Насилие над Сербией не прекращалось, и душа Святейшего рвалась туда, где гибли ни в чём не повинные люди. 20 апреля самолётом из Москвы Предстоятель Русской Церкви прилетел в блокадный, обстреливаемый бомбами и ракетами Белград. Первым делом он вместе с Патриархом Сербским Павлом отслужил литургию — до великого входа в главном белградском соборе Святого Саввы, а затем на площади перед собором, после чего в своём приветственном слове чётко определил отношение Русской Православной Церкви к действиям Америки и её приспешников:
— Вновь пришла Пасха на священную Сербскую землю. Недавно мы — в который уже раз — слышали в храмах слова святителя Иоанна Златоуста: «Никто пусть не боится смерти, ибо освободила нас смерть Спасителя». Неизбывна наша радость о Христе Воскресшем, Который, победив смерть и грех, даровал нам жизнь вечную. Ничто не может омрачить этой радости — даже страдание и разрушение, царящие кругом, даже вакханалия греха, начатая недоброй волей накануне святых дней и продолжающаяся поныне. Да, мы становимся свидетелями вопиющего беззакония: несколько сильных и богатых стран, дерзостно считающих себя всемирным мерилом добра и зла, попирают волю народа, желающего жить иначе. Бомбы и ракеты сыплются на эту землю не потому, что защищают кого-то. Военные действия НАТО имеют другую цель — разрушить оплаченное большой кровью послевоенное мироустройство, навязать людям чуждый им порядок, основанный на диктате грубой силы.
С площади перед собором Святого Саввы Патриарх Алексий II отправился на переговоры с президентом Слободаном Милошевичем и лидером косовских албанцев, тайным католиком Ибрагимом Руговой. Лишь в его присутствии эти два непримиримых врага могли сохранять видимость дружелюбия, уверяя русского первоиерарха в самых благих намерениях. По окончании переговоров с двумя враждующими вождями Патриарх Павел устроил приём Патриарху Алексию. В Москву делегация Русской Православной Церкви возвратилась за полночь.
Мстительность натовцев не замедлила проявиться. Подверглась массированной бомбардировке центральная часть Белграда, погибли десятки людей, были разрушены телецентр и подворье Русской Православной Церкви — храм во имя Святой Троицы. Предстоятель требовал от мирового сообщества, чтобы оно осудило варваров, но оно трусливо молчало.
Май 1999 года начался с канонизации Матроны Московской. Ещё одна святая вошла в сонм ангелов, признанных Церковью при Патриаршестве Алексия II.
В годы его Патриаршества День Победы стал отмечаться не только как общегосударственный, но и как церковный праздник. Из разряда исторического события он переводил войну в разряд духовно-нравственного:
— Великая Отечественная война была не просто крупнейшим в мировой истории сражением. Это была духовная битва, в которой, если говорить словами Фёдора Михайловича Достоевского, диавол боролся с Богом.
Обстановка в России становилась всё хуже и хуже. Дальнейшее пребывание у власти Ельцина грозило обернуться непоправимыми последствиями. Полгода назад, 19 ноября 1998 года, по благословению Патриарха и по инициативе мэра Москвы Юрия Лужкова был образован оргкомитет Общероссийской общественной организации «Отечество». В его состав вошли люди, которым была небезразлична судьба страны, — Артур Чилингаров, Юрий Сенкевич, Виктор Садовничий, Карен Шахназаров, Александр Владиславлев, Иосиф Кобзон, Борис Громов, Михаил Калашников и другие. Вскоре состоялся и первый учредительный съезд этой организации, избравший своим председателем Юрия Лужкова.
Второй съезд состоялся в апреле 1999 года в Ярославле. К движению примкнули губернатор Санкт-Петербурга Владимир Яковлев, губернатор Ярославля Анатолий Лисицын, мэр Краснодара Валерий Самойленко, народный артист и режиссёр Олег Табаков и другие. Документы свидетельствуют об открытой непримиримой позиции участников движения в отношении государственной власти. Объявлялось, что необходимо немедленно противостоять надвигающейся общенациональной катастрофе, преодолевать последствия как правления большевиков, так и правления либералов девяностых годов. Делегаты ярославского съезда фактически объявили о необходимости перехода власти в руки более трезвых политиков, коими участники движения «Отечество» провозглашали самих себя. С этого времени, собственно говоря, начался бескровный переворот, который окончится уходом Ельцина в конце 1999 года. И Патриарх Московский и всея Руси Алексий II стал идейным вдохновителем смены власти, как некогда его небесный покровитель митрополит Московский и всея Руси Алексий явился идейным вдохновителем Дмитрия Донского, а Патриарх Гермоген — Минина и Пожарского.