4 декабря на открытии III Всемирного Русского Народного Собора Святейший, произнося приветственную речь, сказал: — В наше время, говоря словами Пушкина, «новорождённая свобода, вдруг онемев, лишилась сил». В связи с этим особо напомню, что ныне русскому обществу недостаёт подлинной соборности, то есть такого состояния, когда бы мы — какими бы разными ни создал нас Творец — вдохновенно работали на общее благо, воспринимая любой труд как служение Господу и Отчизне...
В Рождественском послании 1996 года после светлых и замечательных слов о сущности великого праздника Святейший упомянул о печальных сторонах текущей жизни: «Глубокое чувство горечи по-прежнему вызывают кровопролитные конфликты в России и некоторых других странах СНГ. Но особую скорбь мы испытываем по поводу трагических событий в Чечне». А уже через два дня разразилась трагедия в дагестанском Кизляре, где выродки, на сей раз руководимые Салманом Радуевым и ещё семью такими же, как он, нелюдями, захватили более трёх тысяч заложников и опять прикрывались беременными женщинами, позоря свою славную нацию и имя кавказцев. Из Кизляра они вместе с заложниками перебрались в пограничное с Чечнёй село Первомайское, которое потом штурмовали федеральные войска. Кровопролитие оказалось ещё более ужасным, нежели в прошлом году в Будённовске. Впоследствии военные специалисты поставили операцию по освобождению Первомайского по бездарности в один ряд со штурмами Грозного и больницы в Будённовске.
Война и мир в девяностые годы существовали параллельно друг другу. Кавказ полыхал. Неспокойно было и во многих других регионах страны. Но жизнь продолжалась. Государство разваливалось, а Церковь, благодаря неустанной деятельности своего Предстоятеля, с каждым годом становилась крепче.
Об отношениях государственного и церковного институтов Патриарх говорил на IV Международных Рождественских образовательных чтениях 22 января 1996 года. Он говорил о том, как эти институты взаимодействовали в России до 1917 года, затем затронул пресловутый вопрос об отделении Церкви от государства:
— Церковь не нуждается в симфонии с государством. Христос глава Церкви, и Он же Спаситель тела (Еф. 5, 23). Но если на повестку дня ставится задача возрождения и укрепления России, может ли Русская Православная Церковь оставаться сторонним наблюдателем? Церковь всегда помогала государству, благодаря её духовной поддержке возвышалась Русская земля. По нашему глубочайшему убеждению, Церковь должна быть отделена от государства, но не должна и не может быть отделена от общества, ибо члены общества и составляют Тело Церкви. Церковь заботится о духовном, о вечных и непреходящих ценностях...
В тот же день ему пришлось ещё раз выступить — на сей раз включившись в полемику с Солженицыным, который высказал немало критических замечаний в адрес Церкви, требовал её участия в политической жизни.
— Критика из уст писателя Александра Исаевича Солженицына, — отвечал ему Святейший, — прозвучала и в адрес священнослужителей: дескать, и ориентируются они плохо в социальной жизни, и ораторы слабые, и вообще не готовы ко встрече с мирянами вне стен храма. К сожалению, доля правды в этом есть. Но хочу отметить, что внешность бывает порой обманчива, есть священники, которые и говорят вроде бы тихо и мало, а люди к ним тянутся, потому что молитвенники они великие. И дай Бог, чтобы таких молитвенников было на нашей Русской земле больше. Что касается обновленческих мотивов и замечаний Александра Исаевича Солженицына о необходимости большей простоты и понятности богослужений, приближения их к восприятию современного человека, то надо сказать, что доходчивыми, понятными и простыми должны быть в первую очередь проповеди священнослужителей.
В феврале разразился конфликт с Константинопольским Патриархом Варфоломеем по поводу Эстонской Церкви. В связи с объявлением в 1990 году независимости Эстонии были подтверждены автономные права Эстонской Православной Церкви в пределах, предоставленных ей в 1920 году Патриархом Тихоном. Эстонское правительство, взяв курс на вытеснение из страны православного русскоязычного населения, препятствовало регистрации канонической Православной Церкви в Эстонии и разными способами напоминало о нелегальном статусе клириков, остающихся верными Московскому Патриархату. 20 февраля 1996 года Константинопольская Патриархия объявила об учреждении Эстонской митрополии в составе Константинопольского Патриархата. Святейший Патриарх Алексий II узнал об этом, вернувшись из Америки, где провёл девять дней. Таков был «подарок» к его дню рождения, в который, вместо того чтобы радоваться, приходилось горевать. 23 февраля он направил Варфоломею гневное послание, где, в частности, говорилось следующее: «Совершённое беспрецедентное антиканоническое деяние, как мы ранее предупреждали, разрушает вековые нормы взаимоотношений между Поместными Православными Церквами и наносит сокрушительный удар всеправославному единству, ибо вторжение в каноническую область другой Поместной Церкви и принятие в общение запрещённых в священнослужении клириков полагает преграду евхаристическому и каноническому общению Русской Православной Церкви с Константинопольским Патриархатом, а также поминовению Патриарха Константинопольского за Патриаршим богослужением в Русской Православной Церкви, о чём мы и заявляем от лица Священного Синода, архипастырей, духовенства и всей Полноты церковной».