.00 генерал Альберт Макашов отдал приказ защитникам Верховного Совета отходить от Останкина и возвращаться в Белый дом. В ночь на 4 октября в здании Генштаба президент Ельцин отдал устный приказ о штурме Дома Советов. Примечательно, что на просьбу министра обороны Павла Грачёва подтвердить приказ письменно Ельцин не отреагировал. Вернувшись в Кремль, он поспал, немного протрезвел и издал письменный приказ о привлечении войск Министерства обороны, подготовленный помощником президента Виктором Илюшиным. По указанию Грачёва в штурме Белого дома принимали участие около двух тысяч военнослужащих, десять танков и двадцать бронетранспортёров. Первые выстрелы прозвучали в 6.50, и дальше пальба стала нарастать. В 9.20 шесть танков начали обстреливать здание фугасными снарядами. Впоследствии говорилось, что это были болванки, но от болванок здание бы не загорелось, а Белый дом стал полыхать, как костёр из сухих дров.
В эти страшные часы, а именно в 11.00 Предстоятель Русской Церкви выступил с мольбой к русскому народу:
— Братья и сёстры мои! Гнев Божий пролился на Россию. По грехам нашим Господь попустил совершиться трагедии. Не послушав призыва Церкви, люди подняли руку на ближних своих. Пролилась невинная кровь. Ныне каждый час может принести стране новые страдания. Когда совершается кровопролитие, велико искушение местью, искушение жестокостью и попранием свободы ближнего. В этот миг молю всех, кто держит в руках оружие: будьте милосердны к ближним своим! Не позволяйте бесу ненависти и мести лишить вас разума! Не допустите смерти женщин и детей, раненых и безоружных людей, оказавшихся в зоне конфликта, всех тех, кто не причастен к насилию! Сделайте всё, что сейчас возможно, для прекращения кровопролития. Вспомните, что сказал Господь Иисус апостолу Петру, с мечом в руках решившему отстоять справедливость: возврати мен твои в его место, ибо все, взявшие меч, мечом погибнут (Мф. 26, 52). Матерь Божия, Заступница наша! В годы нашествий иноземцев и междоусобных браней Ты никогда не оставляла России и всегда спасала народ наш. Не оставь нас и ныне. Смиренно прибегаем к Тебе: умоли Бога и Сына Твоего, да помилует и спасёт Русь!