Удивительно то, что именно тогда же, осенью 1994 года, произошло обретение мощей митрополитов Московских Филарета (Дроздова) и Иннокентия (Вениаминова), а также архимандрита Антония (Медведева). Святейший дал благословение на раскопки своему научному эксперту по вопросам истории и археологии Сергею Алексеевичу Беляеву, который довольно быстро установил возможное место захоронения в Троице-Сергиевой лавре, там, где некогда располагался храм Сошествия Святого Духа, разрушенный накануне Великой Отечественной войны.
В кондаке святителю Филарету сказано: «Яко пастырь праведный и исповедник непорочный, по святем преставлении от безбожных поругание и поношения приял еси». Останки трёх светочей Русской Церкви были обнаружены под асфальтом при раскопках 13 октября, и находились они в куче строительного мусора!.. Святотатство совершилось в конце тридцатых годов.
В тот же вечер 13 октября, узнав о том, что мощи найдены, Святейший приехал в лавру, осмотрел раскопанные гробницы и яму, из которой были извлечены останки, выслушал подробный рассказ о проделанной работе, пропел «Вечную память» митрополиту Филарету и архимандриту Антонию и «Величание» святителю Иннокентию, который ещё при Патриархе Пимене в 1977 году был прославлен в лике святых.
4 ноября, в праздник Казанской иконы Божией Матери, после Божественной литургии в Казанском соборе на Красной площади состоялась торжественная закладка часовни в честь Иверской иконы Божией Матери при воссоздаваемых Воскресенских воротах. Патриарх Алексий II освятил возрождение ещё одной московской святыни.
24 ноября он вместе с членами Священного Синода посетил строительную площадку воссоздаваемого храма Христа Спасителя. Увидел, что работы развернулись как надо, остался доволен.
С 29 ноября по 2 декабря 1994 года в Свято-Даниловом монастыре состоялся очередной Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. На нём Святейший отметил, что общее количество епархий за последние годы выросло почти вдвое и достигло 114, и окормляются они 136 архиереями.
— За четыре с половиной года своего патриаршего служения я в полной мере осознал, насколько тяжёл первосвятительский крест, — говорил Святейший в своём докладе. — Это крест ответственности за Церковь в наше непростое время, когда начальствовать — в чём бы то ни было — не привилегия, не честь, а тяжкий подвиг... За годы моего патриаршего служения мне пришлось заложить или освятить многие храмы в разных регионах и в первую очередь в Москве... За последние годы привычными стали прежде редкие службы в кремлёвских соборах. Мы совершали Божественные литургии в Успенском, Благовещенском, Архангельском соборах и в храме Ризоположения. Желающих помолиться у святынь Кремля столь много, что мы вынуждены ограничивать количество молящихся.
Он говорил и о явном возрождении монастырской жизни:
— Только за последние два с половиной года было открыто 138 обителей, среди которых знаменитый Новоиерусалимский Воскресенский монастырь, Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь в Костроме, Старо-Голутвин монастырь в Коломне, Святогорский монастырь под Псковом. На каждом заседании Священного Синода благословлялось открытие монастырей на всём огромном пространстве благовестил нашей Церкви — от Карелии до Дальнего Востока.
Значительно увеличилось и количество приходов в России, от 6800 — в 1988 году до 15 985 — в 1994-м. Общее число священников достигло почти тринадцати тысяч человек.
В последний день Собора к лику святых был причислен святитель Филарет (Дроздов). Акт канонизации состоялся 4 декабря в Успенском соборе Кремля.
В разнообразной деятельности Святейшего Патриарха Алексия II особое место занимает его работа с другими пастырями Русской Православной Церкви. В своих многочисленных выступлениях он постоянно обращался не только к пастве, но и к священникам, монахам, архиереям, выделяя различные стороны пастырского служения, нуждающиеся в улучшении, исправлении, а нередко — и в искоренении. Доклады на Архиерейских Соборах он наполнял необходимыми наставлениями по всем аспектам церковной жизни, строго требуя от пастырей неукоснительного исполнения его пожеланий. Но самой главной трибуной для этого являлись ежегодные Епархиальные собрания Москвы. Перечитывая теперь его выступления, поражаешься тому вниманию, которое уделял Предстоятель каждой чёрточке религиозной жизни, каждому самому мелкому штришку. Его послания московскому Епархиальному собранию всегда были до краёв наполнены критикой. Святейший Патриарх являлся здесь не в привычном для него благом образе, излучающем любовь, свет, радость, а в виде грозного, порой даже гневного судии.